Huhtikuun 14. päivänä 1865 kello 22.00 jälkeen näyttelijä John Wilkes Booth astui Fordin teatterin presidentin aitiopaikalle Washingtonissa ja ampui kuolettavasti presidentti Abraham Lincolnin. Kun Lincoln lyyhistyi eteenpäin istuimellaan, Booth hyppäsi näyttämölle ja pakeni takaovesta. Yleisön joukossa ollut lääkäri tutki halvaantuneen presidentin välittömästi ja kantoi hänet sitten kadun yli Petersen Houseen, jossa hän kuoli varhain seuraavana aamuna.
Kuollessaan niin kuin hän kuoli, väkivallan punaisen käden toimesta, tapettuna, salamurhattuna, pois vietynä ilman varoitusta, ei henkilökohtaisen vihan vuoksi… vaan uskollisuutensa vuoksi unionille ja vapaudelle, hän on meille kaksin verroin kallisarvoinen, ja hänen muistonsa on kallisarvoinen ikuisesti.
Frederick Douglassin juhlapuhe, joka pidettiin Abraham Lincolnin muistoksi pystytetyn vapaamielisten muistomerkin paljastustilaisuudessa Lincoln Parkissa Washingtonissa, 14. huhtikuuta 1876… Washington, D. C..: Gibsonin veljekset, kirjapaino, 1876. African American Perspectives: Aineistoa harvinaisten kirjojen kokoelmasta. Rare Book & Special Collections Division
Lincolnin murha oli Yhdysvaltain historian ensimmäinen presidentin murha. Booth suoritti iskun viisi päivää sen jälkeen, kun kenraali Robert E. Lee oli luovuttanut Pohjois-Virginian armeijan kenraali Ulysses S. Grantille Appomattox Court Housessa, Virginiassa. Hän ajatteli, että hänen tekonsa auttaisi etelää. Epäily siitä, että Booth oli toiminut osana etelän kannattajien salaliittoa, lisäsi pohjoisen vihaa. Se, olisiko Lincoln kyennyt hillitsemään kongressin radikaalien republikaanien toteuttamaa jälleenrakennuspolitiikkaa, jää historiallisen spekulaation varaan, koska hän kuoli ennenaikaisesti, kun Yhdysvallat siirtyi sisällissodasta jälleenyhdistymiseen ja rauhaan.
.
Sotaministeriö julkaisi muutama päivä salamurhan jälkeen etsintäkuulutuksia Boothin ja hänen rikoskumppaniensa John Surrattin ja David Heroldin pidättämiseksi. Booth ja Herold pakenivat kiinniottoa 26. huhtikuuta asti, jolloin liittovaltion joukot löysivät heidät piileskelemästä tupakkatallissa Bowling Greenin lähellä Virginiassa. Herold antautui, mutta Booth pysyi suojassa ja hänet ammuttiin, kun lato paloi maan tasalle. Hän kuoli myöhemmin samana päivänä.
Boothin salaliittolaiset Lewis Powell (alias Payne) – joka oli yrittänyt murhata ulkoministeri William H. Sewardin – George Atzerodt, David Herold ja Mary Surratt teloitettiin kaikki osallisuudestaan salamurhasalaliittoon. Useita muita salaliittolaisia tuomittiin vankeuteen.
Presidentti Lincolnin kuolema aiheutti surunpurkauksen koko maassa. Valkoisessa talossa pidettyjen hautajaisten ja Yhdysvaltain Capitolissa tapahtuneen valtiollisen lepäämisen jälkeen Lincolnin ruumis kuljetettiin rautatieasemalle, josta se aloitti 1700 mailin matkan takaisin presidentin synnyinseudulle Springfieldiin, Illinoisiin. Toukokuun 4. päivänä Lincoln laskettiin lopulta haudan lepoon Oak Ridgen hautausmaalla.
Abraham Lincolnin kunniaksi rakennettiin vuosien varrella monia muistomerkkejä eri puolilla maata ja maailmaa. Huhtikuun 14. päivänä 1876 Frederick Douglass piti puheen Washingtonin Lincoln-puistossa sijaitsevan Lincolnin muistomerkin paljastustilaisuudessa. Kansakunta tuntee paremmin toisen Lincolnin muistomerkin, joka sijaitsee niin ikään Washingtonissa.Lincoln Memorial, jossa on Daniel Chester Frenchin monumentaalinen veistos, seisoo kansakunnan ostoskeskuksen (Mall) juurella, ja se vihittiin käyttöön 30. toukokuuta 1922.
