1900-luvun loppupuolella Hauptmannin tapausta alettiin tutkia vakavasti. Yksi todiste hänen oikeudenkäynnissään oli esimerkiksi hänen komerossaan olevaan tauluun raapustettu puhelinnumero, joka oli lunnaat toimittaneen John F. Condonin numero. Eräs valamiehistön jäsen sanoi oikeudenkäynnissä, että tämä oli ainoa asia, joka vakuutti hänet eniten, mutta jotkut kirjoittajat väittävät, että toimittaja myönsi myöhemmin kirjoittaneensa numeron itse. Tästä ei kuitenkaan ole todisteita, ja Hauptmann myönsi raapustaneensa Condonin numeron nähtyään sen sanomalehdessä ja väitti tehneensä sen kiinnostuksesta tapaukseen. Väitetään myös, että silminnäkijät, jotka ilmoittivat Hauptmannin olleen Lindberghin kartanossa lähellä rikoksen tapahtumahetkeä, olivat epäluotettavia, ja että Lindbergh tai lunnaat toimittanut välittäjä eivät alun perin tunnistaneet Hauptmannia lunnaiden vastaanottajaksi.
Itse asiassa Condon, nähtyään Hauptmannin New Yorkin poliisilaitoksen Greenwich Streetin asemalla tapahtuneessa tunnistuksessa, kertoi FBI:n erikoisagentti Turroulle, että Hauptmann ei ollut ”John”, mies, jolle Condon väitti luovuttaneensa lunnasrahat St. Raymondin hautausmaalla. Hän totesi lisäksi, että Hauptmann näytti erilaiselta (hänellä oli esimerkiksi erilaiset silmät, hän oli painavampi ja hänellä oli erilaiset hiukset) ja että ”John” oli itse asiassa kuollut, koska hänen liittolaisensa olivat murhanneet hänet.
Odottaessaan läheisessä autossa Lindbergh kuuli ”Johnin” äänen kutsuvan Condonia lunnaiden luovutuksen aikana, mutta ei koskaan nähnyt häntä. Vaikka hän todisti Bronxin suurelle valamiehistölle, että hän kuuli vain sanat ”hei Doc” ja että olisi hyvin vaikeaa sanoa, että hän voisi tunnistaa miehen äänestä, hän tunnisti Hauptmannin samaksi ääneksi Flemingtonin oikeudenkäynnissä. Poliisi hakkasi Hauptmannia, kun hän oli pidätettynä Greenwich Streetin asemalla.
On myös väitetty, että tiettyjä todistajia peloteltiin, ja jotkut väittävät, että poliisi väärensi tai väärensi todisteita, kuten tikkaita. On myös väitetty, että poliisi väärensi Hauptmannin aikakortteja ja jätti huomiotta työtoverit, jotka ilmoittivat, että Hauptmann oli töissä sieppauspäivänä. Nämä ja muut havainnot saivat FBI:n ensimmäisen johtajan J. Edgar Hooverin kyseenalaistamaan tutkinnan ja oikeudenkäynnin toteuttamistavan. Hauptmannin leski kampanjoi elämänsä loppuun asti sen puolesta, että hänen miehensä tuomio kumottaisiin.
Erastus Mead Hudson oli sormenjälkiasiantuntija, joka tiesi tuolloin harvinaisesta hopeanitraattimenetelmästä, jolla voitiin kerätä sormenjälkiä puusta ja muilta pinnoilta, joihin aiempi jauhemenetelmä ei toiminut. Hän havaitsi, että Hauptmannin sormenjälkiä ei ollut puupinnalla edes sellaisissa paikoissa, joihin tikkaat tehneen miehen oli täytynyt koskea. Ilmoittaessaan tästä poliisimiehelle ja todetessaan, että heidän on tutkittava asiaa tarkemmin, poliisi sanoi: ”Hyvä luoja, älkää sanoko meille noin, tohtori!”. Tikkaat pestiin sen jälkeen kaikista sormenjäljistä, ja New Jerseyn osavaltion poliisin päällikkö, eversti Norman Schwarzkopf vanhempi, kieltäytyi paljastamasta yleisölle, että tikkaissa ei ollut Hauptmannin sormenjälkiä.
Tikkaissa on kirjoitettu useita kirjoja, joissa julistetaan Hauptmannin syyttömyyttä. Näissä kirjoissa kritisoidaan eri tavoin poliisia siitä, että se antoi rikospaikkojen saastua, Lindberghiä ja hänen kumppaneitaan siitä, että he puuttuivat tutkimuksiin, Hauptmannin oikeudenkäynnin asianajajia siitä, että he edustivat häntä tehottomasti, sekä oikeudenkäynnissä esitettyjen todistajien ja fyysisten todisteiden luotettavuutta. Erityisesti brittitoimittaja Ludovic Kennedy kyseenalaisti monet todisteet, kuten tikkaiden alkuperän ja monien todistajien lausunnot.
Kirjassaan toisesta 1930-luvun korkean profiilin oikeudenkäynnistä, Winnie Ruth Juddin tapauksesta, tutkiva toimittaja Jana Bommersbach väitti, että Hauptmann ei voinut saada oikeudenmukaista oikeudenkäyntiä, koska lehdistö loi ennakkoluulojen ilmapiirin häntä kohtaan. Bommersbach totesi, että tuohon aikaan sanomalehdet toimivat sekä ”tuomarina että valamiehistönä” ja uutisoivat rikoksista tavalla, jota nykyään pidettäisiin sensaatiohakuisena.
Yli 50 vuoden ajan Hauptmannin leski taisteli New Jerseyn tuomioistuinten kanssa tuloksetta saadakseen jutun uudelleen käsiteltäväksi. Vuonna 1982 82-vuotias Anna Hauptmann haastoi New Jerseyn osavaltion, useita entisiä poliiseja, Hearstin sanomalehdet, jotka olivat julkaisseet ennen oikeudenkäyntiä artikkeleita, joissa vaadittiin Hauptmannin syyllisyyttä, sekä entisen syyttäjän David T. Wilentzin (tuolloin 86) yli 100 miljoonan dollarin vahingonkorvauksista. Hän väitti, että vastikään löydetyt asiakirjat todistivat syyttäjän väärinkäytökset ja todisteiden väärentämisen hallituksen edustajien toimesta, jotka kaikki olivat puolueellisia Hauptmannia kohtaan, koska tämä sattui olemaan saksalaista syntyperää. Vuonna 1983 Yhdysvaltain korkein oikeus hylkäsi hänen pyyntönsä, jonka mukaan tapausta käsitellyt liittovaltion tuomari olisi erotettava tuomarin puolueellisuuden vuoksi, ja vuonna 1984 tuomari hylkäsi hänen vaatimuksensa.
Vuonna 1985 edesmenneen kuvernööri Hoffmanin autotallista löytyi yli 23 000 sivua Hauptmann-tapauksen poliisiasiakirjoja. Nämä asiakirjat sekä 34 000 sivua FBI:n asiakirjoja, joita, vaikka ne oli löydetty vuonna 1981, ei ollut annettu julkisuuteen, muodostivat odottamattoman määrän aiemmin julkistamatonta tietoa. Näiden uusien todisteiden välittömänä seurauksena Anna Hauptmann muutti jälleen 14. heinäkuuta 1986 siviilikannettaan puhdistaakseen edesmenneen aviomiehensä nimen väittämällä edelleen, että epäiltyä etsivä poliisi oli lavastanut hänet ”alusta loppuun”. Hän väitti muun muassa, että poliisi oli lavastanut tikkaiden kiskon, joka oli viety ullakolta, jossa he asuivat vuonna 1935, ja että lunnasrahat oli jättänyt Isidor Fisch, joka oli mahdollisesti todellinen sieppaaja. Vuonna 1990 New Jerseyn kuvernööri James Florio kieltäytyi hänen pyynnöstään järjestää tapaaminen Bruno Hauptmannin nimen puhdistamiseksi. Anna Hauptmann kuoli 10. lokakuuta 1994.
Vuonna 1974 Anthony Scaduto kirjoitti kirjan Syntipukki (Scapegoat), jossa esitettiin kanta, jonka mukaan Hauptmann oli lavastettu syylliseksi ja että poliisi sekä salasi että väärensi todisteita. Tämä johti lisätutkimuksiin, ja vuonna 1985 Ludovic Kennedy julkaisi teoksen The Airman and the Carpenter (Lentomies ja puuseppä), jossa hän väitti, että Hauptmann ei ollut siepannut ja murhannut Charles Augustus Lindbergh Jr:a. Kirjasta tehtiin vuonna 1996 televisioelokuva Vuosisadan rikos, jonka pääosissa näyttelivät Stephen Rea ja Isabella Rossellini.
Nykyaikaiset kirjailijat eivät ole kaikki samaa mieltä näistä teorioista. Jim Fisher, entinen FBI:n agentti ja Edinboron yliopiston professori Pennsylvaniassa, on kirjoittanut aiheesta kaksi kirjaa, The Lindbergh Case (1987) ja The Ghosts of Hopewell (1999), jotka käsittelevät ainakin osittain sitä, mitä hän kutsuu ”tarkistusliikkeeksi”. Näissä teksteissä hän selittää yksityiskohtaisesti Hauptmannia vastaan esitetyt todisteet. Hän esittää tulkinnan, jossa käsitellään sekä todisteiden hyviä että huonoja puolia. Hän päätyi seuraaviin johtopäätöksiin: ”Nykyään Lindbergh-ilmiö on jättimäinen huijaus, jonka takana on ihmisiä, jotka käyttävät hyväkseen tietämätöntä ja kyynistä yleisöä. Kaikista kirjoista, televisio-ohjelmista ja oikeudenkäynneistä huolimatta Hauptmann on tänä päivänä yhtä syyllinen kuin vuonna 1932, jolloin hän kidnappasi ja tappoi herra ja rouva Charles Lindberghin pojan.”
Lindbergh uskoi, että Hauptmannin on täytynyt olla osallisena poikansa kidnappaukseen ja murhaan. Hän huomautti, että Hauptmann oli upeasti rakennettu, mutta hänellä oli silmät kuin villisialla.