Commensal microflora (normal microflora, indigenous microbiota) koostuu niistä mikro-organismeista, joita esiintyy epiteelisolujen peittämillä kehon pinnoilla, jotka ovat alttiina ulkoiselle ympäristölle (ruoansulatuskanava ja hengitystiet, emätin, iho jne.).). Limakalvo- ja ihopintoja kolonisoivien bakteerien määrä ylittää ihmiskehon muodostavien solujen määrän. Commensal-bakteerit ovat kehittyneet yhdessä isäntänsä kanssa, mutta tietyissä olosuhteissa ne voivat voittaa isännän suojavasteet ja aiheuttaa patologisia vaikutuksia. Kotoperäiset bakteerit muodostavat monimutkaisia ekosysteemejä, joiden monimuotoisuus on valtava. Runsain mikrofloora esiintyy suolen distaalisissa osissa; suurin osa suolistobakteereista on gramnegatiivisia anaerobeja. Yli 50 prosenttia suolistobakteereista ei voida viljellä tavanomaisilla mikrobiologisilla menetelmillä. Molekyylibiologiset menetelmät auttavat analysoimaan mikroflooran rakenteellista ja toiminnallista monimutkaisuutta ja tunnistamaan sen komponentteja. Residentti mikrofloora sisältää useita komponentteja, jotka voivat aktivoida synnynnäistä ja adaptiivista immuniteettia. Rajoittamaton immuunivasteen aktivoituminen vastauksena vierasperäisten bakteerien lähettämiin signaaleihin voi aiheuttaa tulehduksen riskin; immuunivasteet limakalvomikrobistoa kohtaan edellyttävät siksi tarkkaa säätelyä. Limakalvojen immuunijärjestelmä on kehittänyt erikoistuneita tulehdusta ehkäiseviä säätelymekanismeja, joiden avulla se voi eliminoida tai sietää vaarattomia, ruoan ja ilman mukana kulkeutuvia antigeenejä ja vierasperäisiä mikro-organismeja (oraalinen, limakalvotoleranssi). Samanaikaisesti limakalvojen immuunijärjestelmän on kuitenkin tarjottava paikallisia puolustusmekanismeja ympäristöuhkia (esim. tunkeutuvia patogeenejä) vastaan. Tämän tärkeän vaatimuksen täyttävät useat limakalvoimmuniteetin mekanismit: voimakkaasti kehittyneet synnynnäiset puolustusmekanismit, jotka varmistavat limakalvoesteen asianmukaisen toiminnan, ainutlaatuisten lymfosyyttityyppien ja niiden tuotteiden olemassaolo, polymeeristen immunoglobuliinien kulkeutuminen epiteelisolujen läpi eritteisiin (sIgA) sekä limakalvon organisoiduista kudoksista peräisin olevien solujen migraatio ja kotiutuminen limakalvoihin ja eksokriinisiin rauhasiin.
Kommenssibakteerien tärkeä rooli optimaalisesti toimivan limakalvojen immuunijärjestelmän kehittymisessä osoitettiin bakteerittomilla eläimillä (gnotobiologisia tekniikoita käyttäen). Kommensaalisen mikroflooran ja sen komponenttien, joilla on voimakkaita immunoaktivoivia ominaisuuksia (esim. LPS, peptidoglykaanit, superantigeenit, bakteeri-DNA, Hsp), osuutta useiden monimutkaisten, monitekijäisten ja monigeenisten sairauksien, kuten tulehduksellisten suolistosairauksien, parodontiitin, nivelreuman, ateroskleroosin, allergian, monielinperäisen vajaatoiminnan ja paksusuolensyövän, etiopatogeneettiseen mekanismiin on hiljattain esitetty. Ihmisen sairauksien eläinmallit, joita kasvatetaan määritellyissä gnotioottisissa olosuhteissa, auttavat selvittämään näiden usein esiintyvien sairauksien etiologiaa. Parempi ymmärrys vierasperäisten bakteerien ja isännän välisistä vuorovaikutussuhteista käyttämällä bakteerittomia eläinmalleja, joissa käytetään valikoivia kolonisaatiostrategioita, yhdistettynä nykyaikaisiin molekulaaritekniikoihin voisi tuoda uutta tietoa limakalvojen immuniteetin mekanismeista ja myös useiden infektio-, tulehdus-, autoimmuuni- ja kasvainsairauksien patogeneettisistä mekanismeista. Mikroflooran koostumuksen säätely (esim. probioottien ja prebioottien avulla) tarjoaa mahdollisuuden vaikuttaa limakalvon ja systeemisen immuniteetin kehittymiseen, mutta sillä voi olla merkitystä myös joidenkin sairauksien ehkäisyssä ja hoidossa.