Milwaukee BrewersEdit
Molitor aloitti shortstopina ja siirtyi sitten kakkospesälle, kun Robin Yount palasi lyhyestä loukkaantumisesta. Hän debytoi MLB:ssä vuonna 1978, pelasi 125 ottelussa ja löi .273, 6 kunnaria, 45 RBI:tä ja 30 varastettua pesää. Vuonna 1981 hän vietti aikaa keskikentällä ja oikealla kentällä välttääkseen sisäkenttäpelaamiseen liittyviä loukkaantumisia. Molitor siirrettiin kolmospesälle ennen kautta 1982. Molitor oli osa nuorta Milwaukee Brewersin joukkuetta, joka hävisi vuoden 1982 World Seriesin seitsemässä ottelussa St. Louis Cardinalsille. Molitor löi sarjan aikana 0,355 pistettä. Ensimmäisessä pelissä hänellä oli viisi osumaa, mikä oli World Seriesin ennätys. Kauden 1982 aikana hän löi .302 ja johti American Leagueta (AL) 136 juoksupisteellä. Toukokuun 12. päivänä hän löi kolme kunnaria Royalsia vastaan 9-7-tappiossa.
Molitor kamppaili loukkaantumisten kanssa suurimman osan uransa alkuvuosista ja joutui työkyvyttömyyslistalle kuusi kertaa vuosina 1980-1986. Vuonna 1984 Molitor kamppaili kyynärpääongelmien kanssa, pelasi vain 13 ottelua ja joutui lopulta leikkaukseen yrittäessään pelastaa uransa. Vuonna 1985 hän pelasi 140 ottelua, joissa hän löi 0,297 pistettä, 10 kunnaria ja 48 RBI:tä. Vuonna 1986 hän pelasi 0,281 keskiarvolla, 9 kunnarilla ja 55 RBI:llä. Tuona vuonna hän kärsi reisilihasvammasta, palasi muutamaksi päiväksi ja loukkasi sen sitten uudelleen. Hän pelasi sillä kaudella 105 ottelua.
Molitor herätti valtakunnallista mediahuomiota vuonna 1987 39 ottelun lyöntiputkensa aikana. Lähellä sarjan loppua kolumnisti Mike Downey kirjoitti, että ”hämmästyttävää Paul Molitorin viimeaikaisessa bat-o-ramassa ei ole se, että hän on lyönyt 33 ottelussa peräkkäin, vaan se, että hän on pelannut 33 ottelussa peräkkäin”. Putki päättyi Molitorin ollessa kentällä, kun Rick Manning sai pelin päättävän osuman voittaakseen Cleveland Indiansin 26. elokuuta 1987. Fanit buuasivat Manningia, koska hän oli lyönyt voittojuoksun ja siten riistänyt Molitorilta viimeisen mahdollisuuden päästä 40 peliin. Kyseinen putki on nykyaikaisen baseballin historian viidenneksi pisin, ja se on edelleen pisin sitten Pete Rosen 44 ottelun hittiputken vuonna 1978.
Toronto Blue JaysEdit
Vaikka Molitor halusi jäädä Milwaukeehen, kun hänestä tuli vapaa agentti kauden 1992 päätyttyä, franchise tarjosi hänelle yksivuotista sopimusta, jossa palkka oli leikattu 900 000 dollarilla (2 dollariin.5 miljoonaa dollaria), kun taas Toronto Blue Jays tarjosi kolmivuotista, 13 miljoonan dollarin (23 000 000 dollaria nykyisillä dollareilla) sopimusta, mikä johti siihen, että hän allekirjoitti sopimuksen Blue Jaysin kanssa. Agentti Ron Simon sanoi: ”Puhuin myös Milwaukeen kanssa, mutta meille kävi selväksi, että Milwaukee ei ollut yhtä kiinnostunut Molitorin sopimuksen tekemisestä, ehkä heidän taloudellisen tilanteensa vuoksi.”
Molitorista tuli nopeasti hyökkäävä juggernautti. Vuonna 1993 Molitor johti AL:n levypallotilastoa (725) ja osumia (211) ja löi .332, 22 kunnaria ja 111 RBI:tä. Hän palasi pudotuspeleihin ensimmäistä kertaa sitten vuoden 1982 ja oli avainasemassa Blue Jaysin toisessa maailmanmestaruudessa. Molitor löi sarjassa 2 tuplaa, 2 triplaa ja 2 kunnaria, ansaitsi World Seriesin MVP-palkinnon ja teki World Seriesin ennätyksen lyömällä kuuden ottelun sarjassa 0,500 (12-for-24). Lisäksi pelattuaan koko kauden DH:nä Molitor pelasi World Seriesin 3. ottelussa ykköspesällä ja 4. ja 5. ottelussa kolmospesällä Philadelphiassa pelatuissa otteluissa.
Lakon lyhentämänä kautena 1994 Molitor löi 0,341 lyöntiä ja johti AL:ää pelatuissa otteluissa (115) ja singleissä (107). Hän myös varasti tuolla kaudella 20 pesää jäämättä koskaan kiinni, mikä on yksi vähemmän kuin Kevin McReynoldsin vuoden 1988 Major League -ennätys 21. Molitorin keskiarvo putosi .270:een vuonna 1995, mikä oli hänen alhaisin lukemansa yli kymmeneen vuoteen.
Minnesota TwinsEdit
Hän jätti Blue Jaysin kauden 1995 jälkeen ja siirtyi kotikaupunkinsa Minnesota Twinsin riveihin uransa viimeisiksi kolmeksi viimeiseksi kaudeksi, jolloin hän hankki 3 000. osumansa. Hän oli ensimmäinen pelaaja, joka saavutti 3000 osuman rajan kolmosella. Molitor iloitsi mahdollisuudesta pelata Twinsin supertähden Kirby Puckettin kanssa, mutta Puckett sairastui kevään 1996 harjoituksissa uransa päättäneeseen glaukoomaan eikä enää koskaan pelannut. Vuonna 1996 Molitorista tuli Hall of Fameen kuuluvan Sam Ricen jälkeen toinen 40-vuotias, joka saavutti 200 osuman kauden, ja hän johti liigaa 225 osumallaan, kun hän johti myös liigan sinkkujen määrää 167 osumallaan. Molitor on myös edelleen viimeinen MLB-pelaaja, joka on tehnyt 100 tai enemmän juoksuja kauden aikana lyömällä alle 10 kunnaria (9 HR, 113 RBI).
Molitor löi .305 vuonna 1997, joka oli hänen kahdestoista kautensa, jonka lyöntikeskiarvo on ollut yli .300. Vuonna 1998 hän löi .281 ja teki 4 kunnaria, 69 RBI:tä ja 9 varastettua pesää. Lukuun ottamatta hyvin lyhyttä kauttaan 1984, kausi 1998 oli ensimmäinen Molitorin uralla, jolla hän ei saavuttanut kaksinumeroisia varastettujen pesien lukemia. Hän jäi eläkkeelle joulukuussa sanoen: ”Sydämeni sanoo minulle, että olen tehnyt sen, mitä voin tehdä kentällä ja tässä pelissä”, Molitor sanoi. ”Olen iloinen voidessani jättää sen pelaamaan viimeisen kauteni Twinsin peliasussa…”. Nyt aion suunnata voimani uudelleen selvittääkseni, mitä muuta tulevaisuus tuo tullessaan.”