Yleinen ”Circle Ninja” -muunnos vaatii pelaajia liikkumaan mieluummin myötäpäivään kuin mihin suuntaan tahansa.
”Ultimate Ninjassa” pelaajat asettuvat ympyrään ja pelaavat vuorotellen myötäpäivään. Tässä muunnelmassa lisätään kuitenkin tavoite lyödä joko käsiä tai jalkoja. Pelaajat voivat myös väistää useita hyökkäyksiä ennen vuoroaan. Tyypillisesti ultimate ninjassa pelaajat suorittavat monimutkaisempia liikkeitä, kuten kärrynpyöriä, liukupotkuja, hyppypotkuja ja niin edelleen.
Toisessa variaatiossa määritellään, että pelaajilla on vain yksi elämä, eli kun toiseen käteen osuu, pelaajan katsotaan olevan ulkona.
Joissain peleissä on ”salamakierros”, jossa kaksi pelaajaa hyökkäävät toistensa kimppuun yrittäen pysähtyä vasta sitten, kun jompaankumpaa on osunut käteen. Peli on ohi, kun pelaaja saa osuman käteen, lopettaa liikkeen tai menee sekaisin vuoronsa aikana. Monet pelaavat nopeaa yksi vastaan yksi -muunnelmaa, jossa pelaajien on seistävä vastakkain koko pelin ajan.
”Ninja-tasapainossa” pelaajat voivat käyttää vain yhtä kättä, ja toinen käsi asetetaan selän taakse, eikä se saa koskea mihinkään. Oikeat kädet on sidottu yhteen ja pelaajat eivät voi liikuttaa yhtä jalkaa, joka on istutettu ulomman nilkan luusta varpaisiin. Pelaajat saavat osuman koskettamalla sidotun käden sormella mitä tahansa vastustajan osaa tai kun he saavat toisen pelaajan menettämään tasapainonsa ja liikuttamaan istutettua jalkaansa. Kolme osumaa on voitto. Pelaajat hylätään, jos he aiheuttavat loukkaantumisen tai käyttävät kuollutta kättä muuhun kuin tasapainoon.
Toinen variaatio sisältää ”instant death” -säännön. Yleisin versio on, kun pelaaja lyö toista pelaajaa nenään. Myös muita kohtia, kuten kaulaa ja otsaa, voidaan käyttää.
Toinen muunnelma on kahden pelaajan versio, jossa pelaajat saavat vaihtaa asentoa korkeintaan kaksi kertaa peräkkäin. Ja kohteet ovat edelleen kädet ja muunnelmaa voidaan käyttää myös yleisesti ninjaturnauksen tekemiseen