Spesifisyys on entsyymin ominaisuus ja kuvaa sitä, kuinka rajoittavasti entsyymi valitsee substraatin; täysin spesifisellä entsyymillä olisi vain yksi substraatti.
Seriiniproteaasien spesifisyys ei yleensä ole kovin suuri, koska niillä on samanlaiset aktiiviset kohdat ja ne toimivat saman proteolyyttisen mekanismin kautta.
Yksi ja sama seriiniproteaasi voi siis vaikuttaa eri substraatteihin, vaikkakin eri nopeasti. Sillä, miten substraatti sopii entsyymin aktiiviseen kohtaan, on ratkaiseva merkitys entsyymi-substraatti-reaktion lopputuloksen kannalta. Halkaistavalla sidoksella on oltava tietty suunta suhteessa katalyyttisen triadin aminohappojen sivuketjuihin. Tärkein tekijä, joka ohjaa substraatin sopivuutta entsyymille, on aminohapposekvenssi pilkottavan sidoksen ympärillä.
Trypsiini pilkkoo emäksisten aminohappojen arginiinin ja lysiinin amideja ja estereitä. Trombiinilla on samanlainen mieltymys, mutta se on spesifisempi arginiinille kuin lysiinille.
Selektiivisyys on substraatin ominaisuus ja ilmaisee, missä määrin eri entsyymit sitoutuvat substraattiin ja pilkkovat sitä. Selektiivisyyden paras mittari on suhde kcat/Km. Synteettiset substraatit ovat huomattavasti pienempiä kuin luonnolliset substraatit ja niitä voi yleensä pilkkoa useampi kuin yksi entsyymi, eli synteettiset substraatit eivät ole täysin selektiivisiä. Tämä selittyy sillä, että suuret substraatit, kuten fibrinogeeni, eivät ole vuorovaikutuksessa ainoastaan aktiivisen alueen kanssa vaan myös entsyymin ulkopuolisten alueiden kanssa. Tällaiset vuorovaikutukset mahdollistavat sen, että substraatit pystyvät erottelemaan eri seriiniproteaasit toisistaan, ja fibrinogeenista tulee näin ollen erittäin selektiivinen trombiinille.
Selektiivisyystaulukot
Taulukon selektiivisyystiedot on koottu siten, että tutkija voi ymmärtää, miten kontaminoiva entsyymi vaikuttaisi tutkittavaan entsyymi-substraatti-reaktioon. Toinen tapa ilmaista tämä on sanoa, että taulukko osoittaa kahden tai useamman entsyymin suhteelliset reaktiivisuudet yhdessä tietyssä substraatissa. Taulukkoa on luettava vaakasuorassa. Kukin rivi edustaa tietyn entsyymin kanssa käytettäväksi määritellyn substraatin reaktiivisuutta, joka on merkitty vasemmalle, suhteessa muihin vastaaviin entsyymeihin.
Esimerkki: Ylimmän rivin tietosarja osoittaa trombiinisubstraatin S-2238™ suhteellisen reaktiivisuuden eri entsyymien kanssa. Kaikki kokeet suoritettiin käyttäen samaa puskuria eli sitä, joka soveltuu parhaiten trombiinin ja kromogeenisen substraatin S-2238™ väliseen reaktioon. Lisäksi substraattikonsentraatio oli aina sama eli 2 x Km kromogeenisen substraatin S-2238™ reaktiossa trombiinin kanssa. Eri entsyymien pitoisuudet on esitetty taulukossa 2, ja ne on suhteutettu vastaavan entsyymogeenin pitoisuuteen plasmassa. Kromogeenisen substraatin S-2238™ reaktiivisuudelle trombiinin kanssa, mitattuna ajasta riippuvana absorbanssin lisäyksenä (ΔA/min), annetaan arvo 100 % (suluissa on ilmoitettu todellinen arvo ΔA/min). Kromogeenisen substraatin S-2238™ reaktiivisuus entsyymien FXa, FXIa, APC, plasmiinin, yksiketjuisen t-PA:n, plasman kallikreiinin ja C1s:n kanssa on sen jälkeen suhteutettu kromogeenisen substraatin S-2238™ reaktiivisuuteen trombiinin kanssa, ja sen reaktiivisuudeksi on osoittautunut 5, 5, 40, 5, 5, 5, 60 ja 2 %.
.