Mesoterapiahoitoja on tehty Euroopassa, Etelä-Amerikassa ja viime aikoina myös Yhdysvalloissa yli viidenkymmenen vuoden ajan. Lääkärit ovat kuitenkin ilmaisseet huolensa mesoterapian tehosta väittäen, että hoitoa ei ole tutkittu tarpeeksi, jotta siitä voitaisiin tehdä päätös. Ensisijainen ongelma on se, että mesoterapia kosmeettisten sairauksien hoidossa ei ole ollut kullanarvoisten kliinisten tutkimusten kohteena; menettelyä on kuitenkin tutkittu muiden vaivojen, kuten jännetuppitulehduksen, jänteiden kalkkeutumisen, hammaslääketieteellisten toimenpiteiden, syövän, cervicobrachialgian, niveltulehduksen, lymfaturvotuksen ja laskimotukoksen kivunlievityksen lievittämiseksi. Lisäksi mesoterapiaa kosmeettisena hoitona on käsitelty tapaussarjoissa ja lukuisissa lääketieteellisissä artikkeleissa sekä tutkimuksissa, joissa käytetään mesoterapiassa käytettäviä ainesosia.
Keskustelun toisen puolen ilmaisee Rod Rohrich, M.D., puheenjohtaja, plastiikkakirurgian osasto, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas: ”Tietääkseni ei yksinkertaisesti ole olemassa mitään dataa, tiedettä tai tietoa siitä, että mesoterapia toimisi.” American Society of Plastic Surgeons antoi kannanoton, jossa se ei kannata mesoterapiaa, mutta tämä tukematta jättäminen on herättänyt kiistoja. Koska mesoterapia ei ole kirurginen hoito vaan pikemminkin ei-invasiivinen vaihtoehto plastiikkakirurgialle, hoito kilpailee plastiikkakirurgian kanssa samoista potilaista.
FDA ei voi valvoa lääkäreiden käyttöä, jotka ruiskuttavat erilaisia seoksia potilaiden kehoon, koska tämä käytäntö kuuluu osavaltioiden lääkelautakuntien toimivaltaan. Näin on, koska osavaltioiden lääkelautakunnat pitävät mesoterapiaa ”toimenpiteenä”. FDA:n tehtävänä on toisaalta hyväksyä elintarvikkeet, ravintolisät, lääkkeet, rokotteet, biologiset lääkinnälliset tuotteet, verituotteet, lääkinnälliset laitteet, säteilyä lähettävät laitteet, eläinlääkinnälliset tuotteet ja kosmetiikka.
Amerikkalaisen ihotautiakatemian puolesta puhuva Robin Ashinoff sanoo: ”Yksinkertainen injektio antaa ihmisille väärää toivoa. Kaikki etsivät nopeaa ratkaisua. Pikaratkaisua rasvaan tai rasvakertymiin tai selluliittiin ei kuitenkaan ole olemassa.” American Society for Dermatologic Surgery ilmoitti jäsenilleen helmikuussa 2005, että ”lisätutkimukset ovat perusteltuja, ennen kuin tätä tekniikkaa voidaan hyväksyä.”
Monet ihotautilääkärit ja plastiikkakirurgit ovat huolestuneita mesoterapian kasvavasta profiilista. ”Kukaan ei sano tarkalleen, mitä (ruiskuun) laitetaan”, sanoo Naomi Lawrence, New Jerseyn lääketieteen ja hammaslääketieteen yliopiston dermakirurgi. ”Yksi usein käytetty lääke, fosfatidyylikoliini, on arvaamaton ja aiheuttaa äärimmäistä tulehdusta ja turvotusta ruiskutuskohdassa. Se ei ole hyvänlaatuinen lääke.”
Se on tällä hetkellä kielletty useissa Etelä-Amerikan maissa. Jopa Brasilia, joka ei ole yhtä tiukka kuin Yhdysvallat lääkkeiden hyväksynnän suhteen, on kieltänyt lääkkeen näihin tarkoituksiin.
Australiassa terveysministeriö tutkii vaihtoehtohoitosalonkia sen jälkeen, kun useat asiakkaat saivat hoidon seurauksena ihopaiseita vasikoihin, pakaroihin, reisiin, vatsaan, olkapäihin, kasvoihin ja kaulaan, ja yhdelle potilaalle kehittyi myös mykobakteeritulehdus.
Sen jälkeen, kun erään ranskalaisen hoitajan useilla potilailla havaittiin ei-toivottuja vaikutuksia, Ranskassa julkaistiin huhtikuussa 2011 virallinen ratifikaatio, jolla kiellettiin mesoterapia rasvakertymien poistomenetelmänä.Ranskan valtioneuvosto kumosi kiellon kesäkuussa 2011, koska tutkimukset osoittivat, että nämä ei-toivotut vaikutukset eivät johtuneet itse mesoterapiasta vaan siitä, että sitä oli harjoitettu huonoissa oloissa ja noudattamatta hygieniaperiaatteita.