Kasvi- ja eläinkunta
Maltan kasvisto ja eläimistö ovat tyypillisiä Välimeren matalille rannikkoalueille. Metsien liiallinen hyödyntäminen puutavaran tuottamiseksi ja maan raivaaminen rakentamista ja maataloutta varten ovat tuhonneet suuren osan Maltan metsistä, vaikka muutama halkotammi on edelleen jäljellä. Aleppomäntyä on onnistuneesti istutettu uudelleen. Maquis, pensasmainen aluskasvillisuus, kasvaa laaksoissa ja jyrkänteiden alapuolella, ja se koostuu linssikuusesta, johanneksenleipäpuista, oliivista, laakeripensaasta ja joissakin paikoissa sandarac-kumipuusta (Maltan kansallispuu). Garigue, matalakasvuinen Välimeren pensaikko, on Maltan yleisin kasvillisuus, ja se peittää suuren osan maan kalkkikivitasangosta. Maltan aroa hallitsevat erilaiset ruohot, ohdakkeet sekä palkokasvit ja sipulikasvit. Ruovikoita esiintyy kaikkialla siellä, missä on runsaasti makeaa vettä, ja kosteikoissa kasvaa kerrossammalia, saraita ja ruohoja. Suolaisilla suoalueilla on kotoisin lasikärsämöä, rönsyleinikkiä ja mäkitervakkoa. Maltan harvoilla jäljellä olevilla rannikkodyyneillä kasvaa hiekkasuolaheinää, merikaalia ja merinarsisseja, ja matalille kalliorannikoille ovat tyypillisiä kultainen samphire, kalliosamphire ja merilaventiinit (joista useat ovat endeemisiä). Jyrkänteet ja rantakalliot tukevat monia Maltan kotoperäisiä lajeja, joihin kuuluu monotyyppisiä sukuja, kuten maltalainen kallio-orakka (Cremnophyton lanfrancoi) ja maltalainen kalliosentakiainen (Palaeocyanus crassifolius), joista jälkimmäinen on kansalliskasvi.
Maltan kotoperäisiin nisäkkäisiin kuuluvat sisilialaisen varpuslampikorennon alilaji ja useat lepakotyypit. Suurin osa maan muista nisäkkäistä, mukaan lukien algerialainen siili, Välimeren kameleontti, etruskisirri, jänis ja näätä, on tuotu maahan. Kotoperäisiä matelijoita ovat muun muassa maltalainen seinälisko, ocellated skink, maurilainen ja turkkilainen gekko, läntinen piiskakäärme ja leopardikäärme. Maltan ainoa sammakkoeläin on maalisammakko, joka on Sisiliassa ja Maltalla endeeminen laji. Selkärangattomia, kuten hyönteisiä, arachnideja ja etanoita, on runsaasti.
Vaikka pesiviä lintuja on suhteellisen vähän, muuttolintuja on runsaasti. Merilintuja ovat muun muassa myrskylintu sekä Välimeren- ja Cory’s Shearwaters. Merkittävimpiä lintuja ovat espanjankirvinen, joka on Maltan yleisin lintu, ja sinikirvinen, Maltan kansallislintu.