Alue, jolla Reservoir sijaitsee, oli osa Rancho Janalia, ja sen osti E. S. Babcock. Lower Otay Reservoir luotiin alun perin vuonna 1897, kun Southern California Mountain Water Company oli rakentanut Lower Otayn padon. Alkuperäinen pato oli 38 metriä (125 jalkaa) korkea kivitäyttöpato. Vuonna 1900 John D. Spreckels osti maa-alueet tekoaltaan ympäriltä, ja myöhemmin tekoaltaan osti Sprecklesin omistama yhtiö. Järven rannalla oli metsästysmaja, jota Hotel del Coronadon vieraat käyttivät.
Alkuperäinen pato murtui tammikuussa 1916 rankkasateiden jälkeen, jotka vaikuttivat suurimpaan osaan Etelä-Kaliforniasta ja tulvivat Otay Valleyyn 20-100 jalan (6,1-30,5 m) korkuisella vesiseinällä tapahtuman aikana, jolloin yli 14 ihmistä kuoli. Tulva pyyhkäisi mukanaan kokonaisia maatiloja ja rakennuksia, mukaan lukien Montgomeryn residenssin Fruitlandissa lähellä joen suuta, jossa John J. Montgomery oli rakentanut ensimmäisen sarjan miehitettyjä purjelentokoneita. Sateet olivat näennäisesti ”sateentekijä” Charles Hatfieldin työtä, jonka San Diegon kaupunki oli palkannut auttamaan sateiden lisäämisessä läheisen Morena-järven täyttämiseksi. Häntä ei koskaan syytetty mistään rikoksesta. Tämän jälkeen rakennettiin nykyinen Arch-gravitaatiopato. Vuonna 1934 se nimettiin sen rakentamista valvonneen kaupungin insinöörin Hiram Newton Savagen kunniaksi.
Vuonna 1936 Stephen Birch osti tekojärveä ympäröivän maa-alueen, joka oli ollut Rancho Otay. Hänen tyttärensä Mary peri maan ja muutti naimisiin entisen kuninkaallisten ilmavoimien komentajan kanssa entiseen metsästysmajaan Ylemmän Otay-järven rannalla, Rancho del Otayyn.
A Curtiss SB2C Helldiver -lentokone havaittiin järvellä helmikuussa 2009 ahvenen kalastajan toimesta. Se oli ollut 28. toukokuuta 1945 harjoituspommituslennolla läheiseltä lentotukialukselta, kun sammunut moottori pakotti sen hätälaskuun tekojärveen. Sukeltajat tutkivat konetta 23. heinäkuuta 2009 nähdäkseen, voitaisiinko se pelastaa museonäyttöön, ja se nostettiin ylös 20. elokuuta 2010.