Luokkien vaihtaminen tapahtuu sen jälkeen, kun kypsä B-solu on aktivoitunut kalvoon sidotun vasta-ainemolekyylinsä (tai B-solureseptorinsa) kautta, jolloin syntyy eri vasta-aineluokkia, joilla kaikilla on samat muuttuvat domeenit kuin alkuperäisellä vasta-aineella, joka on syntynyt epäkypsässä B-solussa V(D)J-rekombinaatioprosessin aikana, mutta joilla on erilaiset pysyvät domeenit raskaissa ketjuissaan.
Naiviit kypsät B-solut tuottavat sekä IgM:ää että IgD:tä, jotka ovat immunoglobuliinilokuksen kaksi ensimmäistä raskaan ketjun segmenttiä. Antigeenin aiheuttaman aktivaation jälkeen nämä B-solut lisääntyvät. Jos nämä aktivoituneet B-solut kohtaavat CD40- ja sytokiinireseptoriensa (joita molempia moduloivat T-apurisolut) kautta erityisiä signaalimolekyylejä, ne vaihtavat vasta-aineluokkaa ja tuottavat IgG-, IgA- tai IgE-vasta-aineita. Luokanvaihdon aikana immunoglobuliinin raskaan ketjun vakioalue muuttuu, mutta muuttuvat alueet ja siten antigeenispesifisyys säilyvät ennallaan. Tämän ansiosta saman aktivoituneen B-solun eri tytärsolut voivat tuottaa eri isotyyppejä tai alatyyppejä (esim. IgG1, IgG2 jne.) vasta-aineita.
Raskaan ketjun eksonien järjestys on seuraava:
- μ – IgM
- δ – IgD
- γ3 – IgG3
- γ1 – IgG1
- α1 – IgA1
- γ2 – IgG2
- γ4 – IgG2
- γ4 – IgG4
- ε – IgE
- α2 – IgA2
Luokanvaihto tapahtuu mekanismilla, jota kutsutaan luokkakytkennän rekombinaatioksi (class switch recombination, CSR) sitoutumiseksi. Luokkakytkennän rekombinaatio on biologinen mekanismi, jonka avulla aktivoituneen B-solun tuottama vasta-aineluokka voi muuttua prosessin aikana, joka tunnetaan nimellä isotyypin tai luokan vaihto. CSR:n aikana kromosomista poistetaan osia vasta-aineen raskaan ketjun lokuksesta, ja poistettua osaa ympäröivät geenisegmentit yhdistetään uudelleen niin, että säilyy toimiva vasta-ainegeeni, joka tuottaa eri isotyyppistä vasta-ainetta. DNA:han syntyy kaksijuosteisia katkoksia konservoituneissa nukleotidimotiiveissa, joita kutsutaan kytkinalueiksi (S-alueiksi) ja jotka ovat ylävirtaan vasta-aineen raskaiden ketjujen vakioalueita koodaavista geenisegmenteistä; näitä katkoksia esiintyy kaikkien raskaiden ketjujen vakioalueiden geenien vieressä δ-ketjua lukuun ottamatta. DNA:ta niksautetaan ja katkaistaan kahdella valitulla S-alueella useiden entsyymien, kuten aktivointi-indusoidun (sytidiini)deaminaasin (AID), urasiili-DNA-glykosylaasin ja apyrimidi-/apuriini-endonukleaasien (AP), vaikutuksesta. S-alueiden väliin jäävä DNA deletoidaan tämän jälkeen kromosomista, jolloin ei-toivotut μ- tai δ-raskaan ketjun vakioalueen eksonit poistetaan ja γ-, α- tai ε-vakioalueen geenisegmentti voidaan korvata. DNA:n vapaat päät yhdistetään uudelleen prosessilla, jota kutsutaan NHEJ:ksi (non-homologous end joining), jotta muuttuvan alueen eksoni voidaan liittää vasta-aineen raskaan ketjun haluttuun alajuoksun vakioalueen eksoniin. Jos ei-homologista loppuliitosta ei tapahdu, DNA:n vapaat päät voidaan yhdistää uudelleen vaihtoehtoisella reitillä, joka on suuntautunut mikrohomologisiin liitoksiin. Lukuun ottamatta μ- ja δ-geenejä B-solu ilmentää aina vain yhtä vasta-aineluokkaa.Vaikka luokanvaihtorekombinaatio on useimmiten deletoitumisprosessi, jossa kromosomi järjestäytyy uudelleen ”cis:ssä”, se voi tapahtua (Ig-luokasta riippuen 10-20 prosentissa tapauksista) myös kromosomien välisenä translokaationa, jossa immunoglobuliinien raskaiden ketjujen geenit sekoittuvat molempien alleelien välillä.