Yhdysvaltojen vuonna 1898 tekemä Espanjan vallan kukistaminen sai filippiiniläiset uskomaan, että heidän maansa itsenäisyys, joka julistettiin 12. kesäkuuta 1898, oli taattu. Käyttöön otettiin kansallislippu, joka oli aivan erilainen kuin muutamaa vuotta aiemmin käytetyt vallankumousliput. Lippua nostettaessa oli valkoinen kolmio, joka symboloi vapautta ja oli todennäköisesti peräisin vapaamuurari-symboliikasta. Siinä oli kultainen aurinko ja kolme kultaista tähteä, jotka edustivat Filippiinien kolmea tärkeintä aluetta: Luzonin saariryhmää pohjoisessa, Visayan-saariryhmää etelässä ja eteläistä pääsaarta Mindanaota. Kahdeksan auringonsädettä merkitsivät maakuntia, joissa alkuperäinen espanjalaisten vastainen kapina oli puhjennut. Loppuosa lipusta koostui vaakasuorista raidoista, jotka olivat sinistä (valmiudesta uhrata itsensä vapauden puolesta) ja punaista (rohkeuden puolesta).
Yhdysvallat tukahdutti ensimmäisen tasavallan lopullisesti, ja sen lippu oli kielletty vuosina 1907-1920. Vuonna 1936 uusi Filippiinien kansainyhteisö otti kyseisen lipun käyttöön ennakoiden mahdollista itsenäisyyttä. Japanin miehityksen aikana Filippiinien lippu kiellettiin ensin ja tunnustettiin sitten virallisesti 14. lokakuuta 1943, kun Japanin hallitsema toinen tasavalta julistettiin. Japanin hallintoa vastustavat filippiiniläiset pitivät lippua niin, että sininen raita oli alhaalla ja punainen raita ylhäällä (eli he nostivat lipun ylösalaisin). Lopulta Yhdysvallat myönsi Filippiineille itsenäisyyden 4. heinäkuuta 1946 vuoden 1898 lipun alla. Vuonna 1985 presidentti Ferdinand Marcos muutti sinisen sävyn tummasta vaaleaksi uskoen, että tasavallan varhaisimmissa lipuissa oli käytetty vaaleansinistä. Hänen seuraajansa Corazon Aquino peruutti muutoksen, mutta 16. syyskuuta 1997, Filippiinien alkuperäisen lipun satavuotisjuhlavuotta odotellessa, yläraita muutettiin jälleen, tummasta laivastonsinisestä vaaleampaan kuninkaansiniseen.