Miinusliigapesäpalloilun historiassa on ollut useita Etelä-Atlantin liigoja, jotka ovat ulottuneet vuodesta 1904 nykypäivään muutamalla tauolla. Liiga toimi vuodesta 1904 vuoteen 1917 C-luokan liigana, jonka jälkeen se aloitti uudelleen vuonna 1919, niin ikään C-luokassa. Tällä kertaa se toimi vuodesta 1919 vuoteen 1930 ja nousi B-luokkaan vuodesta 1921 alkaen. William G. Bramhamista tuli liigan puheenjohtaja vuoden 1924 puolivälissä, ja hän toimi puheenjohtajana vuoteen 1930 asti. Liiga käynnistyi uudelleen B-luokkana vuosina 1936-1942, lopetti toimintansa toisen maailmansodan vuoksi ja palasi vuonna 1946 A-luokkana. AA Southern Association (joka ei koskaan integroitunut) kuoli kauden 1961 jälkeen, joten SAL nousi AA:han vuonna 1963 sen tilalle; vuotta myöhemmin nimi muutettiin Southern Leagueksi. Kauden 51:stä toimintakaudesta Augusta, Georgia kilpaili 46:lla kaudella, Macon, Georgia oli mukana 46:lla kaudella ja Columbia, Etelä-Carolina 45:llä kaudella. Charleston, Etelä-Carolina; Jacksonville, Florida; Savannah, Georgia; ja Columbus, Georgia; kukin kilpaili myös vähintään 29 vuotta, joten kokoonpano oli suhteellisen vakaa.
Etelä-Atlantin liigan nimi jäi käyttämättä 16 vuodeksi, mutta vuonna 1980 Western Carolinas League toi nimen takaisin pyrkiessään muuttamaan identiteettiään. Lähes 60 vuoden ajan, vuodesta 1948 vuoteen 2007, WCL/SAL:n hallitseva hahmo oli liigan perustaja ja puheenjohtaja John Henry Moss, joka perusti WCL:n nuorena miehenä vuonna 1948, perusti sen uudelleen vuonna 1960 ja johti sitä sitten uudelle vuosisadalle. Moss jäi eläkkeelle Etelä-Atlantin liigan kauden 2007 päätyttyä. Hän kuoli 90-vuotiaana 1. heinäkuuta 2009 Kings Mountainissa, Pohjois-Carolinassa – kaupungissa, jossa hän oli toiminut myös pormestarina 23 vuoden ajan.
Vuonna 2005 SAL:n yleisömäärä oli korkein 101 vuoteen, yli 3 541 992 katsojaa (kun taas pikkuliigan baseballissa tehtiin toinen peräkkäinen ennätys 41 333 279 katsojalla). Tällä hetkellä liigassa on 14 joukkuetta, jotka on jaettu kahteen seitsemän seuran divisioonaan.
Kauden 2020 alkua lykättiin COVID-19-pandemian vuoksi ennen kuin se lopulta peruttiin 30. kesäkuuta. Vuoden 2020 loppupuolella Major League Baseballin suorittama minor league -järjestelmän rakenneuudistus aiheutti massiivisia mullistuksia A- ja High-A-tasoilla. Niistä neljästätoista joukkueesta, jotka olisivat pelanneet SAL:n kauden 2020, kuusi ylennettiin High-A:han ja osallistuisi uuteen High-A Eastiin, viisi pysyi Low-A:ssa, mutta liittyi uuteen Low-A Eastiin, ja kolme joutui poistumaan kokonaan liittyneestä baseballista. Hagerstown Sunsin kerrottiin lopettaneen toimintansa, ja West Virginia Power ja Lexington Legends liittyivät molemmat Atlantic League of Professional Baseballiin, joka on Major League Baseballin kumppanuusliiga.