1796-1802Edit
Sota oli vahingollinen Espanjalle ja Espanjan kruunun tuloille, sillä Britannian saarto vähensi huomattavasti siirtokunnista saapuvien varojen määrää. Jose de Cordoba y Ramosin johtamalla Espanjan päälaivastolla oli kuitenkin 27 linjalaivaa, ja se suunnitteli liittoutumista ranskalaisten kanssa ja arvokkaiden tavaroiden kätköjen suojelemista. Ison-Britannian Välimeren laivastolla oli 15 linjalaivaa, ja se oli ranskalais-espanjalaisten uhkien vuoksi vahvasti alakynnessä, minkä vuoksi se joutui vetäytymään Korsikalta ja Elbalta vuoteen 1797 mennessä. Espanjan laivasto osoittautui kuitenkin kyvyttömäksi koordinoimaan toimintaansa ranskalaisten tasavaltalaisten liittolaistensa kanssa, ja se kärsi kovan tappion Cape St Vincentin taistelussa. Tämä jätti Espanjan loppusodan ajaksi epäedulliseen asemaan merellä, vaikka se torjuikin kaksi brittiläistä hyökkäystä Cádiziin ja Teneriffalle sekä myöhemmin brittiläisen Ferrolin retkikunnan.
1804-1808Edit
Amiensissa vuonna 1802 tehdyssä sopimuksessa määrättiin väliaikainen aselepo vihollisuuksiin, joka kuitenkin rikottiin vuonna 1804, kun brittiläiset alukset hyökkäsivät yllätyksellisesti ja ilman sodanjulistusta espanjalaiseen fregattilaivueeseen, joka oli kuljettamassa kulta- ja hopeaharkkoja Cádiziin. Espanjalainen fregatti Nuestra Señora de las Mercedes räjähti, ja britit kaappasivat muut fregatit.
Ranskalaiset suunnittelivat maihinnousua Britanniaan tulevana vuonna; Espanjan laivaston oli määrä olla olennainen osa tämän maihinnousun avustamisessa. Trafalgarin taistelussa vuonna 1805 yhdistetty ranskalais-espanjalainen laivasto, joka yritti yhdistää voimansa pohjoisessa sijaitsevien ranskalaisten laivastojen kanssa hyökkäystä varten, joutui brittilaivaston hyökkäyksen kohteeksi ja hävisi ratkaisevassa taistelussa. Britannian voitto lopetti Napoleonin välittömän uhan hyökätä Britanniaan. Se myös horjutti vakavasti epäsuositun Godoyn johtaman Espanjan hallituksen päättäväisyyttä, joka alkoi epäillä Napoleonin kanssa solmitun epävarman liittonsa hyödyllisyyttä. Samaan aikaan brittiläinen kampanja (1806-1807) strategisesti tärkeän Rio de la Platan alueen valloittamiseksi Espanjan Etelä-Amerikassa epäonnistui.
Godoy vetäytyi Napoleonin Britannian torjumiseksi suunnittelemasta Manner-Euroopan järjestelmästä vain liittyäkseen siihen uudelleen vuonna 1807, kun Napoleon oli voittanut preussilaiset. Napoleon oli kuitenkin menettänyt uskonsa Godoyhin ja Espanjan kuningas Kaarle IV. Espanjassa kasvoi myös tuki kuninkaan pojalle Ferdinandille, joka vastusti yleisesti halveksittua Godoyta. Ferdinand kannatti kuitenkin liittoutumista Britannian kanssa, ja Napoleon oli aina epäillyt kaikkien Bourbonien kuninkaallisten luotettavuutta.