Fouts valittiin kolmannella kierroksella NFL:n vuoden 1973 varaustilaisuudessa 64. sijalla, ja hän auttoi Chargersin pudotuspeleihin vuosina 1979-1982 ja kahdesti AFC:n mestaruusotteluun (1980 ja 1981). Tuona aikana San Diego sijoittui joka kausi NFL:n neljän parhaan joukkoon pisteissä ja johti liigaa kahdesti. Fouts johti liigaa neljä kertaa syöttöjaardien määrässä; hän lopetti uransa yli 40 000 jaardilla ja oli kolmas pelaaja, joka ylitti tämän rajan. Hänet valittiin Pro Football Hall of Fameen vuonna 1993.
Fouts valittiin kuusi kertaa Pro Bowliin (1979, 1980, 1981, 1982, 1983, 1985) ja hän saavutti kolmen vuoden ajan (1981-83) yli 90,0 passer ratingin. Hän oli ensimmäinen NFL-pelaaja, joka ylitti 4000 syöttöjaardia kolmella peräkkäisellä kaudella (1979-1981), johti NFL:n syöttöjaardien tilastoa neljällä peräkkäisellä kaudella (1979-1982) ja ylitti kuudesti 20 touchdownin rajan, joista 33 oli uran ennätys vuonna 1981. Hänen uransa ennätys 4 802 syöttöjaardia kaudella 1981 oli tuolloin NFL:n ennätys.
Fouts teki NFL:n kauden syöttöjaardiennätykset kolmella peräkkäisellä kaudella 1979-1981 yhteensä 4 082, 4 715 ja 4 802 jaardia. Hän rikkoi Joe Namathin ammattilaisennätyksen 4 007, joka oli tehty American Football Leaguessa vuonna 1967, ja Dan Marino rikkoi Foutsin ennätyksen vuonna 1984 5 084 jaardilla. Chargers vuonna 1979 oli ensimmäinen AFC:n läntisen divisioonan mestari, joka suoritti enemmän syöttöjä (541) kuin juoksuja (481). Fouts sijoittui Earl Campbellin jälkeen toiseksi Associated Pressin (AP) äänestyksessä sekä NFL:n arvokkaimman pelaajan (MVP) että vuoden hyökkäävän pelaajan palkinnoissa. Seuraavalla kaudella Fouts teki NFL:n ennätyksen kahdeksassa ottelussaan vähintään 300 jaardin syötön ja hänestä tuli ensimmäinen pelinrakentaja, joka heitti 30 touchdownia kauden aikana sitten Daryle Lamonican vuonna 1969. Vuonna 1982, jolloin kausi lyheni yhdeksään peliin lakon vuoksi, Fouts syötti keskimäärin 320 jaardia ottelua kohden, mikä oli NFL-ennätys, joka pysyi voimassa, kunnes Drew Brees syötti keskimäärin 342,25 jaardia vuonna 2011. Tuon kauden kohokohtiin kuuluivat peräkkäiset voitot vuoden 1981 Super Bowl -joukkueista San Franciscosta (41-37) ja Cincinnatista (50-34), joissa Fouts heitti kummassakin ottelussa yli 400 jaardia ja johti Chargersin voittoihin. Pro Football Writers Association ja Newspaper Enterprise Association nimesivät hänet tuolla kaudella NFL:n MVP:ksi. Hän sijoittui toiseksi AP:n äänestyksessä Mark Moseleyn jälkeen, joka on ainoa palkinnon koskaan voittanut potkaisija. AP valitsi hänet kuitenkin liigan hyökkäyksen MVP:ksi, kuten myös Pro Football Weekly.
Fouts keräsi All-Pro-valinnat sekä 1979 että 1982, ja hänet nimettiin myös 2. joukkueen All-Pro:ksi 1980 ja 1985. Lisäksi Fouts nimettiin myös 2nd Team All-AFC:ksi vuosina 1981 ja 1983. Fouts ja Chargers hävisivät kuitenkin molemmat AFC:n mestaruusottelut, joissa he pelasivat.
Foutsin ensimmäiset vuodet liigassa olivat epäsuotuisat, mutta päävalmentaja Don Coryellin tulon myötä vuonna 1978 Chargersin onni kääntyi. Menestyksen siemenet oli kuitenkin kylvetty jo kaksi vuotta aiemmin, kun Bill Walsh tuli Chargersin hyökkäyskoordinaattoriksi. Coryellin alaisuudessa Chargers tunnettiin nimellä Air Coryell syvästä syöttöpelistä ja tiukkapään osallistumisesta tärkeimpänä vastaanottajana. Tämä edellytti kovaa ja älykästä pelinrakentajaa, jolla oli vahva käsi. Fouts sopi tähän tarkoitukseen.
Fouts ei ollut liikkuva pelinrakentaja ja syvä syöttöpeli johti moniin osumiin. Hall of Fame -valmentaja Bill Walsh, Chargersin apuvalmentaja vuonna 1976, sanoi: ”Dan Foutsilla oli viileä, teräksinen hermo ja rohkeus … Hän otti paljon turpaansa, sai paljon turpaansa, mutta jatkoi pelaamista loukkaantuneena tai muuten vain. Hän pelasi fyysisempää jalkapalloa kuin kukaan muu joukkueessaan, linjapuolustajat mukaan lukien”. Fouts käytti harvoin haulikkopeliä, vaan hän vetäytyi keskeltä ja etsi yhtä monista loistavista vastaanottimista. Laitahyökkääjä Charlie Joiner ja tiukka pääty Kellen Winslow olivat tunnetuimpia, jotka molemmat ovat nykyään Hall of Fameissa, mutta myös muun muassa John Jefferson ja Wes Chandler olivat avainasemassa. Foutsin syötön ansiosta Winslow johti NFL:n vastaanottotilastoa kahdesti (1980,1981), ja Winslow (1982) ja Lionel James (1985) johtivat AFC:n vastaanottotilastoa vielä kahdesti yhteensä. James teki vuonna 1985 NFL:n ennätyksen (sittemmin rikottu) juoksijan vastaanottamien jaardien määrässä (1027). Jeffersonista tuli ensimmäinen vastaanottaja, joka on saanut 1 000 jaardia vastaanottoja jokaisella kolmella ensimmäisellä kaudellaan NFL:ssä. Sekä Jefferson (1980) että Chandler (1982) johtivat NFL:ää vastaanotettujen jaardien määrässä. Chandlerin 129 jaardia ottelua kohden vuonna 1982 on edelleen liigan ennätys. Sekä Jefferson (1978, 1980) että Chandler (1982) johtivat NFL:n TD-lukemia. Vuonna 1980 Winslow’sta, Jeffersonista ja Joinerista tuli ensimmäinen saman joukkueen kolmikko, joka sai 1 000 jaardia vastaanottoja kauden aikana. Kun hän vetäytyi eläkkeelle vuoden 1986 jälkeen, Joiner oli NFL:n kaikkien aikojen vastaanottojen johtaja 750:llä.
Passisuojaus oli myös kriittinen tällaiselle hyökkäykselle. Chargersilla oli erinomainen hyökkäyslinja, joka suojasi Foutsia hyvin ja johon kuuluivat nelinkertainen Pro Bowler Ed White, viisinkertainen Pro Bowler Russ Washington, kolminkertainen Pro Bowler Doug Wilkerson, Billy Shields ja Don Macek. Chargers johti liigan syöttöjaardien määrää NFL:n ennätykselliset kuusi vuotta peräkkäin vuosina 1978-1983 ja uudelleen vuonna 1985 Foutsin johdolla. He johtivat liigaa myös hyökkäyksen kokonaisjaardeissa 1980-1983 ja 1985.
Vaikka Chargers kävi pudotuspeleissä vuosina 1979-1982 ja pelasi kahdessa AFC:n mestaruusottelussa, Foutsin johdolla Chargers ei koskaan päässyt Super Bowliin (vaikka kävi seitsemän vuotta hänen eläkkeelle siirtymisensä jälkeen). Yleensä tämä johtuu huonosta puolustuksesta ja haluttomuudesta juosta palloa. Foutsin parhaassa iässä puolustus ei ollut yhtä loistava, mutta juoksupeli parani huomattavasti, kun New Orleansista vuonna 1980 vaihdettu Chuck Muncie ja Auburnista vuonna 1981 hankittu James Brooks tulivat mukaan. Puolustus kärsi kuitenkin menetyksen, kun All-Pro:n säkkispesialisti Fred Dean kaupattiin San Francisco 49ersiin vuonna 1981 sopimuskiistan vuoksi. Dean voitti UPI:n NFC:n vuoden puolustuspelaajan palkinnon (vaikka pelasi vain 11 ottelussa) samana vuonna matkalla Super Bowlin voittoon ja auttoi 49ersin toiseen Super Bowlin mestaruuteen kolme vuotta myöhemmin. Dean otettiin myöhemmin Hall of Fameen.
”En osaa sanoa, kuinka paljon se vaikutti meihin, koska pääsimme AFC:n mestaruusotteluun”, sanoi Chargersin All-Pro-puolustaja Gary ”Big Hands” Johnson Deanin menetyksestä. ”Mutta voisin sanoa, että jos meillä olisi ollut enemmän pass rushia kulmasta, tilanne olisi voinut olla erilainen.” U-T San Diego kutsui vuonna 2013 kauppaa ”kenties franchising-historian suurimmaksi virheeksi”. Fouts itse melkein kaupattaisiin vuonna 1983 Baltimore Coltsiin vaihdossa John Elwayn oikeuksiin sopimuskiistan vuoksi, mutta hän pääsisi sopimukseen jatkosopimuksesta ja Elway kaupattaisiin sen sijaan pahamaineisesti kilpailevaan Denver Broncosiin.
Kaiken kaikkiaan Chargers saavutti pudotuspeleissä kolme voittoa neljää tappiota vastaan Foutsin alaisuudessa, joka heitti yli 300 jaardia kahta lukuunottamatta kaikissa näissä otteluissa. Yksi heidän merkittävimmistä voitoistaan oli The Epic -nimellä tunnettu vuoden 1982 pudotuspeli Miamissa, jossa Fouts johti joukkueensa 41-38-voittoon suorittamalla 33 syöttöä 53:sta ja tekemällä franchise-ennätyksen 433 jaardia ja kolme touchdownia kuumana ja kosteana päivänä. Hänen suorituksensa, yrityksensä ja jaardinsa ottelussa olivat tuolloin kaikki NFL:n postseason-ennätyksiä. Seuraavalla viikolla AFC:n mestaruusottelussa Cincinnatissa lämpötila laski 92 °F edellisviikkoon verrattuna Miamissa, ja Chargers hävisi 27-7 niin sanotussa Freezer Bowlissa.
Seuraavalla kaudella hän heitti 333 jaardia ja 3 touchdownia 31-28-voitossa Pittsburgh Steelersistä AFC:n Wild Card -kierroksella. Foutsin pudotuspeliura päättyi AFC:n divisioonan pudotuspeliotteluun Miamia vastaan, jossa hän heitti 5 syötönkatkoa vain yhteen touchdown-syöttöön. Fouts pelasi vielä neljä kautta Chargersissa ja jäi eläkkeelle vuonna 1987 15 vuoden jälkeen. Hän päätti uransa Chargersin kaikkien aikojen johtavana syöttäjänä 43 040 jaardilla ja 254 touchdownilla.