Navierin isän kuoltua vuonna 1793 hänen äitinsä jätti Navierin koulutuksen hänen setänsä Émiland Gautheyn käsiin, joka oli silta- ja tieinsinööri (Corps des Ponts et Chaussées). Vuonna 1802 Navier kirjoittautui École polytechniqueen, ja vuonna 1804 hän jatkoi opintojaan École Nationale des Ponts et Chaussées’ssa, josta hän valmistui vuonna 1806. Hän tuli lopulta setänsä seuraajaksi Corps des Ponts et Chaussées’n ylitarkastajaksi.
Hän johti Seinen departementissa Choisyn, Asnières’n ja Argenteuilin siltojen rakentamista ja rakensi jalankulkusillan Pariisin Île de la Citéen. Hänen vuonna 1824 laatimassaan Pont des Invalidesin sillan suunnitelmassa ei jätetty varmuusmarginaalia laskelmien päälle, ja murtumisen jälkeen silta jouduttiin purkamaan, mikä tuhosi Navierin sillanrakennusmaineen. Hallituksen komitea moitti häntä siitä, että hän luotti liikaa matematiikkaan.
Vuonna 1824 Navier otettiin Ranskan tiedeakatemian jäseneksi. Vuonna 1830 hän sai professuurin École Nationale des Ponts et Chaussées’ssa, ja seuraavana vuonna hän seurasi maanpaossa olevaa Augustin Louis Cauchya École polytechniquen laskennan ja mekaniikan professorina.