La microflora comensal (microflora normal, microbiota autóctona) consiste en aquellos microorganismos, que están presentes en las superficies corporales cubiertas por células epiteliales y que están expuestas al ambiente externo (tracto gastrointestinal y respiratorio, vagina, piel, etc.). El número de bacterias que colonizan las superficies de las mucosas y la piel supera el número de células que forman el cuerpo humano. Las bacterias comensales coevolucionaron con sus anfitriones, sin embargo, en condiciones específicas son capaces de superar las respuestas protectoras del anfitrión y ejercer efectos patológicos. Las bacterias residentes forman ecosistemas complejos, cuya diversidad es enorme. La microflora más abundante está presente en las partes distales del intestino; la mayoría de las bacterias intestinales son anaerobios Gram-negativos. Más del 50% de las bacterias intestinales no pueden cultivarse mediante técnicas microbiológicas convencionales. Los métodos de biología molecular ayudan a analizar la complejidad estructural y funcional de la microflora y a identificar sus componentes. La microflora residente contiene una serie de componentes capaces de activar la inmunidad innata y adaptativa. Una activación inmunitaria ilimitada en respuesta a las señales de las bacterias comensales podría suponer un riesgo de inflamación; por tanto, las respuestas inmunitarias a la microbiota de la mucosa requieren un control regulador preciso. El sistema inmunitario de las mucosas ha desarrollado mecanismos reguladores y antiinflamatorios especializados para eliminar o tolerar los antígenos alimentarios y aéreos no peligrosos y los microorganismos comensales (tolerancia oral de las mucosas). Sin embargo, al mismo tiempo, el sistema inmunitario de las mucosas debe proporcionar mecanismos de defensa locales contra las amenazas ambientales (por ejemplo, patógenos invasores). Este importante requisito lo cumplen varios mecanismos de la inmunidad de las mucosas: mecanismos de defensa innatos fuertemente desarrollados que garantizan la función adecuada de la barrera de las mucosas, la existencia de tipos únicos de linfocitos y sus productos, el transporte de inmunoglobulinas poliméricas a través de las células epiteliales a las secreciones (sIgA) y la migración y la localización de células procedentes de los tejidos organizados de la mucosa en las mucosas y las glándulas exocrinas.
El importante papel de las bacterias comensales en el desarrollo de un sistema inmunitario de la mucosa que funcione de forma óptima se demostró en animales sin gérmenes (mediante técnicas gnotobiológicas). Recientemente se ha sugerido la implicación de la microflora comensal y de sus componentes con fuertes propiedades inmunoactivadoras (por ejemplo, LPS, peptidoglicanos, superantígenos, ADN bacteriano, Hsp) en el mecanismo etiopatogénico de varias enfermedades complejas, multifactoriales y multigénicas, incluidas las enfermedades inflamatorias del intestino, la enfermedad periodontal, la artritis reumatoide, la aterosclerosis, la alergia, el fallo multiorgánico y el cáncer de colon. Los modelos animales de enfermedades humanas criados en condiciones gnotobióticas definidas están ayudando a dilucidar la etiología de estos trastornos frecuentes. Una mejor comprensión de las interacciones entre las bacterias comensales y el huésped, empleando modelos animales libres de gérmenes con estrategias de colonización selectiva combinadas con técnicas moleculares modernas, podría aportar nuevos conocimientos sobre los mecanismos de la inmunidad de las mucosas y también sobre los mecanismos patogenéticos de varias enfermedades infecciosas, inflamatorias, autoinmunes y neoplásicas. La regulación de la composición de la microflora (por ejemplo, mediante probióticos y prebióticos) ofrece la posibilidad de influir en el desarrollo de la inmunidad mucosa y sistémica, pero también puede desempeñar un papel en la prevención y el tratamiento de algunas enfermedades.