La especificidad es una propiedad de la enzima y describe lo restrictiva que es la enzima en su elección de sustrato; una enzima completamente específica tendría un solo sustrato.
La especificidad de las serinproteasas no suele ser muy alta, ya que tienen sitios activos similares y actúan a través del mismo mecanismo proteolítico.
En consecuencia, una sola serinproteasa puede actuar sobre varios sustratos aunque a diferentes velocidades. La forma en que el sustrato se ajusta al sitio activo de la enzima es de crucial importancia para el resultado de la reacción enzima-sustrato. El enlace a escindir debe tener una orientación específica en relación con las cadenas laterales de aminoácidos de la tríada catalítica. El factor más importante que gobierna el ajuste de un sustrato para una enzima es la secuencia de aminoácidos alrededor del enlace a escindir.
La tripsina escinde amidas y ésteres de los aminoácidos básicos arginina y lisina. La trombina tiene una preferencia similar, pero es más específica para la arginina que para la lisina.
La selectividad es una propiedad del sustrato e indica el grado en que el sustrato es unido y escindido por diferentes enzimas. La mejor medida de la selectividad viene dada por la relación kcat/Km. Los sustratos sintéticos son considerablemente más pequeños que los naturales y normalmente pueden ser escindidos por más de una enzima, es decir, los sustratos sintéticos no son completamente selectivos. Esto se explica porque los sustratos grandes, como el fibrinógeno, no sólo interactúan con el sitio activo, sino también con dominios exteriores de la enzima. Tales interacciones permiten a los sustratos discriminar entre diferentes serinproteasas y el fibrinógeno se convierte así en altamente selectivo para la trombina.
Tablas de selectividad
Los datos de selectividad de la tabla se han recopilado para permitir al investigador comprender cómo influiría una enzima contaminante en la reacción enzima-sustrato en estudio. Otra forma de expresar esto es decir que la tabla muestra las reactividades relativas de dos o más enzimas sobre un sustrato concreto. La tabla debe leerse en sentido horizontal. Cada fila representa la reactividad de un sustrato designado para su uso con una enzima concreta, indicada a la izquierda, en relación con otras enzimas relevantes.
Ejemplo: El conjunto de datos de la fila superior muestra la reactividad relativa del sustrato de trombina S-2238™ con varias enzimas. Todos los experimentos se realizaron utilizando el mismo tampón, es decir, el más apropiado para la reacción entre la trombina y el sustrato cromogénico S-2238™. Además, la concentración de sustrato fue siempre la misma, o sea 2 x Km para la reacción del sustrato cromogénico S-2238™ con la trombina. Las concentraciones de las diferentes enzimas se indican en la Tabla 2 y están relacionadas con la concentración plasmática del correspondiente zimógeno. A la reactividad del sustrato cromogénico S-2238™ con la trombina, medida como el aumento de la absorbancia en función del tiempo (ΔA/min), se le da el valor 100% (el valor real de ΔA/min figura entre paréntesis). Las reactividades del sustrato cromogénico S-2238™ con las enzimas FXa, FXIa, APC, plasmina, t-PA de cadena única, calicreína plasmática y C1s se han relacionado entonces con la reactividad del sustrato cromogénico S-2238™ con la trombina, y resultaron ser 5, 5, 40, 5, 5, 60 y 2%, respectivamente.