Haga clic en los iconos de arriba para descargar la última versión de ApE (v2.0.61, 5 de febrero de 2020)
Consulte las siguientes instrucciones para instalar programas de código abierto en un Mac. Si usted está instalando en OSX El Capitain (OSX 10.11) o sistemas más antiguos. Envíeme un correo electrónico para obtener instrucciones (Por favor, especifique su versión del sistema operativo- Voy a ignorar los correos electrónicos sin esta información.)
Haga clic aquí para hacer una donación voluntaria en apoyo de ApE.
Siga @ApEplasmid
Un breve vídeo de la instalación de ApE en un Mac:
Su navegador no soporta la etiqueta <video>.
Se ejecuta en Windows (XP, Vista, 7, 8 y 10) y Mac (OS X v10.5 y superiores) Resalta los sitios de restricción en la ventana de edición Refleja con precisión el bloqueo Dam/Dcm de los sitios de enzimas Resalta el texto utilizando bibliotecas de características predefinidas y personalizadas Muestra la traducción, Tm, %GC, ORF del ADN seleccionado en tiempo real Lee DNA Strider, Fasta, Genbank y EMBL Guarda archivos en formato compatible con DNA Strider o Genbank Resalta y dibuja mapas gráficos utilizando anotaciones de características de los archivos genbank y embl Directamente BLASTs secuencia seleccionada en NCBI o wormbase
El mapa de texto muestra la secuencia de ADN, la traducción y características como gráficos basados en texto
Crea mapas de restricción gráficos- lineales o circulares con características indicadas Conecta características gráficas y de texto con doble clic de hipervínculo Guarda gráficos como postscript encapsulado o gráficos vectoriales escalables Copia y guarda gráficos como metafichas de Windows (sólo MS Windows)
Digestión de restricción virtual Dibuja escaleras de ADN predefinidas y definidas por el usuario Conecta las bandas al texto haciendo doble clic
Lee archivos de trazas de secuenciación ABI Las secuencias en las trazas ABI pueden alinearse directamente con una secuencia de referencia, con la alineación hipervinculada a la traza.
Selecciona los sitios que coinciden con múltiples criterios (unión/intersección-frecuencia de corte, tipo de sitio) en todas las ventanas abiertas Selecciona los sitios que se cortan más a menudo en una secuencia que en otra (para la detección de snip-SNP o para digestiones de diagnóstico) Tiene una agrupación de enzimas definida por el usuario para distinguir, por ejemplo, las enzimas actualmente en stock. Permite a los usuarios definir nuevas enzimas por nombre y sitio de reconocimiento Importa archivos en formato DNA Strider (enzima simple, listas de sitios) disponibles en REBASE
Otras características:
La mayoría de las ventanas de análisis están hipervinculadas a sus correspondientes secuencias, incluyendo: Mapas gráficos Mapas de texto Digestos virtuales Alineaciones (incluyendo secuencias ABI) Sitios silenciosos Traducción Primer Find Utiliza bibliotecas de definición de características personalizadas, que permiten: Anotación rápida de la secuencia Búsqueda rápida y resaltado de todos los cebadores disponibles que usted (u otros) tienen que hibridan con una secuencia La secuencia se puede anotar y visualizar de múltiples maneras de forma rápida y eficiente Mapas gráficos que muestran los sitios de unión de los cebadores y todas las características interesantes de la secuencia Traduce secuencias con alineación opcional de ADN Encuentra cebadores potenciales que coinciden con los criterios del usuario (longitud, Tm, %GC, complementariedad propia y ajena) Alinea dos secuencias de ADN (o cualquier combinación de secuencia y traza ABI), con la alineación hipervinculada a la secuencia original Encuentra sitios de restricción silenciosos desde el punto de vista de la traducción Dibuja mapas gráficos de ORF
Haga clic aquí para realizar una donación voluntaria en apoyo de ApE.
Obtenga versiones anteriores
Ahora puede exportar regiones genómicas desde Wormbase directamente: En el botón del menú desplegable de la parte superior derecha, seleccione «Download Track Data». Haga clic en el botón «Configurar…». Volcar las características seleccionadas utilizando la versión 3 A través de la región actualmente visible. Marque «Guardar en archivo». Marque «Incluir secuencia de ADN». Desmarque «Incluir datos de configuración de la pista». Haga clic en «Ir». Abra el archivo .gff resultante en la última versión de ApE.
Alternativamente, puede exportar una región genómica (desde el visor del genoma) como un archivo con formato FASTA (utilizando el menú de la parte superior izquierda). Puede añadir las pistas de características descargando los archivos de pistas de características GFF3 utilizando el mismo menú. En ApE, abra el archivo FASTA, luego use el menú Features para abrir la información de la pista GFF3.
Otra forma de hacerlo es tomar el modelo del gen (de una página de genes), pegarlo en una ventana de ApE y luego seleccionar todo, hacer una nueva característica (menú Feature), y en la ventana de edición de características que aparece presionar el botón «sólo mayúsculas». Si cree que ApE no encuentra todos los sitios ClaI (o XbaI o BclI) que usted SABE que están presentes en su secuencia, desactive la metilación Dam/Dcm en su secuencia y vuelva a intentarlo. Vea aquí para más información. Haga clic aquí para hacer una donación voluntaria en apoyo de ApE.
para hacer una donación voluntaria en apoyo de ApE.
