Los tratamientos de mesoterapia se han llevado a cabo en toda Europa, Sudamérica y, más recientemente, en Estados Unidos durante más de cincuenta años. Sin embargo, los médicos han expresado su preocupación por la eficacia de la mesoterapia, argumentando que el tratamiento no se ha estudiado lo suficiente como para tomar una determinación. La cuestión principal es que la mesoterapia para el tratamiento de afecciones cosméticas no ha sido objeto de ensayos clínicos de referencia; sin embargo, el procedimiento se ha estudiado para el alivio del dolor de otras dolencias, como la tendinitis, la calcificación de los tendones, los procedimientos dentales, el cáncer, la cervicobraquialgia, la artritis, el linfedema y la estasis venosa. Además, ha habido series de casos y numerosos artículos médicos sobre la mesoterapia como tratamiento cosmético, así como estudios que emplean los ingredientes utilizados en la mesoterapia.
El otro lado del debate lo expresa el doctor Rod Rohrich, presidente del Departamento de Cirugía Plástica del Centro Médico Southwestern de la Universidad de Texas, en Dallas: «Sencillamente no hay datos, ni ciencia, ni información, que yo sepa, de que la mesoterapia funcione». La Sociedad Americana de Cirujanos Plásticos emitió una declaración de posición en la que no avalaba la mesoterapia, pero este no aval es objeto de cierta controversia. Dado que la mesoterapia no es un tratamiento quirúrgico sino, más bien, una alternativa no invasiva a la cirugía plástica, el tratamiento compite con la cirugía plástica para los mismos pacientes.
La FDA no puede controlar el uso de los profesionales que inyectan diversas mezclas en el cuerpo de los pacientes porque esta práctica cae bajo la jurisdicción de las juntas médicas estatales. Esto es así porque la mesoterapia es considerada un «procedimiento» por las juntas médicas estatales. Por otro lado, la FDA tiene el mandato de aprobar los alimentos, los suplementos dietéticos, los medicamentos, las vacunas, los productos médicos biológicos, los productos sanguíneos, los dispositivos médicos, los dispositivos emisores de radiación, los productos veterinarios y los cosméticos.
Robin Ashinoff, en nombre de la Academia Americana de Dermatología, afirma que «una simple inyección está dando a la gente falsas esperanzas. Todo el mundo busca una solución rápida. Pero no hay una solución rápida para la grasa o los depósitos de grasa o para la celulitis.» La Sociedad Americana de Cirugía Dermatológica informó a sus miembros en febrero de 2005 de que «se justifica la realización de más estudios antes de avalar esta técnica».
Muchos dermatólogos y cirujanos plásticos están alarmados por el creciente perfil de la mesoterapia. «Nadie dice exactamente lo que ponen en la (jeringa)», dice Naomi Lawrence, dermocirujana de la Universidad de Medicina y Odontología de Nueva Jersey. «Un fármaco que suelen utilizar, la fosfatidilcolina, es imprevisible y provoca una inflamación e hinchazón extremas donde se inyecta. No es una droga benigna».
Actualmente está prohibida en varios países sudamericanos. Incluso Brasil, que es menos estricto que EE.UU. en cuanto a la aprobación de medicamentos, ha prohibido el fármaco para estos fines.
En Australia, un salón de terapias alternativas está siendo investigado por el Departamento de Salud después de que varios clientes desarrollaran abscesos cutáneos en las pantorrillas, las nalgas, los muslos, el abdomen, los hombros, la cara y el cuello a causa del tratamiento, y uno de los pacientes también desarrolló una infección por micobacterias.
Tras los efectos indeseables observados en varios pacientes de un practicante francés, se publicó en Francia en abril de 2011 una ratificación oficial para prohibir la Mesoterapia como método para eliminar los depósitos de grasa.Esta prohibición ha sido anulada en junio de 2011 por el Consejo de Estado francés porque la investigación demostró que estos efectos indeseables no se debían a la Mesoterapia en sí, sino a que se había practicado en malas condiciones y sin respetar los principios de higiene.