La zona donde se encuentra el embalse formaba parte del Rancho Janal, y fue adquirida por E. S. Babcock. El embalse de Lower Otay se creó originalmente en 1897 tras la construcción de la presa de Lower Otay por la Southern California Mountain Water Company. La presa original era de tipo de relleno de roca de 125 pies (38 m) de altura. En 1900, John D. Spreckels compró los terrenos que rodeaban el embalse y éste fue adquirido posteriormente por una empresa propiedad de Spreckles. En el lago había un pabellón de caza que era utilizado por los huéspedes del Hotel del Coronado.
La presa original cedió en enero de 1916 tras las fuertes lluvias que afectaron a la mayor parte del sur de California inundando el Valle de Otay con un muro de agua de entre 6,1 y 30,5 m de altura durante el suceso, matando a más de 14 personas. La inundación arrasó granjas y edificios enteros, incluida la residencia de Montgomery en Fruitland, cerca de la desembocadura del río, donde John J. Montgomery había construido su serie inicial de diseños de planeadores tripulados. Las lluvias fueron aparentemente obra del «hacedor de lluvias» Charles Hatfield, que había sido contratado por la ciudad de San Diego para ayudar a aumentar las precipitaciones para llenar el cercano embalse de Morena. Nunca se le acusó de ningún delito. A continuación se construyó la actual presa de arco de gravedad. En 1934, fue nombrada en honor a Hiram Newton Savage, el ingeniero de la ciudad que supervisó su construcción.
En 1936, Stephen Birch compró los terrenos alrededor del embalse, que habían sido el Rancho Otay. Su hija Mary heredó los terrenos y, al casarse con un antiguo comandante de la Real Fuerza Aérea, se instaló en el antiguo pabellón de caza del lago superior de Otay, Rancho del Otay.
Un avión Curtiss SB2C Helldiver fue visto en el lago en febrero de 2009 por un pescador de lubinas. El 28 de mayo de 1945, había estado practicando un bombardeo desde un portaaviones cercano cuando un motor calado le obligó a realizar un aterrizaje de emergencia en el embalse. Los buzos examinaron el avión el 23 de julio de 2009 para ver si podía ser rescatado para su exhibición en el museo, y fue levantado el 20 de agosto de 2010.