Hubo varias Ligas del Atlántico Sur en la historia del béisbol de las ligas menores, desde 1904 hasta el presente, con algunas interrupciones. La liga funcionó de 1904 a 1917 como una liga de clase C, luego comenzó de nuevo en 1919, también de clase C. Esta vez funcionó de 1919 a 1930, pasando a la clase B a partir de 1921. William G. Bramham se convirtió en presidente de la liga a mediados de 1924 y ocupó el cargo hasta 1930. La liga se reinició de nuevo como clase B de 1936 a 1942, se cerró como consecuencia de la Segunda Guerra Mundial y volvió en 1946 como liga de clase A. La AA Southern Association (que nunca se integró) murió después de la temporada de 1961, por lo que la SAL ascendió a AA en 1963 para ocupar su lugar; un año después se cambió el nombre a Southern League. De las 51 temporadas de funcionamiento, Augusta, Georgia, compitió en 46, Macon, Georgia estuvo en 46 y Columbia, Carolina del Sur, en 45. Charleston (Carolina del Sur), Jacksonville (Florida), Savannah (Georgia) y Columbus (Georgia) también compitieron durante al menos 29 años, por lo que la alineación es relativamente estable.
El nombre de la Liga del Atlántico Sur no se utilizó durante 16 años, pero en 1980 la Liga de las Carolinas Occidentales recuperó el nombre cuando quiso cambiar su identidad. Durante casi 60 años, de 1948 a 2007, la figura dominante de la CMT/SAL fue el fundador y presidente de la liga, John Henry Moss, que inició la CMT cuando era joven en 1948, la refundó en 1960 y la dirigió en el nuevo siglo. Moss se retiró al final de la temporada 2007 de la Liga del Atlántico Sur. Murió a la edad de 90 años el 1 de julio de 2009, en Kings Mountain, Carolina del Norte, ciudad de la que también fue alcalde durante 23 años.
En 2005, la SAL tuvo la mayor asistencia en 101 años, con más de 3.541.992 aficionados (mientras que el béisbol de ligas menores estableció un segundo récord consecutivo con 41.333.279 asistentes). En la actualidad, la liga cuenta con 14 equipos, divididos en dos divisiones de siete clubes.
El inicio de la temporada 2020 se pospuso debido a la pandemia de COVID-19 antes de cancelarse finalmente el 30 de junio. A finales de 2020, la reestructuración del sistema de las ligas menores por parte de las Grandes Ligas obligó a un trastorno masivo en los niveles de Clase A y Alta A. De los catorce equipos que habrían jugado la temporada SAL 2020, seis fueron promovidos a High-A y participarían en la nueva High-A East, cinco permanecieron en Low-A, pero se unieron a la nueva Low-A East, y tres se vieron obligados a abandonar el béisbol afiliado por completo. Los Hagerstown Suns supuestamente se retiraron y los West Virginia Power y los Lexington Legends se unieron a la Liga Atlántica de Béisbol Profesional, una liga asociada a la Major League Baseball.