En la Investigación Histórica de Abusos Institucionales de Irlanda del Norte (HIA), una investigación sobre los abusos sexuales y físicos institucionales en instituciones de Irlanda del Norte que estuvieron a cargo de niños entre 1922 y 1995, los Hermanos de La Salle admitieron en 2014 haber abusado de niños en dos instituciones: el antiguo Hogar de Niños de La Salle, Rubane House, en Kircubbin, condado de Down, y la Escuela de Formación de San Patricio en el oeste de Belfast, y pidieron perdón a sus víctimas. La orden aceptó que uno de sus primeros supervisores cometió delitos sexuales. En representación de la orden de la Salle, Kevin Rooney QC dijo que los hermanos reconocieron que algunos de sus miembros habían causado un «inmenso dolor» a los niños, lo que estaba «en contradicción con su vocación». La abogada Christine Smith QC dijo: «…los hogares de mangueras funcionaban como supervivientes anticuados de una época pasada».
Según Tom O’Donoghue, en contraste con los internados más elitistas, «…las escuelas para las órdenes sociales más bajas solían tener las ratios más altas de alumnos por profesor, lo que hacía que muchos recurrieran al castigo corporal como estrategia de gestión del comportamiento». También señala que «…a menudo se les ponía a cargo de un enorme número de niños de orígenes problemáticos en una época en la que no había formación profesional para el cuidado de los niños».
Las primeras audiencias públicas de la investigación se celebraron de enero a mayo de 2014 y el equipo de investigación presentó un informe al Ejecutivo a principios de 2016. El módulo 3: De La Salle Boys Home en Rubane House, Kircubbin, comenzó el 29 de septiembre de 2014 y finalizó el 17 de diciembre, cuando el presidente rindió homenaje a las víctimas que testificaron. En octubre de 2014, unos 200 antiguos residentes de Rubane House presentaron denuncias de abusos, y 55 alegaron que ellos mismos habían sufrido abusos físicos o sexuales. Billy McConville, que quedó huérfano cuando su madre Jean McConville fue secuestrada y fusilada por el IRA en 1972, renunció al anonimato y describió los repetidos abusos sexuales y físicos, así como la inanición, en Rubane House. Durante la investigación, el abogado de la orden de La Salle dijo que se habían pagado compensaciones y aceptó que algunos miembros habían abusado de niños pequeños en la casa, pero que la orden creía que algunas reclamaciones «no tuvieron lugar».
El hermano Francis Manning FSC dijo que la orden acogía con satisfacción la investigación. Antes de que el asunto de los abusos se hiciera público, un Hermano escribió en una carta a un presunto abusador: «Es mejor olvidarlo y les he dicho a algunos hermanos que no se haga referencia a ello entre ellos ni entre los chicos. Es mejor dejar de lado todo el asunto con la oración de que todos aprendan la lección de que nuestra santa regla es muy sabia en sus prescripciones». La orden llevó a cabo docenas de entrevistas internas en este caso, pero no denunció el asunto a la policía.
En la década de 1960, el subdirector de la escuela aprobada de San Gilberto (para jóvenes delincuentes menores de edad) dirigida por hermanos de la orden de La Salle en Hartlebury, Worcestershire, Inglaterra, fue condenado por seis cargos de abuso sexual de niños en la escuela. Posteriormente fue reincorporado como profesor en otra escuela. En 2014, antiguos alumnos del colegio describieron «una campaña de 30 años de abusos sádicos y degradantes» que incluía violaciones y palizas. Un director, un subdirector y los hermanos fueron señalados como responsables. La policía lanzó una investigación sobre las acusaciones de abuso en la escuela entre los años 1940 y 1970 después de que los ex alumnos fueron entrevistados por la BBC Hereford y Worcester, y los documentos que se pretendía que no estuvieran disponibles hasta 2044 fueron liberados bajo la Ley de Libertad de Información 2000. En 2017 y 2018, dos antiguos miembros del personal fueron juzgados por delitos sexuales graves, agresión que causa daño corporal real y crueldad infantil. Fueron absueltos de todos los cargos, excepto de tres cargos de crueldad infantil contra uno de los acusados, sobre los que el jurado no pudo llegar a un veredicto. Se informó de la muerte de otros abusadores nombrados.
Hubo otros casos con muchas víctimas en países como Escocia (St Ninian’s en Gartmore, Stirlingshire; St Joseph’s en Tranent; St Mary’s en Bishopbriggs), Australia e Irlanda. En EE.UU. se han denunciado graves y detalladas acusaciones sobre abusos cometidos durante décadas, y se han resuelto varios juicios a favor de las víctimas. Después de que el escándalo se hiciera ampliamente conocido, las ramas de la Orden pidieron disculpas, públicamente o a víctimas individuales, por varios de estos casos. En el internado St William’s de Market Weighton (Inglaterra), entre 1970 y 1991, se abusó de muchos niños; 200 hombres, ahora adultos, han declarado haber sufrido abusos. Los abusadores, incluido el director, James Carragher, fueron encarcelados en 2004 por abusos sexuales cometidos en el pasado en el hogar. Cinco víctimas iniciaron una acción ante el Tribunal Superior para obtener una compensación en 2016. Cuatro de los casos fueron desestimados en diciembre de 2016 La orden de La Salle reiteró sus disculpas y su condena por los abusos.En Australia, la Comisión Real sobre Respuestas Institucionales al Abuso Sexual Infantil, que comenzó en 2013, informó en diciembre de 2013 de que en el periodo comprendido entre el 1 de enero de 1996 y el 30 de septiembre de 2013, el programa Hacia la Curación de la Iglesia Católica recibió 2.215 denuncias de abusos, la mayoría relacionadas con los años 1950-1980. «La autoridad eclesiástica con mayor número de denuncias fue la de los Hermanos de las Escuelas Cristianas, seguida de la de los Maristas y luego la de los Hermanos de La Salle. Los cargos más comunes ocupados por el personal y los empleados de la Iglesia sujetos a una queja de Hacia la Curación en el momento del presunto incidente eran el de hermano religioso (43% de todas las quejas), el de sacerdote diocesano (21% de todas las quejas) y el de sacerdote religioso (14% de todas las quejas)»
También hay investigaciones en curso que implican a una serie de otros colegios y la orden de La Salle sólo se ha disculpado en los casos en los que ha sido declarada legalmente culpable y no en los casos en los que las acusaciones no han sido procesadas. Esto ha provocado una condena generalizada por parte de antiguos alumnos supuestamente maltratados que carecen de pruebas para llevar a cabo un proceso judicial.