Los minadores de la hoja causan daños a las plantas tanto directa como indirectamente. El daño más directo es causado por las larvas que minan el tejido de la hoja, lo que lleva a la desecación, la caída prematura de la hoja y el daño cosmético. En las zonas tropicales y subtropicales esto puede provocar quemaduras en frutas como el tomate y el melón. La pérdida de hojas también reduce el rendimiento. Sin embargo, en las plantas adultas de cultivos hortícolas de fruto, una cantidad considerable de follaje puede resultar dañada antes de que la cosecha se vea afectada.
El tamaño de un túnel foliar depende de la fase de desarrollo de la hoja, de la especie de planta huésped y de la especie de minador. Las larvas más viejas hacen túneles más anchos. Las manchas de alimentación hechas por las hembras adultas también pueden reducir el rendimiento, aunque, excepto en el caso de los cultivos ornamentales, esto suele ser de menor importancia. Las plántulas y las plantas jóvenes pueden quedar completamente destruidas como resultado del daño directo causado por los minadores de las hojas.
El daño indirecto se produce cuando los hongos o las bacterias que causan enfermedades entran en el tejido de la planta a través de las manchas de alimentación. Las minas del minador de la hoja del guisante (Liriomyza huidobrensis) a menudo se extienden a lo largo de las venas medias y laterales, pero también pueden extenderse irregularmente por la hoja. Cuando aparecen más minas en una hoja, puede formarse un gran «plato-mina». Éstas se encuentran principalmente en la base de la hoja.