Aunque generalmente se dice que el cuerno lateral es el responsable de las respuestas conductuales innatas a los estímulos olfativos y que los cuerpos de los hongos son los responsables de la conducta aprendida, ahora tenemos un conjunto creciente de pruebas de que existe una comunicación cruzada entre las dos regiones, lo que significa que la verdadera naturaleza es más complicada que eso.
Cuando un insecto se encuentra con un olor al que no tiene asociada ninguna respuesta innata o aprendida (un estímulo incondicionado), las señales se envían por las neuronas de proyección a las células de Kenyon de los cuerpos de los hongos. Las células de Kenyon (entre otras cosas) regulan «la adquisición, consolidación y recuperación de la memoria a corto y largo plazo». Aunque actualmente se desconoce la razón, las mismas neuronas proyectantes que hacen sinapsis con estas células de Kenyon también hacen sinapsis con las células del cuerno lateral. Esto proporciona más pruebas de una conexión más complicada entre el cuerno lateral y los comportamientos aprendidos.
La comunicación cruzada entre el lóbulo lateral y los cuerpos de los hongos añade flexibilidad a las respuestas conductuales aprendidas e innatas. Un olor puede estar asociado a un comportamiento atractivo, lo que lleva a la mayoría de los insectos de una especie a acercarse a la fuente de ese olor, pero algunos individuos pueden alejarse de ese olor debido a un encuentro negativo con él en el pasado. Así que la señal de comportamiento aprendida de los cuerpos de las setas puede anular la señal de comportamiento innato que emana del cuerno lateral.
A la inversa, la señal de comportamiento innato del cuerno lateral también puede anular la señal de comportamiento aprendida de los cuerpos de las setas. Por ejemplo, la integración de las respuestas conductuales aprendidas e innatas es especialmente importante en insectos sociales como las abejas melíferas. Las abejas de la miel utilizan feromonas y movimientos corporales específicos para comunicarse con otros miembros de la colmena. Las abejas aprenden qué olores de flores se asocian a buenas fuentes de néctar (lo que conduce al comportamiento de respuesta de extensión de la probóscide), pero si se exponen a la feromona de alarma de picadura, enviada por otras abejas, mientras aprenden qué olores de flores se asocian a la mayor cantidad de alimento, su aprendizaje se ve afectado. Esto se debe a que el comportamiento de «parada» asociado a la feromona de alarma de la picadura es una respuesta innata mediada por el cuerno lateral que es lo suficientemente fuerte como para anular el comportamiento de alimentación aprendido.