El derrocamiento en 1898 de la autoridad española por parte de los Estados Unidos hizo creer a los filipinos que la independencia de su país, proclamada el 12 de junio de 1898, estaba garantizada. Se adoptó una bandera nacional muy diferente a las banderas revolucionarias utilizadas unos años antes. En el asta había un triángulo blanco, símbolo de la libertad y probablemente derivado del simbolismo masónico. Llevaba un sol dorado y tres estrellas doradas, que representaban las tres zonas principales de Filipinas: el grupo de islas de Luzón en el norte, el grupo de Visayas en el sur y la isla principal del sur, Mindanao. Los ocho rayos de sol representaban las provincias donde había estallado la revuelta antiespañola original. El resto de la bandera consistía en franjas horizontales de color azul (por la voluntad de sacrificarse por la libertad) sobre rojo (por el valor).
La primera república fue finalmente suprimida por los Estados Unidos, y su bandera fue prohibida entre 1907 y 1920. En 1936, la nueva Mancomunidad de Filipinas adoptó esa bandera en previsión de una eventual independencia. Bajo la ocupación japonesa, la bandera filipina fue primero prohibida y luego reconocida oficialmente el 14 de octubre de 1943, cuando se proclamó la segunda república controlada por los japoneses. Los filipinos que se oponían al dominio japonés exhibían la bandera con la franja azul hacia abajo y la roja hacia arriba (es decir, izaban la bandera al revés). Finalmente, Estados Unidos concedió la independencia a Filipinas el 4 de julio de 1946, con la bandera de 1898. En 1985, el presidente Ferdinand Marcos modificó el tono de azul de oscuro a claro en la creencia de que las primeras banderas de la república habían sido de color azul claro. Su sucesora, Corazón Aquino, revirtió el cambio, pero el 16 de septiembre de 1997, en previsión del centenario de la bandera filipina original, se volvió a cambiar la franja superior, de azul marino oscuro a un azul real más claro.