Svržení španělské moci Spojenými státy v roce 1898 vedlo Filipínce k přesvědčení, že nezávislost jejich země, vyhlášená 12. června 1898, je zaručena. Byla přijata národní vlajka zcela odlišná od revolučních praporů používaných několik let předtím. Na vlajce byl bílý trojúhelník, který symbolizoval svobodu a pravděpodobně vycházel ze zednářské symboliky. Na něm bylo zlaté slunce a tři zlaté hvězdy, které označovaly tři hlavní oblasti Filipín – skupinu ostrovů Luzon na severu, skupinu Visayan na jihu a hlavní jižní ostrov Mindanao. Osm slunečních paprsků označovalo provincie, v nichž vypuklo původní protišpanělské povstání. Zbytek vlajky tvořily vodorovné pruhy modré barvy (pro ochotu obětovat se za svobodu) přes červenou (pro odvahu).
První republika byla nakonec potlačena Spojenými státy a její vlajka byla v letech 1907-1920 zakázána. V roce 1936 přijalo tuto vlajku nové Filipínské společenství v očekávání případné nezávislosti. Za japonské okupace byla filipínská vlajka nejprve zakázána a poté oficiálně uznána 14. října 1943, kdy byla vyhlášena Japonci ovládaná druhá republika. Filipínci, kteří se postavili proti japonské nadvládě, vyvěsili vlajku s modrým pruhem dolů a červeným pruhem nahoru (tj. vyvěsili vlajku vzhůru nohama). Spojené státy nakonec 4. července 1946 udělily Filipínám nezávislost pod vlajkou z roku 1898. V roce 1985 změnil prezident Ferdinand Marcos odstín modré barvy z tmavé na světlou v domnění, že na prvních vlajkách republiky byla světle modrá. Jeho nástupkyně Corazon Aquino tuto změnu zrušila, ale 16. září 1997, v očekávání stého výročí vzniku původní filipínské vlajky, byl horní pruh opět změněn, a to z tmavě tmavě modré na světlejší královsky modrou.