V historii nižší baseballové ligy existovalo několik South Atlantic League, s několika přestávkami od roku 1904 do současnosti. Liga probíhala v letech 1904 až 1917 jako liga třídy C, poté se znovu rozběhla v roce 1919, rovněž třída C. Tentokrát probíhala v letech 1919 až 1930, přičemž od roku 1921 přešla do třídy B. V polovině roku 1924 se prezidentem ligy stal William G. Bramham, který tuto funkci vykonával až do roku 1930. V letech 1936-1942 byla liga znovu zahájena jako třída B, v důsledku druhé světové války byla ukončena a v roce 1946 se vrátila jako třída A. V roce 1952 se liga stala opět prezidentem. Po sezóně 1961 zanikla AA Southern Association (která se nikdy neintegrovala), a tak SAL v roce 1963 postoupila do AA a zaujala její místo; o rok později byl název změněn na Southern League. Z 51 sezón fungování ligy jich 46 odehrála Augusta v Georgii, 46 Macon v Georgii a 45 Columbia v Jižní Karolíně. Charleston v Jižní Karolíně, Jacksonville na Floridě, Savannah v Georgii a Columbus v Georgii také soutěžily nejméně 29 let, takže jejich sestava byla poměrně stabilní.
Název Jihoatlantická liga se 16 let nepoužíval, ale v roce 1980, kdy se Západokarolínská liga snažila změnit svou identitu, se název vrátil. Téměř 60 let, od roku 1948 do roku 2007, byl dominantní postavou WCL/SAL zakladatel a prezident ligy John Henry Moss, který WCL založil jako mladík v roce 1948, v roce 1960 ji znovu založil a poté ji vedl do nového století. Moss odešel do důchodu na konci sezóny 2007 Jihoatlantické ligy. Zemřel ve věku 90 let 1. července 2009 v Kings Mountain v Severní Karolíně – městě, kde byl 23 let také starostou.
V roce 2005 zaznamenala SAL nejvyšší návštěvnost za posledních 101 let – přes 3 541 992 fanoušků (zatímco nižší baseballová liga zaznamenala druhý rekord v řadě – 41 333 279 návštěvníků). V současné době má liga 14 týmů rozdělených do dvou divizí po sedmi klubech.
Začátek sezóny 2020 byl odložen kvůli pandemii COVID-19 a nakonec byl 30. června zrušen. Koncem roku 2020 si restrukturalizace systému nižších lig ze strany Major League Baseball vynutila rozsáhlé otřesy na úrovni Class A a High-A. V roce 2020 došlo ke změnám v systému nižších lig. Ze čtrnácti týmů, které měly hrát v sezóně 2020 SAL, jich šest postoupilo do High-A a mělo se účastnit nové High-A East, pět zůstalo v Low-A, ale připojilo se k nové Low-A East, a tři musely z přidruženého baseballu zcela vypadnout. Hagerstown Suns údajně ukončili činnost a West Virginia Power a Lexington Legends se připojily k Atlantic League of Professional Baseball, partnerské lize Major League Baseball.