V druhé polovině 20. století se Hauptmannův případ stal předmětem vážného zkoumání. Jedním z důkazů u soudu s ním bylo například načmárané telefonní číslo na nástěnce v jeho skříni, což bylo číslo muže, který doručil výkupné, Johna F. Condona. Jeden z porotců u soudu uvedl, že to byl jediný předmět, který ho nejvíce přesvědčil, ale někteří autoři tvrdí, že reportér později přiznal, že číslo napsal sám. O tom však neexistují žádné důkazy a Hauptmann přiznal, že Condonovo číslo načmáral poté, co ho viděl v novinách, a tvrdil, že tak učinil ze zájmu o případ. Tvrdí se také, že očití svědci, kteří Hauptmanna umístili do Lindberghova sídla v době blízké době činu, byli nedůvěryhodní a že ani Lindbergh, ani zprostředkovatel, který výkupné předal, původně Hauptmanna jako příjemce neidentifikovali.
Ve skutečnosti Condon poté, co spatřil Hauptmanna v řadě na stanici newyorské policie na Greenwich Street, řekl zvláštnímu agentovi FBI Turrouovi, že Hauptmann není „John“, muž, o němž Condon tvrdil, že mu předal peníze na výkupné na hřbitově svatého Raymonda. Dále uvedl, že Hauptmann vypadal jinak (například měl jiné oči, byl těžší a měl jiné vlasy) a že „John“ je ve skutečnosti mrtvý, protože byl zavražděn svými konfidenty.
Když Lindbergh čekal v nedalekém autě, slyšel hlas „Johna“, jak volá na Condona během předávání výkupného, ale nikdy ho neviděl. Ačkoli před velkou porotou v Bronxu vypověděl, že slyšel pouze slova „hej, doktore“ a že by bylo velmi obtížné říci, že by mohl poznat člověka podle hlasu, během procesu ve Flemingtonu identifikoval Hauptmanna se stejným hlasem. Policie Hauptmanna ve vazbě na stanici v Greenwich Street bila.
Také se tvrdí, že někteří svědci byli zastrašováni, a někteří tvrdí, že policie podstrčila nebo zfalšovala důkazy, například žebřík. Objevují se také tvrzení, že policie zfalšovala Hauptmannovy karty pracovní doby a ignorovala spolupracovníky, kteří uvedli, že Hauptmann v den únosu pracoval. Tato a další zjištění přiměla J. Edgara Hoovera, prvního ředitele FBI, aby zpochybnil způsob vedení vyšetřování a soudního procesu. Vdova po Hauptmannovi vedla až do konce svého života kampaň za zrušení manželova odsouzení.
Erastus Mead Hudson byl odborníkem na otisky prstů, který věděl o tehdy vzácném postupu sběru otisků prstů na dusičnanu stříbrném ze dřeva a jiných povrchů, na nichž by předchozí prášková metoda nefungovala. Zjistil, že Hauptmannovy otisky prstů se na dřevě nenacházejí, a to ani v místech, kterých se muž, který žebřík vyrobil, musel dotknout. Když to oznámil policistovi s tím, že se musí podívat dál, policista řekl: „Proboha, to nám neříkejte, pane doktore!“. Žebřík byl poté omyt od všech otisků prstů a plukovník Norman Schwarzkopf starší, superintendant státní policie státu New Jersey, odmítl veřejnosti sdělit, že Hauptmannovy otisky na žebříku nejsou.
Bylo napsáno několik knih hlásajících Hauptmannovu nevinu. Tyto knihy různě kritizují policii za to, že umožnila kontaminaci místa činu, Lindbergha a jeho společníky za to, že zasahovali do vyšetřování, Hauptmannovy obhájce za to, že ho neúčinně zastupovali, a spolehlivost svědků a věcných důkazů předložených u soudu. Zejména britský novinář Ludovic Kennedy zpochybnil mnoho důkazů, například původ žebříku a výpovědi mnoha svědků.
Ve své knize o jiném významném soudním procesu z 30. let 20. století, případu Winnie Ruth Juddové, investigativní novinářka Jana Bommersbachová tvrdila, že Hauptmannovi se nemohlo dostat spravedlivého procesu, protože tisk proti němu vytvořil atmosféru předsudků. Bommersbachová poznamenala, že v té době noviny vystupovaly jako „soudce i porota“ a informovaly o zločinech způsobem, který by dnes byl považován za senzacechtivý.
Vdova po Hauptmannovi více než 50 let neúspěšně bojovala u soudů v New Jersey za znovuotevření případu. V roce 1982 zažalovala dvaaosmdesátiletá Anna Hauptmannová stát New Jersey, různé bývalé policisty, Hearstovy noviny, které publikovaly předprocesní články trvající na Hauptmannově vině, a bývalého státního zástupce Davida T. Wilentze (tehdy 86 let) o odškodné ve výši více než 100 milionů dolarů. Tvrdila, že nově objevené dokumenty dokazují nesprávný postup obžaloby a výrobu důkazů vládními agenty, kteří byli vůči Hauptmannovi zaujatí, protože byl náhodou německé národnosti. V roce 1983 Nejvyšší soud Spojených států odmítl její žádost, aby byl federální soudce, který případ projednával, vyloučen z důvodu podjatosti soudců, a v roce 1984 soudce její nároky zamítl.
V roce 1985 bylo v garáži zesnulého guvernéra Hoffmana nalezeno více než 23 000 stran policejních dokumentů týkajících se Hauptmannova případu. Tyto dokumenty spolu s 34 000 stranami spisů FBI, které, ačkoli byly objeveny v roce 1981, nebyly zpřístupněny veřejnosti, představovaly nečekané množství dříve nezveřejněných informací. V přímém důsledku těchto nových důkazů Anna Hauptmannová 14. července 1986 znovu změnila svou občanskoprávní žalobu, aby očistila jméno svého zesnulého manžela tím, že nadále tvrdila, že byl „od začátku do konce falešně obviněn“ policií, která hledala podezřelého. Mezi jejími tvrzeními byly i domněnky, že kolejnice žebříku odneseného z půdy, kde v roce 1935 bydleli, byla podstrčena policií a že peníze na výkupné zanechal Isidor Fisch, který byl možná skutečným únoscem. V roce 1990 guvernér státu New Jersey James Florio odmítl její žádost o schůzku, která by očistila jméno Bruna Hauptmanna. Anna Hauptmannová zemřela 10. října 1994.
V roce 1974 napsal Anthony Scaduto knihu Scapegoat (Obětní beránek), v níž zaujal stanovisko, že Hauptmannová byla falešně obviněna a že policie zatajila i zfalšovala důkazy. To vedlo k dalšímu vyšetřování a v roce 1985 vydal Ludovic Kennedy knihu The Airman and the Carpenter, v níž tvrdil, že Hauptmann neunesl a nezavraždil Charlese Augusta Lindbergha mladšího. Podle knihy byl v roce 1996 natočen televizní film Zločin století se Stephenem Reou a Isabellou Rossellini v hlavních rolích.
Ne všichni moderní autoři s těmito teoriemi souhlasí. Jim Fisher, bývalý agent FBI a profesor na Edinboro University of Pennsylvania, napsal na toto téma dvě knihy: The Lindbergh Case (1987) a The Ghosts of Hopewell (1999), aby se alespoň částečně zabýval tím, co nazývá „revizním hnutím“. V těchto textech podrobně vysvětluje důkazy proti Hauptmannovi. Podává výklad, v němž rozebírá klady i zápory těchto důkazů. Dochází k závěru: „Fenomén Lindbergh je dnes obrovským podvodem, kterého se dopouštějí lidé, kteří využívají neinformované a cynické veřejnosti. Bez ohledu na všechny knihy, televizní pořady a soudní žaloby je Hauptmann dnes stejně vinný jako v roce 1932, kdy unesl a zabil syna manželů Charlese Lindbergha.“
Lindbergh věřil, že Hauptmann se musel podílet na únosu a vraždě jeho syna. Poznamenal, že Hauptmann byl nádherně stavěný, ale měl oči jako divočák.