Komenzální mikroflóra (normální mikroflóra, autochtonní mikrobiota) se skládá z těch mikroorganismů, které jsou přítomny na tělesných površích pokrytých epitelovými buňkami a jsou vystaveny vnějšímu prostředí (gastrointestinální a respirační trakt, pochva, kůže atd.). Počet bakterií kolonizujících slizniční a kožní povrchy převyšuje počet buněk tvořících lidské tělo. Komenzální bakterie se vyvinuly společně se svými hostiteli, avšak za specifických podmínek jsou schopny překonat ochranné reakce hostitele a působit patologicky. Rezidentní bakterie tvoří složité ekosystémy, jejichž rozmanitost je obrovská. Nejpočetnější mikroflóra je přítomna v distálních částech střeva; většinu střevních bakterií tvoří gramnegativní anaeroby. Více než 50 % střevních bakterií nelze kultivovat běžnými mikrobiologickými technikami. Molekulárně biologické metody pomáhají při analýze strukturální a funkční složitosti mikroflóry a při identifikaci jejích složek. Rezidentní mikroflóra obsahuje řadu složek schopných aktivovat vrozenou a adaptivní imunitu. Neomezená aktivace imunitního systému v reakci na signály komenzálních bakterií by mohla představovat riziko zánětu; imunitní reakce na slizniční mikrobiotu proto vyžadují přesnou regulační kontrolu. Slizniční imunitní systém si vyvinul specializované regulační, protizánětlivé mechanismy pro eliminaci nebo toleranci neškodných, potravou a vzduchem přenášených antigenů a komenzálních mikroorganismů (orální, slizniční tolerance). Současně však musí slizniční imunitní systém zajišťovat lokální obranné mechanismy proti hrozbám z prostředí (např. invazivním patogenům). Tento důležitý požadavek splňuje několik mechanismů slizniční imunity: silně vyvinuté vrozené obranné mechanismy zajišťující odpovídající funkci slizniční bariéry, existence jedinečných typů lymfocytů a jejich produktů, transport polymerních imunoglobulinů přes epiteliální buňky do sekretů (sIgA) a migrace a homing buněk pocházejících ze slizničně organizovaných tkání ve sliznicích a exokrinních žlázách.
Důležitá role komenzálních bakterií ve vývoji optimálně fungujícího slizničního imunitního systému byla prokázána u zvířat bez zárodků (pomocí gnotobiologických technik). V poslední době byla naznačena účast komenzální mikroflóry a jejích složek se silnými imunoaktivními vlastnostmi (např. LPS, peptidoglykany, superantigeny, bakteriální DNA, Hsp) v etiopatogenetickém mechanismu různých komplexních, multifaktoriálních a multigenních onemocnění, včetně zánětlivých střevních onemocnění, parodontózy, revmatoidní artritidy, aterosklerózy, alergie, multiorgánového selhání, rakoviny tlustého střeva. Zvířecí modely lidských onemocnění chované v definovaných gnotobiotických podmínkách pomáhají objasnit etiologii těchto častých poruch. Lepší pochopení interakcí mezi komenzálními bakteriemi a hostitelem za použití bezbakteriálních zvířecích modelů se strategií selektivní kolonizace v kombinaci s moderními molekulárními technikami by mohlo přinést nové poznatky o mechanismech slizniční imunity a také o patogenetických mechanismech některých infekčních, zánětlivých, autoimunitních a nádorových onemocnění. Regulace složení mikroflóry (např. pomocí probiotik a prebiotik) nabízí možnost ovlivnit vývoj slizniční a systémové imunity, ale může hrát roli i v prevenci a léčbě některých onemocnění.
.