Španělské impériumEdit
Založení misie San Buenaventura se odvíjí od rozhodnutí františkánského mnicha Junipera Serry, který se na Květnou neděli 30. března 1749 vydal na cestu do Nového světa jako misionář k domorodcům.
Třiatřicet let a jeden den poté, 31. března 1782, o Velikonocích ráno vztyčil kříž na „la playa de la canal de Santa Barbara“ (pláži u kanálu Santa Barbara). Za asistence Pedra Benita Cambona sloužil velkou mši, kázal o Vzkříšení a zasvětil misii San Buenaventura (sv. Bonaventura). Ta byla plánována jako třetí v řetězci jednadvaceti misií, které Serra založil, ale byla určena jako devátá a poslední, kterou založil ještě za svého života, a jedna ze šesti, které osobně zasvětil.
Pod vedením mnicha Cambona, kterého Serra pověřil vedením nové misie, byl v letech 1805-1815 pro potřeby obyvatel misie vybudován systém akvaduktů od Čumašů, který sestával jak z příkopů, tak z vyvýšeného kamenného zdiva. Vodovod vedl z místa na řece Ventura asi půl míle severně od zbývajících ruin a odváděl vodu do zadržovacích nádrží za misií, celkem asi 7 mil (11 km). Díky dostatku vody mohla misie udržovat kvetoucí sady a zahrady, které anglický mořeplavec George Vancouver označil za nejlepší, jaké kdy viděl. Systém rozvodu vody byl poškozen povodněmi a v roce 1862 opuštěn.
První kostel misie byl zničen požárem v roce 1793. Od stavby druhého kostela bylo upuštěno, protože „dveře povolily“. Trvalou náhradu se podařilo obnovit až v roce 1812. Přibližně ve stejné době byly dokončeny kaple San Miguel a kaple Santa Gertrudis.
Série zemětřesení a doprovodná seismická mořská vlna v roce 1812 donutily mnichy a indiánské neofyty vyhledat dočasné útočiště několik mil ve vnitrozemí. O šest let později museli řeholníci z kostela odnést posvátné předměty a celá misie uprchnout do kopců, aby unikla útoku vedenému argentinským pirátem Hippolytem de Bouchardem, který drancoval misie a právě provedl úspěšný útok na misii San Juan Capistrano.
MexikoEdit
Po získání nezávislosti na Španělsku vydala mexická vláda v roce 1834 sekularizační dekret, kterým zbavila řeholníky správní kontroly nad misiemi. V roce 1845 byla misie San Buenaventura pronajata Josému Arnazovi a Narcisu Botellovi a později byla Arnazovi nelegálně prodána.
Misionáři se zcela nevyhnuli dopadům, které na Kalifornii měla mexicko-americká válka v letech 1846-1847. Dne 5. ledna 1847 se při cestě ze Santa Barbary do Los Angeles podařilo kalifornskému praporu o síle 428 mužů pod velením majora americké armády Johna C. Fremonta rozprášit poblíž misie ozbrojenou jednotku čítající až 70 nepřátelských Kaliforňanů.
Spojené státyEdit
Když se Kalifornie stala státem Unie, Joseph Sadoc Alemany, O.P., O., byl v roce 1850 jmenován prvním biskupem v Monterey, požádal vládu Spojených států o navrácení části majetku misie zahrnující kostel, sídlo duchovních, hřbitov, sad a vinici katolické církvi. Žádosti bylo vyhověno formou proklamace prezidenta Abrahama Lincolna 23. května 1862.
Z důvodu vážného poškození při zemětřesení ve Fort Tejon v roce 1857 byla tašková střecha misie nahrazena šindelovou. V roce 1893 Cyprian Rubio „zmodernizoval“ interiér kostela a přemaloval původní umělecká díla; po jeho dokončení zůstalo ze starého kostela jen málo nedotčeno. Okna byla prodloužena, trámový strop a dlaždicová podlaha byly zakryty a zbytky nádvoří byly srovnány se zemí. Západní sakristie byla odstraněna, aby vznikl prostor pro školu, která byla ve skutečnosti postavena až v roce 1921. Za pastora Patricka Grogana byla střecha kostela opět pokryta taškami, byl postaven konvent a současná fara a v zahradě byla umístěna nová fontána.
Vzdělávání dětí v misii San Buenaventura vzkvétalo s přestávkami od roku 1829 (za mexické vlády) a nepřetržitě od roku 1922. Původně čtyřtřídní škola Svatého Kříže sloužila svým žákům a farnosti obdivuhodně od svého vysvěcení v roce 1922. V roce 1925 byla rozšířena, aby se přizpůsobila růstu, a v roce 1949 ji následná renovace vynesla na hlavní ulici (El Camino Real), kde již nezbyl prostor pro další rozšíření.
Při rozsáhlé rekonstrukci pod vedením Aubreyho J. O’Reillyho v letech 1956-1957 byla zrekonstruována okna do původní velikosti a byl odkryt strop a podlaha. Dlouholetý farník nechal odlít zvon s automatickým andělským zařízením a daroval jej misii; visí ve zvonici nad čtyřmi starobylými zvony na ruční pohon.
Druhá polovina 20. století přinesla další růst, ale i opotřebení a zastarání a problémy školy zdaleka přesahují prostorový nedostatek. V reakci na tuto situaci vytvořila farnost San Buenaventura Mission pod vedením monsignora Patricka J. O’Briena výbor pro plánování a rozvoj složený z farníků, učitelského sboru, zaměstnanců farnosti a rodičů a v červnu 1994 najala v centru města firmu Mainstreet Architects and Planners, která připravila koncepční územní plán pro pozemky misie, zahrnující návrh nové školy a přilehlé víceúčelové budovy, která by sloužila škole i farnosti. Tento plán si také vyžádal demolici kláštera a dvě zbývající sestry Svatého kříže se přestěhovaly do většího kláštera svaté Kateřiny u moře, který se nachází kousek od misie.
Celá střecha kostela byla odstraněna a nahrazena v roce 1976. V prosinci téhož roku kostel slavnostně vysvětil kardinál Timothy Manning, arcibiskup Los Angeles. V roce 1982 si misie připomněla dvousté výročí svého založení. V lednu 2001 byla na úpatí kopce za misií vysvěcena nová třípodlažní školní budova s předškolním zařízením, mateřskou školou a třídami 1-8, která se nachází na úpatí kopce za misií. Ve škole se nachází také Serrova kaple pro eucharistickou adoraci, učebny pro dospělé, farní/školní kuchyně a velký aula, která slouží jako školní posluchárna a pro velká farní shromáždění a jednu nedělní mši. Aula byla pojmenována po O’Brienovi, který zde byl farářem 25 let až do své náhlé smrti v roce 2005. Misie oslavila 225. výročí svého založení celoroční sérií akcí a aktivit v letech 2006-07.
Z původní misie zbyl jen kostel a zahrada. V misii se nachází malé muzeum s expozicí artefaktů indiánů kmene Čumašů a předmětů z doby misie. Mise se nachází v historickém centru města Ventura a jen u málokteré kalifornské misie zůstalo centrum podnikání a obchodu na místě, kde byla založena, jako u misie San Buenaventura. Kostel je stále aktivní katolickou farností, která slouží přibližně 2 000 rodinám, a ve farním kostele se stále konají bohoslužby. Současným farářem je Tom Elewaut, který slouží od roku 2011.