Organizace, která vedla ke vzniku Military Auxiliary Radio System, se nazývala Auxiliary Amateur Radio System (AARS). AARS byl vytvořen v listopadu 1925 několika obětavými průkopníky v Armádním signálním sboru Spojených států vedenými kapitánem Thomasem C. Rivesem. Spojené státy rozpoznaly rádio jako kritický způsob komunikace během první světové války. začlenění rádia na podporu armádních operací vyvolalo značné požadavky na lidské zdroje a dovednosti, které nebylo snadné splnit. Armádní radioamatérský systém byl vytvořen v roce 1925, aby poskytl rezervu vyškolených radiooperátorů pro posílení Signálního sboru během mobilizace v době války a poskytl rozšíření radiové sítě Signálního sboru pro podporu civilních orgánů při pomoci při živelných pohromách. I když organizace podporovala vojenské cíle, byla složena z dobrovolných civilistů, kteří byli zkušenými radioamatéry. Tito civilisté uplatňovali své specializované dovednosti v oblasti rádiové komunikace při podpoře Signálního sboru na území kontinentálních Spojených států, Filipín, Panamy a Havaje.
Organizace nakonec zaznamenala jak úspěch, tak neúspěch. Armádní radioamatérský systém uspěl v rozvoji odbornosti svých radiooperátorů, což se projevilo podporou poskytovanou místním, státním a federálním orgánům při odstraňování následků přírodních katastrof. V předvečer vstupu Spojených států do druhé světové války však byla členská základna Armádního radioamatérského systému značně početně poddimenzovaná, aby mohla poskytnout významnou pracovní sílu k posílení mobilizace Signálního sboru pro válku. Organizace AARS fungovala až do vstupu Spojených států do druhé světové války 7. prosince 1941, kdy bylo radioamatérům odepřeno používání rozhlasových vln a amatérská služba i Army Amateur Radio System byly deaktivovány. Po skončení druhé světové války si americká armáda uvědomila důležitost reaktivace AARS pro výcvik životně potřebného komunikačního personálu s relativně nízkými přímými náklady pro vládu a v roce 1946 byl AARS znovu aktivován.
AARS jako takový fungoval až do vzniku Vojenského přidruženého rádiového systému v listopadu 1948, kdy byly vytvořeny samostatné armádní a letecké programy MARS, což odráželo vznik letectva jako samostatné služby. V roce 1948 zvolil kapitán Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) použití zkratky MARS, římského boha války, jako vhodný název pro přerod AARS po druhé světové válce ve Vojenský radioamatérský systém. Název programu byl změněn na Military Affiliate Radio System 2. září 1952 jako uznání měnícího se charakteru organizace s rostoucím počtem civilních dobrovolných členů. Nakonec byl program MARS námořnictva a námořní pěchoty oficiálně založen 17. srpna 1962 a svou činnost zahájil 1. ledna 1963. Stalo se tak v důsledku kubánské krize a zájmu prezidenta Kennedyho o životaschopné a rozšířené komunikační schopnosti.
Během korejské války, války ve Vietnamu, studené války a války v Perském zálivu byl MARS nejvíce známý díky zpracování písemných zpráv „Marsgram“ a poskytování „telefonních záplat“, které umožňovaly vojákům v zámoří kontaktovat své rodiny doma.
Dne 23. prosince 2009 byl název programu opět změněn na současný Military Auxiliary Radio System.
Depeše vydaná v květnu 2009 oznámila ukončení programu MARS námořnictva a námořní pěchoty k 30. září 2009. Systém MARS námořnictva a námořní pěchoty však fungoval až do 30. září 2015.
Pokyn ministerstva obrany 4650.02 ze dne 23. prosince 2009 změnil status systému MARS z přidruženého na pomocný (rovnocenný se statusem Pomocné pobřežní stráže a Civilní letecké hlídky). Tato změna statusu zachránila program MARS námořnictva a námořní pěchoty před zrušením a vrátila jej do souladu s posláním nouzové komunikace sesterských služeb (MARS armády a letectva).
.