Mezoterapie se provádí v Evropě, Jižní Americe a v poslední době i ve Spojených státech již více než padesát let. Lékaři však vyjadřují obavy ohledně účinnosti mezoterapie a tvrdí, že tato léčba nebyla dostatečně prozkoumána, aby bylo možné ji určit. Hlavním problémem je, že mezoterapie pro léčbu kosmetických stavů nebyla předmětem zlatého standardu klinických studií; procedura však byla studována pro úlevu od bolesti u jiných onemocnění, jako je zánět šlach, kalcifikace šlach, zubní zákroky, rakovina, cervikobrachialgie, artritida, lymfedém a žilní stáza. Dále existují série případů a četné lékařské práce o mezoterapii jako kosmetické léčbě a také studie, které využívají složky používané v mezoterapii.
Druhou stranu debaty vyjadřuje doktor Rod Rohrich, předseda oddělení plastické chirurgie, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas: „Podle mých znalostí prostě neexistují žádné údaje, žádná věda ani informace o tom, že mezoterapie funguje.“ Americká společnost plastických chirurgů vydala stanovisko, ve kterém mezoterapii neschvaluje, ale toto neschválení je předmětem určité kontroverze. Vzhledem k tomu, že mezoterapie není chirurgickou léčbou, ale spíše neinvazivní alternativou plastické chirurgie, konkuruje tato léčba plastické chirurgii u stejných pacientů.
Úřad pro kontrolu potravin a léčiv nemůže kontrolovat používání praktických lékařů, kteří vstřikují pacientům do těla různé směsi, protože tato praxe spadá do pravomoci státních lékařských komisí. Je tomu tak proto, že mezoterapie je státními lékařskými komisemi považována za „zákrok“. Na druhou stranu FDA má mandát schvalovat potraviny, doplňky stravy, léky, vakcíny, biologické léčivé přípravky, krevní produkty, zdravotnické prostředky, přístroje vyzařující záření, veterinární přípravky a kosmetiku.
Robin Ashinoffová, která hovoří za Americkou akademii dermatologie, říká: „Jednoduchá injekce dává lidem falešnou naději. Všichni hledají rychlé řešení. Ale na tuk, tukové zásoby nebo celulitidu neexistuje žádná rychlá oprava“. Americká společnost pro dermatologickou chirurgii v únoru 2005 informovala své členy, že „je třeba provést další studie, než bude možné tuto techniku schválit.“
Mnoho dermatologů a plastických chirurgů je znepokojeno rostoucím profilem mezoterapie. „Nikdo přesně neříká, co do (injekční) stříkačky dává,“ říká Naomi Lawrenceová, dermatochirurg z University of Medicine and Dentistry of New Jersey. „Jeden z léků, který často používají, fosfatidylcholin, je nepředvídatelný a v místě vpichu způsobuje extrémní zánět a otok. Není to neškodný lék.“
V současné době je zakázán v řadě jihoamerických zemí. Dokonce i Brazílie, která je v oblasti schvalování léků méně přísná než USA, jej pro tyto účely zakázala.
V Austrálii vyšetřuje ministerstvo zdravotnictví salon alternativní terapie poté, co se u několika klientů po léčbě objevily kožní abscesy na lýtkách, hýždích, stehnech, břiše, ramenou, obličeji a krku, přičemž u jednoho pacienta se objevila i mykobakteriální infekce.
Na základě nežádoucích účinků pozorovaných u několika pacientů jednoho francouzského lékaře byla v dubnu 2011 ve Francii zveřejněna oficiální ratifikace zákazu mezoterapie jako metody odstraňování tukových zásob. tento zákaz byl v červnu 2011 francouzskou Státní radou zrušen, protože vyšetřování prokázalo, že tyto nežádoucí účinky nebyly způsobeny samotnou mezoterapií, ale tím, že byla prováděna za špatných podmínek a bez dodržování hygienických zásad.