Mezi typy patogeneze patří mikrobiální infekce, zánět, malignita a rozpad tkání. Například bakteriální patogeneze je mechanismus, kterým bakterie způsobují infekční onemocnění.
Většina onemocnění je způsobena více procesy. Například některé druhy rakoviny vznikají v důsledku dysfunkce imunitního systému (kožní nádory a lymfomy po transplantaci ledvin, které vyžadují imunosupresi).
Patogenetické mechanismy nemoci (nebo stavu) jsou uvedeny do pohybu základními etiologickými příčinami, jejichž kontrola by umožnila nemoci předcházet. Často je potenciální etiologie identifikována na základě epidemiologických pozorování dříve, než je možné vyvodit patologickou souvislost mezi příčinou a onemocněním. Patologický pohled lze přímo začlenit do epidemiologického přístupu v interdisciplinárním oboru molekulární patologické epidemiologie (MPE). MPE může pomoci posoudit patogenezi a kauzalitu pomocí propojení potenciálního etiologického faktoru s molekulárně patologickými znaky nemoci.
.