Fouts byl vybrán ve třetím kole draftu NFL v roce 1973 jako 64. hráč v celkovém pořadí a v letech 1979 až 1982 pomohl týmu Chargers dostat se do play-off a dvakrát do hry o titul AFC (1980 a 1981). V tomto období se San Diego v každé sezóně umístilo mezi čtyřmi nejlepšími v NFL v počtu získaných bodů a dvakrát bylo v čele ligy. Fouts čtyřikrát vedl ligu v počtu přihrávkových yardů; kariéru zakončil s více než 40 000 yardy jako třetí hráč, který tuto hranici překonal. V roce 1993 byl zvolen do Síně slávy profesionálního fotbalu.
Fouts byl šestkrát vybrán do Pro Bowlu (1979, 1980, 1981, 1982, 1983, 1985) a po dobu tří let (1981-83) dosahoval úspěšnosti přihrávek přes 90,0 bodů. Byl prvním hráčem NFL, který ve třech po sobě jdoucích sezónách překonal hranici 4 000 přihrávkových yardů (1979-1981), ve čtyřech po sobě jdoucích sezónách vedl NFL v počtu přihrávkových yardů (1979-1982) a šestkrát překonal hranici 20 přihrávek, přičemž v roce 1981 dosáhl kariérního maxima 33 přihrávek. Jeho kariérní maximum 4 802 přihrávkových yardů během sezóny 1981 bylo v té době rekordem NFL.
Fouts stanovil rekordy NFL v počtu přihrávkových yardů ve třech po sobě jdoucích sezónách 1979-1981 s celkovým počtem 4 082, 4 715 a 4 802 yardů. Překonal tak profesionální rekord Joea Namatha z roku 1967, který činil 4 007 yardů, a Dan Marino v roce 1984 překonal Foutsův rekord s 5 084 yardy. Chargers v roce 1979 jako první vítěz Západní divize AFC provedli více přihrávek (541) než útoků (481). Fouts se v hlasování agentury Associated Press (AP) o nejužitečnějšího hráče NFL (MVP) a útočníka roku umístil na druhém místě za Earlem Campbellem. V následující sezóně Fouts vytvořil rekord NFL s osmi zápasy s 300 a více přihrávkami a stal se prvním quarterbackem, který hodil 30 touchdownů za sezónu od Daryle Lamonica v roce 1969. V sezóně 1982, která byla kvůli stávce zkrácena na 9 zápasů, dosáhl Fouts průměru 320 yardů na zápas, což byl rekord NFL, který vydržel až do roku 2011, kdy Drew Brees dosáhl průměru 342,25 yardů. K vrcholům této sezóny patřila vítězství proti týmům San Francisco (41-37) a Cincinnati (50-34) v Super Bowlu 1981, kdy Fouts v každém zápase hodil přes 400 yardů a dovedl Chargers k vítězstvím v přestřelce. V téže sezóně byl Asociací profesionálních fotbalových novinářů a Asociací novinářských podniků vyhlášen nejlepším hráčem NFL. V anketě AP skončil druhý za Markem Moseleym, jediným kopáčem, který kdy tuto cenu získal. AP ho však zvolila nejlepším útočníkem ligy, stejně jako Pro Football Weekly.
Fouts získal ocenění All-Pro v letech 1979 a 1982, přičemž v letech 1980 a 1985 byl také jmenován do druhého týmu All-Pro. Kromě toho byl Fouts v letech 1981 a 1983 jmenován také do 2. týmu All-AFC. Fouts a Chargers však prohráli obě mistrovství AFC, ve kterých hráli.
Prvních několik let Foutsova působení v lize bylo nepříznivých, ale s příchodem trenéra Dona Coryella v roce 1978 se štěstí Chargers obrátilo. Přesto byla semínka úspěchu zaseta již o dva roky dříve, s příchodem Billa Walshe na pozici ofenzivního koordinátora Chargers. Pod vedením Coryella byli Chargers známí jako Air Coryell pro hru s hlubokými přihrávkami a zapojení tight endů jako klíčových receiverů. To vyžadovalo tvrdého, inteligentního rozehrávače se silnou rukou. Fouts tomu odpovídal.
Fouts nebyl pohyblivý rozehrávač a hra s hlubokými přihrávkami vedla k mnoha úderům. Trenér Síně slávy Bill Walsh, asistent trenéra Chargers v roce 1976, řekl: „Dan Fouts měl chladné, ocelové nervy a odvahu…. Dostal hodně ran, hodně úderů, ale hrál dál, ať už byl zraněný nebo ne. Hrál fyzicky náročnější fotbal než kdokoli jiný z jeho týmu, včetně zadáků“. Fouts zřídkakdy používal shotgun, ze středu hřiště se stáhl dozadu a hledal jednoho z řady skvělých receiverů. Nejznámějšími byli wide receiver Charlie Joiner a tight end Kellen Winslow, kteří jsou nyní v Síni slávy, ale klíčoví byli mimo jiné také John Jefferson a Wes Chandler. Foutsovy přihrávky umožnily Winslowovi dvakrát vést NFL v počtu přihrávek (1980,1981), zatímco Winslow (1982) a Lionel James (1985) vedli AFC v počtu přihrávek ještě ve dvou případech dohromady. James v roce 1985 vytvořil rekord NFL v počtu obdržených yardů běžícím bekem (od té doby byl překonán) – 1 027 yardů. Jefferson se stal prvním receiverem, který v každé ze svých prvních tří sezón v NFL získal 1 000 yardů. Jefferson (1980) i Chandler (1982) vedli NFL v počtu obdržených yardů. Chandlerův průměr 129 obdržených yardů na zápas v roce 1982 je stále rekordem ligy. Jefferson (1978, 1980) i Chandler (1982) vedli NFL v počtu obdržených TD. V roce 1980 se Winslow, Jefferson a Joiner stali první trojicí v jednom týmu, která v jedné sezóně získala 1 000 yardů. Když Joiner po roce 1986 ukončil kariéru, byl se 750 příjmovými přihrávkami historickým lídrem NFL.
Pro takový útok byla rozhodující také ochrana přihrávek. Chargers měli vynikající útočnou řadu, která dobře chránila Foutse a jejímiž členy byli čtyřnásobný Pro Bowler Ed White, pětinásobný Pro Bowler Russ Washington, trojnásobný Pro Bowler Doug Wilkerson, Billy Shields a Don Macek. Chargers vedli ligu v počtu přihrávek v rekordních šesti po sobě jdoucích letech 1978 až 1983 a znovu v roce 1985 pod vedením Foutse. Vedli také ligu v celkovém počtu útočných yardů v letech 1980-1983 a 1985.
Přestože Chargers v letech 1979 až 1982 postoupili do play-off a zahráli si ve dvou zápasech o titul mistra AFC, nikdy se pod Foutsovým vedením nedostali do Super Bowlu (i když se jim to podařilo až 7 let po jeho odchodu do důchodu). Obvykle se to přičítá špatné obraně a jejich neochotě vést míč. V době Foutsova nejlepšího působení nebyla obrana tak hvězdná, ale běhová hra se mnohem zlepšila díky příchodu Chucka Muncieho, který byl v roce 1980 vyměněn z New Orleans, a draftování Jamese Brookse z Auburnu v roce 1981. Obrana však utrpěla ztrátu, když byl Fred Dean, specialista na pytle, v roce 1981 vyměněn do San Francisca 49ers ve sporu o smlouvu a Dean v tom roce získal titul UPI NFC Defensive Player of the Year (přitom odehrál pouze 11 zápasů) na cestě k vítězství v Super Bowlu a o tři roky později pomohl 49ers k dalšímu titulu v Super Bowlu. Dean byl později uveden do Síně slávy.
„Nedokážu říct, jak moc nás to ovlivnilo, protože jsme se dostali do zápasu o titul mistra AFC,“ řekl o ztrátě Deana obránce Chargers Gary „Big Hands“ Johnson. „Ale můžu říct, že kdybychom měli více přihrávek z rohu, mohlo to být jiné.“ U-T San Diego v roce 2013 označil tuto výměnu za „možná největší omyl v historii klubu“. Sám Fouts měl být v roce 1983 kvůli sporům o smlouvu málem vyměněn do týmu Baltimore Colts za práva na Johna Elwaye, ale nakonec se dohodl na prodloužení smlouvy a Elway byl místo toho neslavně vyměněn do konkurenčního Denveru Broncos.
Celkově dosáhli Chargers v play-off pod Foutsem, který ve všech zápasech kromě dvou hodil přes 300 yardů, tří výher proti čtyřem porážkám. Jedním z jejich nejvýznamnějších vítězství byl v roce 1982 zápas play-off známý jako The Epic v Miami, kde Fouts dovedl svůj tým k vítězství 41:38, když v horkém a vlhkém dni proměnil 33 z 53 přihrávek na rekordní počet 433 yardů a 3 touchdowny. Počet jeho kompletních přihrávek, pokusů a yardů v tomto zápase byl v té době rekordem NFL po sezóně. Následující týden v zápase o mistrovství AFC v Cincinnati došlo oproti předchozímu týdnu v Miami k poklesu teploty o 92 °F a Chargers prohráli 27:7 v takzvaném Freezer Bowlu.
V následující sezóně hodil 333 yardů a 3 touchdowny při výhře 31:28 nad Pittsburgh Steelers v kole AFC Wild Card. Foutsova kariéra v play-off skončila v zápase divizního play-off AFC proti Miami, kde hodil 5 interceptions a pouze jeden touchdown. Fouts hrál v týmu Chargers ještě čtyři sezóny a po 15 letech v něm v roce 1987 ukončil kariéru. Svou kariéru ukončil jako historický lídr Chargers v počtu přihrávek (43 040 yardů a 254 touchdownů).