Kliknutím na ikony výše stáhnete nejnovější ApE (v2.0.61, 5. února 2020)
Viz níže uvedené pokyny pro instalaci programů s otevřeným zdrojovým kódem na Mac. Pokud instalujete na systém OSX El Capitain (OSX 10.11) nebo starší systémy. Pošlete mi e-mail s pokyny (Uveďte prosím verzi svého OS – e-maily bez této informace budu ignorovat.)
Klikněte sem a přispějte dobrovolným příspěvkem na podporu ApE.
Sledujte @ApEplasmid
Krátké video instalace ApE na Mac:
Váš prohlížeč nepodporuje značku <video>.
Běží v systémech Windows (XP, Vista, 7, 8 a 10) a Mac (OS X v10.5 a vyšší) Zvýrazňuje restrikční místa v editačním okně Přesně odráží Dam/Dcm blokování enzymových míst Zvýrazňuje text pomocí předdefinovaných a vlastních knihoven funkcí Zobrazuje translaci, Tm, %GC, ORF vybrané DNA v reálném čase Čte DNA Strider, Fasta, Genbank a EMBL soubory Ukládá soubory ve formátu kompatibilním s nástrojem DNA Strider nebo Genbank Zvýrazňuje a kreslí grafické mapy pomocí anotací prvků ze souborů Genbank a embl Přímo BLASTuje vybranou sekvenci v NCBI nebo wormbase
Textová mapa zobrazuje sekvenci DNA, translaci, a vlastnosti jako textovou grafiku
Vytváří grafické restrikční mapy- lineární nebo kruhové s vyznačenými prvky Propojuje grafické a textové prvky pomocí hypertextového dvojkliku Ukládá grafiku jako zapouzdřený postscript nebo škálovatelnou vektorovou grafiku Kopíruje a ukládá grafiku jako metasoubory Windows (pouze MS Windows)
Virtuální restrikční sborník Kreslí pre-definované a uživatelem definované žebříčky DNA Připojuje pásy k textu dvojitým kliknutím
Čte soubory sekvenčních stop ABI Sekvence ve stopách ABI lze zarovnat přímo k referenční sekvenci, s hypertextovým odkazem na zarovnání zpět do te trace.
Vybírá místa odpovídající více kritériím (unie/průsečík – frekvence řezů, typ místa) ve všech otevřených oknech Vybírá místa, která se v jedné sekvenci řežou častěji než v jiné (pro detekci snip-SNP nebo diagnostické digesce) Má uživatelem definované seskupení enzymů pro rozlišení např. enzymů, které jsou aktuálně na skladě. Umožňuje uživatelům definovat nové enzymy podle názvu a rozpoznávacího místa Importuje soubory ve formátu DNA Strider (jednoduché seznamy enzymů, míst) dostupné z REBASE
Další funkce:
Většina oken analýzy je hypertextově propojena s příslušnými sekvencemi, včetně: Grafické mapy Textové mapy Virtuální digesty Zarovnání (včetně sekvencí ABI) Tichá místa Vyhledávání translačních primerů Používá vlastní knihovny definic funkcí, které umožňují: Rychlé anotování sekvence Rychlé vyhledávání a zvýraznění všech dostupných primerů, které máte k dispozici (nebo jiných, které hybridizují se sekvencí Sekvenci lze anotovat a vizualizovat mnoha způsoby rychle a efektivně Grafické mapy, které zobrazují vazebná místa primerů a všechny zajímavé vlastnosti sekvence Překládá sekvence s volitelným zarovnáním DNA Vyhledá potenciální primery odpovídající uživatelským kritériím (délka, Tm, %GC, vlastní/jiná komplementarita) Zarovnává dvě sekvence DNA (nebo jakoukoli kombinaci sekvence a stopy ABI), přičemž zarovnání je hypertextově propojeno s původní sekvencí Vyhledává translačně tichá restrikční místa Vykresluje grafické mapy ORF
Klikněte zde pro dobrovolný příspěvek na podporu ApE.
Získat starší verze
Nyní můžete exportovat genomické oblasti přímo z Wormbase: V pravém horním tlačítku rozbalovací nabídky vyberte možnost „Download Track Data“. Klikněte na tlačítko „Konfigurace…“. Vypište vybrané funkce pomocí verze 3 Přes aktuálně viditelný region. Zaškrtněte políčko „Save to File“ (Uložit do souboru). Zaškrtněte políčko „Embed DNA sequence“ (Vložit sekvenci DNA). ZAškrtněte políčko „Include track configuration data“ (Zahrnout konfigurační data stopy). Klikněte na tlačítko „Go“. Otevřete výsledný soubor .gff v nejnovější verzi ApE.
Alternativně můžete exportovat genomickou oblast (z prohlížeče genomu) jako soubor ve formátu FASTA (pomocí nabídky vlevo nahoře). Stopy prvků můžete přidat stažením souborů stop prvků GFF3 pomocí stejného menu. V ApE otevřete soubor FASTA a poté pomocí nabídky Funkce otevřete informace o stopách GFF3.
Jiným způsobem je vzít model genu (ze stránky genu), vložit jej do okna ApE a poté vybrat vše, vytvořit novou funkci (nabídka Funkce) a v okně pro úpravu funkce, které se zobrazí, stisknout tlačítko „pouze velká písmena“. Pokud se vám zdá, že ApE nenašel všechna místa ClaI (nebo XbaI či BclI), o kterých VÍTE, že se ve vaší sekvenci nacházejí, vypněte na sekvenci metylaci Dam/Dcm a zkuste to znovu. Další informace najdete zde. Klikněte zde a přispějte dobrovolným příspěvkem na podporu ApE.
a přispějte dobrovolným příspěvkem na podporu ApE.
