Specifita je vlastnost enzymu a popisuje, jak restriktivní je enzym ve výběru substrátu; zcela specifický enzym by měl pouze jeden substrát.
Specifita serinových proteas obvykle není příliš vysoká, protože mají podobná aktivní místa a působí stejným proteolytickým mechanismem.
V důsledku toho může jedna serinová proteasa působit na různé substráty, i když s různou rychlostí. To, jak substrát zapadá do aktivního místa enzymu, má zásadní význam pro výsledek reakce enzym-substrát. Vazba, která má být štěpena, musí mít specifickou orientaci vzhledem k postranním řetězcům aminokyselin katalytické triády. Nejdůležitějším faktorem určujícím vhodnost substrátu pro enzym je sekvence aminokyselin v okolí štěpené vazby.
Trypsin štěpí amidy a estery základních aminokyselin argininu a lysinu. Trombin má podobné preference, ale je specifičtější pro arginin než pro lysin.
Selektivita je vlastnost substrátu a udává, do jaké míry je substrát vázán a štěpen různými enzymy. Nejlepší míru selektivity udává poměr kcat/Km. Syntetické substráty jsou podstatně menší než přirozené substráty a obvykle mohou být štěpeny více než jedním enzymem, tj. syntetické substráty nejsou zcela selektivní. Vysvětlení spočívá v tom, že velké substráty, jako je fibrinogen, interagují nejen s aktivním místem, ale také s vnějšími doménami enzymu. Tyto interakce umožňují substrátům rozlišovat mezi různými serinovými proteázami a fibrinogen se tak stává vysoce selektivním pro trombin.
Tabulky selektivity
Údaje o selektivitě v tabulce byly sestaveny tak, aby umožnily zkoušejícímu pochopit, jak by kontaminující enzym ovlivnil studovanou reakci enzym-substrát. Jiným způsobem to lze vyjádřit tak, že tabulka ukazuje relativní reaktivitu dvou nebo více enzymů na jednom konkrétním substrátu. Tabulka by se měla číst vodorovně. Každý řádek představuje reaktivitu substrátu určeného pro použití s určitým enzymem, který je uveden vlevo, ve vztahu k ostatním příslušným enzymům.
Příklad: Sada údajů v horním řádku ukazuje relativní reaktivitu trombinového substrátu S-2238™ s různými enzymy. Všechny experimenty byly provedeny za použití stejného pufru, tj. pufru nejvhodnějšího pro reakci mezi trombinem a chromogenním substrátem S-2238™. Kromě toho byla koncentrace substrátu vždy stejná, neboli 2 x Km pro reakci chromogenního substrátu S-2238™ s trombinem. Koncentrace jednotlivých enzymů jsou uvedeny v tabulce 2 a jsou vztaženy k plazmatické koncentraci příslušného zymogenu. Reaktivita chromogenního substrátu S-2238™ s trombinem, měřená jako nárůst absorbance v závislosti na čase (ΔA/min), má hodnotu 100 % (skutečná hodnota ΔA/min je uvedena v závorce). Reaktivity chromogenního substrátu S-2238™ s enzymy FXa, FXIa, APC, plazminem, jednořetězcovým t-PA, plazmatickým kallikreinem a C1s pak byly vztaženy k reaktivitě chromogenního substrátu S-2238™ s trombinem a ukázaly se být 5, 5, 40, 5, 5, 60, resp. 2 %
.