Po smrti otce v roce 1793 svěřila Navierova matka jeho vzdělání do rukou strýce Émilanda Gautheye, inženýra Sboru mostů a silnic (Corps des Ponts et Chaussées). V roce 1802 se Navier zapsal na École polytechnique a v roce 1804 pokračoval ve studiu na École Nationale des Ponts et Chaussées, kterou absolvoval v roce 1806. Nakonec vystřídal svého strýce ve funkci generálního inspektora v Corps des Ponts et Chaussées.
Řídil stavbu mostů v Choisy, Asnières a Argenteuil v departementu Seina a postavil lávku na Île de la Cité v Paříži. Jeho návrh mostu Pont des Invalides z roku 1824 neponechal nad svými výpočty bezpečnostní rezervu a po prasknutí musel být most rozebrán, což zničilo Navierovu mostařskou pověst. Vládní komise ho pokárala za to, že se příliš spoléhá na matematiku.
V roce 1824 byl Navier přijat do Francouzské akademie věd. V roce 1830 nastoupil na místo profesora na École Nationale des Ponts et Chaussées a v následujícím roce vystřídal v exilu Augustina Louise Cauchyho na postu profesora matematiky a mechaniky na École polytechnique.