1796-1802Edit
Válka byla pro Španělsko a příjmy španělské koruny škodlivá, protože britská blokáda výrazně snížila množství bohatství přicházejícího z kolonií. Hlavní španělské loďstvo pod vedením Josého de Cordoby y Ramose však disponovalo 27 řadovými loděmi a plánovalo se spojit s Francouzi a chránit zátoky s cenným zbožím. Britská středomořská flotila měla 15 řadových lodí – silně převyšovala francouzsko-španělské hrozby a do roku 1797 si vynutila ústup z Korsiky a Elby. Ukázalo se však, že španělské námořnictvo není schopno koordinovat činnost se svými francouzskými republikánskými spojenci, a v bitvě u mysu svatého Vincenta bylo těžce poraženo. Španělsko se tak po zbytek války ocitlo na moři v nevýhodném postavení, i když odrazilo dva britské útoky na Cádiz a Tenerife a pozdější britskou výpravu do Ferrolu.
1804-1808Edit
Amienská smlouva z roku 1802 stanovila dočasné příměří v nepřátelství, které bylo porušeno až v roce 1804, kdy překvapivě a bez vyhlášení války zaútočily britské lodě na španělskou eskadru fregat, která vezla zlato a stříbrné šperky do Cádizu. Španělská fregata Nuestra Señora de las Mercedes vyletěla do povětří a ostatní byly zajaty Brity.
Francouzi plánovali na příští rok invazi do Británie; španělské loďstvo mělo být nedílnou součástí pomoci při této invazi. V bitvě u Trafalgaru v roce 1805 byla spojená francouzsko-španělská flotila, která se snažila spojit své síly s francouzským loďstvem na severu za účelem invaze, napadena britským loďstvem a v rozhodujícím střetnutí prohrála. Britské vítězství ukončilo bezprostřední hrozbu Napoleonovy invaze do Británie. Zároveň vážně otřáslo odhodláním nepopulární španělské vlády vedené Godoyem, která začala pochybovat o užitečnosti svého nejistého spojenectví s Napoleonem. Mezitím se britské tažení (1806-1807) s cílem dobýt strategicky důležitou oblast Rio de la Plata ve španělské Jižní Americe setkalo s neúspěchem.
Godoy vystoupil z kontinentálního systému, který Napoleon vymyslel pro boj s Británií, aby se k němu znovu připojil v roce 1807 poté, co Napoleon porazil Prusy. Napoleon však ztratil důvěru v Godoye a španělský král Karel IV. Ve Španělsku také rostla podpora králova syna Ferdinanda, který se postavil proti všeobecně opovrhovanému Godoyovi. Ferdinand však dával přednost spojenectví s Británií a Napoleon vždy pochyboval o důvěryhodnosti jakékoli bourbonské královské rodiny.