Klicken Sie auf die Symbole oben, um die neueste ApE herunterzuladen (v2.0.61, Februrary 5, 2020)
Siehe die Anweisungen unten für die Installation von Open-Source-Programmen auf einem Mac. Wenn Sie auf OSX El Capitain (OSX 10.11) oder älteren Systemen installieren. Schicken Sie mir eine E-Mail für eine Anleitung (Bitte geben Sie Ihre OS-Version an – ich ignoriere E-Mails ohne diese Information.)
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Ein kurzes Video über die Installation von ApE auf einem Mac:
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Läuft unter Windows (XP, Vista, 7, 8, und 10) und Mac (OS X v10.5 und höher) Hebt Restriktionsstellen im Bearbeitungsfenster hervor Gibt die Dam/Dcm-Blockierung von Enzymstellen genau wieder Hebt Text mithilfe vordefinierter und benutzerdefinierter Funktionsbibliotheken hervor Zeigt Übersetzung, Tm, %GC, ORF der ausgewählten DNA in Echtzeit an Liest DNA Strider, Fasta, Speichert Dateien als DNA Strider-kompatibles oder Genbank-Dateiformat Hebt hervor und zeichnet grafische Karten unter Verwendung von Merkmalskommentaren aus Genbank- und EMBL-Dateien BLASTet die ausgewählte Sequenz direkt im NCBI oder in der Wormbase
Textkarte zeigt DNA-Sequenz, Übersetzung, und Merkmale als textbasierte Grafiken
Erzeugt grafische Restriktionskarten- linear oder kreisförmig mit angezeigten Merkmalen Verbindet Grafik- und Textmerkmale mit Hyperlink-Doppelklick Speichert Grafiken als gekapseltes Postscript oder skalierbare Vektorgrafiken Kopiert und speichert Grafiken als Windows-Metadateien (nur MS Windows)
Virtueller Restriktionsverdau Zeichnet vordefiniertedefinierte und benutzerdefinierte DNA-Leitern Verbindet Banden mit Text durch Doppelklick
Liest ABI-Sequenzierungsspurdateien Sequenzen in ABI-Spuren können direkt an eine Referenzsequenz angeglichen werden, wobei das Alignment über einen Hyperlink mit der Spur verbunden ist.
Wählt in allen geöffneten Fenstern Stellen aus, die mehreren Kriterien entsprechen (Vereinigungs-/Schnittfrequenz, Art der Stelle) Wählt Stellen aus, die in einer Sequenz häufiger geschnitten werden als in einer anderen (für Snip-SNP-Nachweis oder diagnostische Verdauungen) Hat eine benutzerdefinierte Enzymgruppierung, um z. B. derzeit vorrätige Enzyme zu unterscheiden. Ermöglicht dem Benutzer, neue Enzyme nach Namen und Erkennungsstelle zu definieren Importiert Dateien im DNA-Strider-Format (einfache Enzym- und Stellenlisten), die in REBASE verfügbar sind
Weitere Funktionen:
Die meisten Analysefenster sind mit den entsprechenden Sequenzen verlinkt, darunter: Grafikkarten Textkarten Virtuelle Digests Alignments (einschließlich ABI-Sequenzen) Silent Sites Translation Primer Find Verwendet benutzerdefinierte Feature-Definitionsbibliotheken, die Folgendes ermöglichen: Schnelles Annotieren von Sequenzen Schnelles Suchen und Hervorheben aller verfügbaren Primer, die Sie (oder andere) besitzen und die mit einer Sequenz hybridisieren Sequenzen können schnell und effizient annotiert und auf vielfältige Weise visualisiert werden Grafische Karten, die Primer-Bindungsstellen und alle interessanten Sequenzmerkmale zeigen Übersetzt Sequenzen mit optionalem DNA-Alignment Findet potenzielle Primer, die den Benutzerkriterien entsprechen (Länge, Tm, %GC, eigene/andere Komplementarität) Findet potentielle Primer, die den Kriterien des Benutzers entsprechen (Länge, Tm, %GC, eigene/andere Komplementarität) Aligniert zwei DNA-Sequenzen (oder eine beliebige Kombination von Sequenz und ABI-Spur), wobei das Alignment mit der Originalsequenz verlinkt ist Findet translational stumme Restriktionsstellen Zeichnet graphische ORF-Karten
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Sie können jetzt genomische Regionen direkt aus Wormbase exportieren: Wählen Sie oben rechts im Dropdown-Menü den Punkt „Download Track Data“. Klicken Sie auf die Schaltfläche „Configure…“. Dump selected features using version 3 Across currently visible region. Markieren Sie „In Datei speichern“. Markieren Sie „DNA-Sequenz einbetten“. UNKONTROLLIEREN Sie „Track-Konfigurationsdaten einbeziehen“. Klicken Sie auf „Los“. Öffnen Sie die resultierende .gff-Datei in der neuesten ApE.
Alternativ können Sie eine genomische Region (aus dem Genom-Viewer) als FASTA-formatierte Datei exportieren (über das Menü oben links). Sie können die Feature-Tracks hinzufügen, indem Sie die GFF3-Feature-Track-Dateien über das gleiche Menü herunterladen. Öffnen Sie in ApE die FASTA-Datei und verwenden Sie dann das Menü „Features“, um die GFF3-Spurinformationen zu öffnen.
Eine andere Möglichkeit besteht darin, das Genmodell (von einer Genseite) zu nehmen, es in ein ApE-Fenster einzufügen und dann alles auszuwählen, ein neues Feature zu erstellen (Menü „Feature“) und in dem daraufhin erscheinenden Fenster „Feature bearbeiten“ die Schaltfläche „nur Großbuchstaben“ zu drücken. Wenn Sie glauben, dass ApE nicht alle ClaI-Stellen (oder XbaI oder BclI) findet, von denen Sie WISSEN, dass sie in Ihrer Sequenz vorhanden sind, schalten Sie die Dam/Dcm-Methylierung in Ihrer Sequenz aus und versuchen Sie es erneut. Weitere Informationen finden Sie hier. Klicken Sie hier , um eine freiwillige Spende zur Unterstützung von ApE zu leisten.
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