Die meisten Säugetiere sind in der Lage, ohne Training instinktiv zu schwimmen; eine bemerkenswerte Ausnahme bilden die Menschenaffen. Der Mensch ist eindeutig in der Lage, durch Training ein guter Schwimmer zu werden; andere Menschenaffen sind jedoch nur durch anekdotische Berichte als Schwimmer bekannt. Von Schimpansen zum Beispiel wird behauptet, dass sie gerne im Wasser spielen, aber nicht schwimmen können. Die Abneigung gegen das Schwimmen ist so stark, dass sie vermutlich eine Rolle bei der Speziation von Schimpansen und Bonobos gespielt hat, die geografisch durch den Kongo-Fluss getrennt sind. Bemerkenswerterweise gilt diese Erkenntnis nicht für alle Primaten, da einige Affenarten, wie krabbenfressende Makaken und Rüsselaffen, beim Schwimmen unter Wasser beobachtet wurden.
Ein Unterschied in der Affinität für Wasser zwischen Menschen und anderen Menschenaffen könnte einfach auf Verhaltensunterschiede zwischen den Arten zurückzuführen sein. Zum Beispiel haben die meisten Menschenaffen eine instinktive Angst vor Raubtieren oder vor dem Ertrinken. Interessanterweise ist die Angst vor Wasser eine der häufigsten Phobien beim Menschen; zusammen mit ähnlichen Phobien wie der vor Spinnen und Schlangen wurde vorgeschlagen, dass es sich um eine „evolutionär relevante“ Phobie handelt, die einen Selektionsvorteil verschaffen könnte.
Dieser potenzielle Unterschied könnte jedoch auch aus physiologischen Unterschieden resultieren. Dementsprechend wurde eine Reihe von Merkmalen der modernen menschlichen Physiologie als Ursache dafür vorgeschlagen, dass Menschen, nicht aber unsere nächsten Verwandten, schwimmen können. Dazu gehören ein Schwimmreflex bei Säuglingen, ein Tauchreflex, das freiwillige Anhalten des Atems und der Auftrieb, der durch die Vergrößerung des Fettgewebes entsteht. Diese Beispiele halten jedoch einer genauen Prüfung nicht stand.
Der Säuglingsschwimmreflex beschreibt „rhythmische, koordinierte Bewegungen mit Hemmung der Atmung“, die bei menschlichen Säuglingen zu beobachten sind, die bis zu einem Alter von etwa 4-6 Monaten bäuchlings im Wasser liegen. Dieser Reflex kann jedoch auch bei anderen neugeborenen Säugetieren, einschließlich Affen, beobachtet werden und ist daher nicht spezifisch für den Menschen.
Beim Tauchreflex führt der Kontakt des Gesichts mit kaltem Wasser zu Bradykardie (Verlangsamung der Herzfrequenz), Apnoe (Atemanhalten) und peripherer Vasokonstriktion. Dadurch kann das Tier beim Schwimmen unter Wasser Sauerstoff sparen. Auch dieser Tauchreflex ist bei allen Säugetieren zu finden.
Das unwillkürliche Anhalten des Atems, das beim Menschen vorkommt, wurde auch bei anderen Säugetieren, einschließlich Affen, beobachtet. Die Möglichkeit, dies zu untersuchen, wird durch die methodische Einschränkung, ein nicht-menschliches Tier zum Anhalten des Atems zu veranlassen, erheblich beeinträchtigt. Außerdem ist die Relevanz dieses Merkmals für das Schwimmen unklar, da der Atemstillstand ein Merkmal der Tauchreaktion ist. Der Bipedalismus des Menschen, bei dem die Bewegung des Zwerchfells weniger Haltungseinschränkungen unterliegt, könnte zumindest teilweise für tatsächliche Unterschiede in der Atemkontrolle zwischen Menschen und anderen Affen verantwortlich sein.
Schließlich wurde argumentiert, dass das Schwimmen ein gewisses Maß an Auftrieb erfordert, das durch ein hohes Verhältnis von Körperfett zu Muskeln gewährleistet wird. Der Mensch scheint im Vergleich zu anderen Primaten einen außergewöhnlich hohen Anteil an Fettgewebe zu haben, obwohl dieser Befund durch die Häufigkeit von Übergewicht und Fettleibigkeit in modernen menschlichen Populationen eindeutig erschwert wird.
Diese und eine Vielzahl anderer Merkmale der menschlichen Physiologie wurden von den Befürwortern der „Wasseraffen-Hypothese“ als Hinweise darauf angeführt, dass der Mensch von einem aquatischen Vorfahren abstammt. Diese Hypothese wurde weitgehend widerlegt.
Aquatische Nahrungsmittel wie Krokodile, Schildkröten und Fische wurden bereits vor 2 Millionen Jahren in Kenia in die Ernährung der Homininen einbezogen. Fisch ist reich an essenziellen Fettsäuren; insbesondere die Omega-3-Fettsäure Docosahexaensäure (DHA) ist in Fisch viel höher als in anderen Nahrungsquellen. Diese Fettsäuren sind im Gehirngewebe reichlich vorhanden und wichtig für die Gehirnfunktion. Es wurde daher vorgeschlagen, dass ein Lebensraum in Wassernähe und das Sammeln von aquatischen Nahrungsmitteln wichtige Merkmale des frühen Homo waren.