In der Geschichte des Minor-League-Baseballs gab es mehrere South Atlantic Leagues, die mit einigen Unterbrechungen von 1904 bis in die Gegenwart reichen. Die Liga bestand von 1904 bis 1917 als Klasse C und wurde dann 1919 wieder aufgenommen, ebenfalls als Klasse C. Diesmal bestand sie von 1919 bis 1930 und stieg 1921 in die Klasse B auf. William G. Bramham wurde Mitte 1924 Präsident der Liga und blieb es bis 1930. Die Liga wurde von 1936 bis 1942 als Klasse B wieder aufgenommen, dann infolge des Zweiten Weltkriegs geschlossen und 1946 als Klasse A wieder aufgenommen. Die AA Southern Association (die nie integriert wurde) wurde nach der Saison 1961 aufgelöst, so dass die SAL 1963 in die AA aufstieg und ihren Platz einnahm; ein Jahr später wurde der Name in Southern League geändert. Von den 51 Spielzeiten nahm Augusta, Georgia, an 46 teil, Macon, Georgia, an 46, und Columbia, South Carolina, an 45. Charleston (South Carolina), Jacksonville (Florida), Savannah (Georgia) und Columbus (Georgia) traten jeweils mindestens 29 Jahre lang an, was für eine relativ stabile Aufstellung sorgte.
Der Name South Atlantic League blieb 16 Jahre lang unbenutzt, aber 1980 nahm die Western Carolinas League den Namen wieder auf, als sie ihre Identität ändern wollte. Fast 60 Jahre lang, von 1948 bis 2007, war der Gründer und Präsident der WCL/SAL, John Henry Moss, der die WCL 1948 als junger Mann ins Leben rief, sie 1960 neu gründete und dann ins neue Jahrhundert führte, die dominierende Figur der Liga. Moss trat am Ende der Saison 2007 der South Atlantic League in den Ruhestand. Er starb im Alter von 90 Jahren am 1. Juli 2009 in Kings Mountain, North Carolina – einer Stadt, in der er auch 23 Jahre lang Bürgermeister war.
Im Jahr 2005 verzeichnete die SAL mit 3.541.992 Fans die höchste Zuschauerzahl seit 101 Jahren (während die Minor League Baseball mit 41.333.279 Besuchern einen zweiten Rekord in Folge aufstellte). Derzeit hat die Liga 14 Teams, die in zwei Divisionen mit je sieben Vereinen aufgeteilt sind.
Der Beginn der Saison 2020 wurde aufgrund der COVID-19-Pandemie verschoben und schließlich am 30. Juni abgesagt. Ende 2020 führte die Umstrukturierung des Minor-League-Systems durch die Major League Baseball zu massiven Umwälzungen auf der Class-A- und High-A-Ebene. Von den vierzehn Teams, die in der SAL-Saison 2020 gespielt hätten, wurden sechs in die High-A befördert und nahmen an der neuen High-A East teil, fünf blieben in der Low-A, schlossen sich aber der neuen Low-A East an, und drei wurden ganz aus dem angeschlossenen Baseball verdrängt. Die Hagerstown Suns haben sich Berichten zufolge aufgelöst und die West Virginia Power und die Lexington Legends sind beide der Atlantic League of Professional Baseball beigetreten, einer Partnerliga der Major League Baseball.