În 1636, Golful Gowanus – numit după Gauwane (Gouwane, lit. „cel care doarme”), un indian Canarsee – a fost locul primei așezări a fermierilor olandezi în ceea ce este astăzi Brooklyn. Iazurile de pe pajiștile din Gowanus au servit la acționarea morilor de măcinat ale primilor coloniști, acționate de maree, care erau situate de-a lungul pârâului Gowanus. În timpul Războiului Revoluționar American, Gowanus a fost scena luptelor din Bătălia de la Long Island, iar soldații americani s-au poziționat în Gowanus Heights (în prezent Park Slope), de unde aveau o vedere deplină asupra vaselor britanice în timp ce acestea ajungeau în golf. În anii 1860, pârâul Gowanus a fost transformat în canalul Gowanus, iar zona a devenit un centru de producție și transport maritim. Ca urmare a industriei de-a lungul canalului și a înființării unui sistem de canalizare combinat care arunca apele reziduale direct într-o gură de scurgere desemnată la capătul canalului, cartierul a ajuns să fie definit de canalul poluat. După cel de-al Doilea Război Mondial, declinul transportului maritim în portul Red Hook și al industriei prelucrătoare din jurul orașului New York a determinat marile industrii să plece și a schimbat vibrația industriei din Gowanus. La sfârșitul anilor 1940, cartierul a devenit sediul mai multor proiecte de locuințe NYCHA, care au fost construite în parte pentru a găzdui veteranii care se întorceau din cel de-al Doilea Război Mondial.
Apa și o mare parte din terenul de pe malurile canalului Gowanus au fost grav poluate de revărsările combinate de canalizare (CSO) de-a lungul canalului, concepute pentru a evacua apele uzate și apele pluviale atunci când stația de tratare a canalizării este copleșită, precum și de zeci de ani de utilizare industrială și de producția extensivă de gaze de cărbune la sfârșitul secolului al XIX-lea. Canalul Gowanus a fost, de asemenea, o presupusă groapă de gunoi a Mafiei. Chiar și așa, la începutul anilor 1980, de-a lungul canalului, o veche fabrică de muniții din secolul al XIX-lea, situată la 230 3rd Street din Gowanus, a devenit locul unde a fost construită masiva Gowanus Memorial Artyard, ale cărei rămășițe sunt încă vizibile. După zeci de ani de poluare industrială combinată cu contaminarea cu ape uzate, Agenția pentru Protecția Mediului a desemnat canalul Gowanus drept sit Superfund în 2010, alocând 506 milioane de dolari pentru decontaminare. Data de finalizare a procesului de curățare este stabilită pentru 2022.
.