FFPE vs. țesut congelat vor fi explorate în acest articol. Cercetarea medicală privind cancerul și alte boli necesită acces la instrumente și materiale unice – inclusiv la specimene de studiat. De exemplu, dacă examinați forma și structura celulelor (morfologia), stările de boală, comunicarea intra- și intercelulară sau subiecte conexe, este incredibil de util să aveți acces la secțiuni fiabile de țesut biopsiat. Având în vedere că majoritatea materialelor biologice sunt fragile și perisabile, trebuie să aveți grijă să vă asigurați că acestea sunt pregătite și conservate corespunzător. Există două metode principale de pregătire a țesuturilor utilizate în prezent. Timp de zeci de ani, țesuturile au fost saturate cu formalină (aka formaldehidă) și apoi încorporate într-un bloc de parafină (denumite țesuturi fixate în formalină și încorporate în parafină sau FFPE). Odată cu apariția congelatoarelor fiabile la temperaturi foarte scăzute și a rezervelor abundente de azot lichid, a devenit fezabilă înghețarea țesuturilor ca un al doilea mijloc de stocare pe termen lung. Fiecare dintre aceste două metode vine cu avantaje și dezavantaje. În cele ce urmează este o comparație a punctelor forte și a punctelor slabe ale acestor două metode de conservare.
Tesuturi EFP
Tesuturile fixate în formol și înglobate în parafină sunt cele mai comune surse de material arhivat. Patologii din spitale creează și arhivează țesuturi FFPE de zeci de ani. Ori de câte ori studiază o biopsie prelevată de la un pacient, ei arhivează o parte din acest material pentru utilizare ulterioară – uneori făcând referire la acesta sau obținând a doua opinie, în timpul tratamentului pacientului. Cercetătorii au conservat, de asemenea, țesuturi donate de la oameni sau materiale colectate de la animale, pentru a crea arhive de materiale pentru studiu ulterior. Aceste arhive se numesc „biobănci” și pot fi dezvoltate de către universități și spitale sau create în scopuri comerciale de către companii care deservesc comunitatea de cercetare. Aceste activități au dus la disponibilitatea unor colecții vaste de materiale pentru studii ulterioare. Deoarece aceste arhive au fost create de-a lungul unei perioade foarte lungi de timp, ele pot oferi o perspectivă istorică, pe lângă faptul că reprezintă pur și simplu o sursă abundentă de material de cercetare. Deoarece țesutul FFPE poate fi depozitat într-un dulap la temperatura camerei, este ieftin să se creeze o colecție mare care va fi stabilă pentru o perioadă foarte lungă de timp. Formalina și ceara conservă structurile fragile din interiorul și dintre celulele din țesut – ceea ce face ca țesutul FFPE să fie excelent pentru cei care analizează morfologia celulelor și a țesuturilor – cum ar fi patologii care studiază biopsiile conservate pentru a diagnostica cancerul. Proteinele din țesutul FFPE sunt, de asemenea, conservate, nu doar structurile vizibile la microscop. Histologii pot utiliza anticorpi marcați fluorescent (sau anticorpi marcați prin alte mijloace) care se leagă în mod specific de anumite proteine pentru a vedea dacă acestea sunt prezente în anumite celule din țesuturi și dacă locațiile și cantitățile acestor proteine sunt diferite în țesuturile bolnave față de cele sănătoase. Această metodă este denumită imunohistochimie (IHC). În cele din urmă, deoarece FFPE este o metodă veche și bine stabilită pentru stocarea țesuturilor, patologii sunt obișnuiți să examineze și să pună diagnostice din biopsii de țesut FFPE. Dacă doriți să aflați mai multe, citiți postarea noastră de pe blog despre, ce este țesutul FFPE și care sunt utilizările sale.
Dezavantajele țesutului FFPE
Formalina este volatilă, toxică și miroase oribil. Cele mai multe proceduri de încorporare și fixare în parafină sunt, de asemenea, laborioase și consumatoare de timp. În plus, în timp ce proteinele sunt conservate, ele sunt, de asemenea, denaturate. Acestea nu mai sunt active din punct de vedere biologic. De asemenea, este posibil ca acestea să nu se lege de aceiași anticorpi ca și versiunile nedenaturate (sau native) ale acelorași proteine. Acest lucru poate limita oarecum valoarea lor pentru anumite tipuri de studii IHC și le poate face inutile pentru analize biochimice. O altă problemă este aceea că acizii nucleici (ADN și ARN) din țesutul FFPE nu se conservă foarte bine. Deși acizii nucleici pot fi izolați din acest tip de țesut conservat, utilizarea lor poate fi limitată. Prin urmare, este posibil ca țesutul FFPE să nu fie întotdeauna potrivit pentru analiza genetică moleculară. În cele din urmă, majoritatea protocoalelor FFPE nu sunt standardizate. Acest lucru înseamnă că nu există nicio garanție că eșantioanele colectate în momente sau locuri diferite au fost pregătite în mod similar. Metodele de preparare nestandardizate pot afecta în mod disproporționat rezultatele obținute în urma acestora – în special în cazul analizei genetice moleculare. Se poate face o anumită analiză moleculară, dar se pierde foarte mult atunci când țesutul este conservat prin metoda FFPE.
Tesuturi congelate
Tesuturile congelate, pe de altă parte, funcționează foarte bine pentru analiza genetică moleculară – în special dacă materialele de biopsie sunt scufundate în azot lichid printr-o metodă numită „congelare rapidă” și apoi depozitate într-un congelator ultra rece la mai puțin de -80 grade Celsius. Astfel, dacă aveți un congelator „-80” și azot lichid, țesuturile proaspete congelate sunt ușor de preparat. Probele de matrice tisulară congelate sunt, de asemenea, foarte utile pentru analiza IHC, deoarece proteinele sunt păstrate în stare nativă. Aceste proteine „native” nedenaturate pot fi, de asemenea, izolate într-o formă încă activă, pentru analize biochimice. Cu toate acestea, țesuturile se degradează rapid la temperatura camerei și nu se păstrează bine atunci când sunt păstrate într-un congelator alimentar sau casnic mai standard de „-20”. Trebuie să îl congelați cât mai repede posibil și apoi să îl păstrați foarte rece. În cazul țesutului obținut prin biopsie, acest lucru poate fi dificil, deoarece chirurgii pot să nu aibă la îndemână azot lichid pentru a îngheța rapid materialul tumoral extirpat. De asemenea, este nevoie de un congelator specializat pentru temperaturi foarte joase pentru ca dumneavoastră să păstrați țesutul înghețat în permanență. Arhivele de țesuturi congelate sunt întotdeauna vulnerabile la întreruperi de curent sau defecțiuni mecanice. De asemenea, tehnicienii neatenți pot lăsa eșantioane prețioase pe băncile de laborator sau pot uita să închidă ușa unui congelator. În cele din urmă, fiind o metodă mai nouă, biobăncile au, în general, colecții mai mici de țesuturi congelate.
Rezumat FFPE VS Țesuturi congelate
În concluzie, țesuturile FFPE sunt potrivite pentru crearea unor arhive mari de țesuturi pentru cercetare. Odată pregătit, țesutul FFPE este foarte rezistent. Nu are nevoie de echipamente speciale pentru a-l păstra stabil timp de zeci de ani. Patologii fac diagnostice din țesuturi FFPE de zeci de ani și sunt foarte familiarizați cu acestea. Țesutul FFPE poate fi utilizat, de asemenea, pentru unele studii IHC. Este posibil ca țesutul FFPE să nu fie potrivit pentru analiza proteinelor native și, în general, este inferior pentru tipurile de analiză genetică, cum ar fi PCR, qPCR sau secvențierea ADN de generație următoare, care devin obișnuite. Țesutul congelat, pe de altă parte, conservă ADN-ul, ARN-ul și proteinele native. Cu toate acestea, arhivele de țesut congelat pot fi pierdute rapid din cauza întreruperilor de curent, a defecțiunilor mecanice sau a neglijenței în laborator. Țesuturile congelate sunt, de asemenea, mai puțin familiare pentru patologi, care, în general, se simt mai confortabil să pună diagnostice după analiza microscopică a țesutului FFPE.
.