Detecția provirusului HIV-1 care se poate integra în nucleul unei celule gazdă și poate rămâne latent ani de zile este problematică. Pragul hibridizării in situ, care este de aproximativ 10 copii pe celulă, este prea ridicat pentru a detecta o singură copie integrată a provirusului. Deși reacția în lanț a polimerazei (PCR) poate detecta 1 provirus la 100.000 de celule, aceasta nu poate determina localizarea celulară specifică a virusului. Aceste probleme pot fi rezolvate cu ajutorul hibridizării in situ PCR. Adaptarea acestei metode la detectarea ARN (PCR in situ cu transcriptază inversă) permite să se determine dacă infecția virală este latentă sau productivă, precum și să se detecteze răspunsul gazdei sub forma exprimării ARNm al citokinelor. Aceste metodologii au demonstrat că (1) există o infectare masivă a celulelor CD4 de către HIV-1 înainte de apariția simptomatologiei care definește SIDA, (2) evoluția SIDA este marcată de distrugerea progresivă a celulelor CD4, așa cum reiese din creșterea raportului dintre celulele infectate productiv și cele latente, (3) ținta principală a virusului la nivelul colului uterin, al plămânilor, al sistemului nervos central și al mușchilor scheletici este macrofagul și derivatele acestuia și (4) bolile legate de SIDA, cum ar fi demența SIDA, sunt marcate atât de numeroase celule infectate cu virusul, cât și de reglarea ascendentă a unei mari varietăți de citokine, în primul rând în celulele vecine neinfectate. Acest capitol va descrie metodologiile de detectare a ADN și ARN HIV-1 în secțiuni de țesut incluse în parafină, precum și experimentele de colabelare necesare pentru a defini răspunsul gazdei la invazia virală.