A organização que levou ao Sistema de Rádio Auxiliar Militar foi chamada de Sistema de Rádio Amador Auxiliar (AARS). O AARS foi criado em novembro de 1925 por alguns pioneiros dedicados no Corpo de Sinais do Exército dos Estados Unidos liderados pelo Capitão Thomas C. Rives. Os Estados Unidos reconheceram o rádio como um modo crítico de comunicação durante a Primeira Guerra Mundial. A integração do rádio para apoiar as operações do Exército gerou uma significativa necessidade de mão-de-obra e habilidades que não foi facilmente atendida. O Sistema de Rádio Amador do Exército foi formado em 1925 para fornecer um conjunto de operadores de rádio treinados para aumentar o Corpo de Sinais durante a mobilização em tempo de guerra e fornecer uma extensão da rede de rádio do Corpo de Sinais para apoiar a autoridade civil com esforços de alívio de desastres naturais. Enquanto apoiava objetivos militares, a organização era composta de civis voluntários que eram amadores de rádio realizados. Esses civis aplicaram suas habilidades especializadas em comunicação radiofónica enquanto apoiavam o Corpo de Sinais através dos Estados Unidos continental, Filipinas, Panamá e Hawaii.
A organização acabou por experimentar tanto o sucesso como o fracasso. O Sistema de Rádio Amador do Exército conseguiu desenvolver a proficiência de seus operadores de rádio, como demonstrado pelo apoio fornecido às autoridades locais, estaduais e federais durante os esforços de alívio de desastres naturais. Entretanto, às vésperas da entrada dos Estados Unidos na Segunda Guerra Mundial, a adesão ao Sistema de Rádio Amador do Exército foi significativamente subdesenvolvida em números para fornecer mão-de-obra significativa para aumentar a mobilização do Corpo de Sinais para a guerra. A organização AARS continuou a operar até a entrada dos Estados Unidos na Segunda Guerra Mundial, em 7 de dezembro de 1941, quando foi negado o uso das ondas aéreas aos radioamadores, e o serviço de radioamadores e o Sistema de Radioamadores do Exército foram desativados. Após a Segunda Guerra Mundial, o Exército dos EUA reconheceu a importância de reativar os AARS para treinar o pessoal de comunicações de necessidade vital a um custo direto relativamente baixo para o governo, e em 1946 os AARS foram reativados.
O AARS funcionou como tal até a criação do Sistema de Rádio Afiliado Militar em novembro de 1948 com o estabelecimento de programas MARS separados do Exército e da Força Aérea, refletindo a criação da Força Aérea como um serviço separado. Em 1948 o Capitão Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) selecionou o uso da sigla MARS, o deus romano da guerra, como nome apropriado para o renascimento do AARS após a Segunda Guerra Mundial como o Sistema de Rádio Amador Militar. O nome do programa foi alterado para Sistema de Rádio Afiliado Militar em 2 de Setembro de 1952, em reconhecimento da natureza mutável da organização com o crescente número de membros civis voluntários. Eventualmente, o programa MARS do Corpo de Fuzileiros Navais foi estabelecido oficialmente em 17 de agosto de 1962, e iniciou suas operações em 1 de janeiro de 1963. Isto seguiu-se à Crise dos Mísseis Cubanos e à preocupação do Presidente Kennedy por capacidades de comunicação viáveis e alargadas.
Durante a Guerra da Coreia, Guerra do Vietname, Guerra Fria e Guerra do Golfo, o MARS era mais conhecido por lidar com as mensagens escritas “Marsgram” e fornecer “remendos telefónicos” para permitir que os militares estrangeiros contactassem as suas famílias em casa.
O nome do programa foi alterado novamente para o actual Sistema de Rádio Auxiliar Militar em 23 de Dezembro de 2009.
Um despacho emitido em Maio de 2009 anunciou o encerramento do programa MARS da Marinha e do Corpo de Fuzileiros Navais até 30 de Setembro de 2009. No entanto, o MARS continuou a funcionar até 30 de setembro de 2015.
Instrução 4650.02 do Departamento de Defesa, datada de 23 de dezembro de 2009, alterou o status do MARS de afiliado para auxiliar (igual em status ao da Guarda Costeira Auxiliar e Patrulha Aérea Civil). Esta mudança de estatuto salvou o programa MARS do Corpo de Fuzileiros Navais de ser encerrado e colocou-o novamente em linha com a missão de Comunicações de Emergência dos seus serviços irmãos (Exército e Força Aérea MARS).
