Na segunda metade do século XX, o caso contra Hauptmann foi seriamente analisado. Por exemplo, uma prova em seu julgamento foi um número de telefone rabiscado em um quadro em seu armário, que era o número do homem que entregou o resgate, John F. Condon. Um jurado no julgamento disse que este foi o único item que mais o convenceu, mas alguns escritores alegam que um repórter mais tarde admitiu que ele mesmo tinha escrito o número. No entanto, não há provas disso, e Hauptmann admitiu rabiscar o número de Condon depois de o ter visto num jornal, afirmando que o fez por interesse no caso. Também é alegado que as testemunhas oculares que colocaram Hauptmann na propriedade Lindbergh perto do momento do crime não eram confiáveis, e que nem Lindbergh nem o intermediário que entregou o resgate inicialmente identificaram Hauptmann como o beneficiário.
Na verdade, Condon, depois de ver Hauptmann em uma fila no Departamento de Polícia de Nova York, Greenwich Street Station disse ao Agente Especial Turrou do FBI que Hauptmann não era “John”, o homem para quem Condon alegou ter passado o dinheiro do resgate no Cemitério de St. Ele ainda declarou que Hauptmann parecia diferente (por exemplo, que ele tinha olhos diferentes, era mais pesado e tinha cabelos diferentes), e que “John” estava realmente morto porque tinha sido assassinado pelos seus confederados.
E enquanto esperava em um carro próximo, Lindbergh ouviu a voz de “John” chamando Condon durante a entrega do resgate, mas nunca o viu. Embora ele tenha testemunhado perante o grande júri do Bronx que ouviu apenas as palavras “hey doc”, e que seria muito difícil dizer que podia reconhecer um homem pela sua voz, ele identificou Hauptmann como tendo a mesma voz durante o seu julgamento em Flemington. A polícia espancou Hauptmann enquanto estava sob custódia na Greenwich Street Station.
Também foi alegado que certas testemunhas foram intimidadas, e algumas afirmam que a polícia plantou ou adulterou provas, tais como a escada. Há também alegações de que a polícia adulterou os cartões de ponto de Hauptmann e ignorou colegas de trabalho que afirmaram que Hauptmann estava trabalhando no dia do seqüestro. Estas e outras descobertas levaram J. Edgar Hoover, o primeiro diretor do FBI, a questionar a forma como a investigação e o julgamento foram conduzidos. A viúva de Hauptmann fez campanha até o final de sua vida para que a condenação de seu marido fosse revertida.
Erastus Mead Hudson era um especialista em impressões digitais que sabia sobre o processo de coleta de impressões digitais de nitrato de prata, então raro, de madeira e outras superfícies em que o método de pó anterior não funcionaria. Ele descobriu que as impressões digitais de Hauptmann não estavam na madeira, mesmo em lugares que o homem que fez a escada deve ter tocado. Ao relatar isso a um policial e declarar que eles devem olhar mais além, o policial disse: “Meu Deus, não nos diga isso, doutor!” A escada foi então lavada de todas as impressões digitais, e o Coronel Norman Schwarzkopf, Sr. Superintendente da Polícia Estadual de Nova Jersey, recusou-se a revelar ao público que as impressões digitais de Hauptmann não estavam na escada.
Livros de eventos foram escritos proclamando a inocência de Hauptmann. Esses livros criticam a polícia por permitir que as cenas do crime fossem contaminadas, Lindbergh e seus associados por interferir na investigação, os advogados de Hauptmann por representá-lo ineficazmente, e a confiabilidade das testemunhas e provas físicas apresentadas no julgamento. O jornalista britânico Ludovic Kennedy em particular questionou muitas das provas, tais como a origem da escada e o testemunho de muitas das testemunhas.
No seu livro sobre outro julgamento de alto nível dos anos 30, o caso Winnie Ruth Judd, a repórter de investigação Jana Bommersbach argumentou que Hauptmann não poderia ter recebido um julgamento justo porque a imprensa criou uma atmosfera de preconceito contra ele. Bommersbach observou que naquela época, os jornais agiam como “juiz e júri”, e cobriam o crime de uma forma que hoje seria considerada sensacionalista.
Por mais de 50 anos, a viúva de Hauptmann lutou com os tribunais de New Jersey sem sucesso para que o caso fosse reaberto. Em 1982, Anna Hauptmann, de 82 anos, processou o Estado de Nova Jersey, vários ex-policiais, os jornais Hearst que haviam publicado artigos de pré-julgamento insistindo na culpa de Hauptmann, e o ex-procurador David T. Wilentz (então 86) por mais de 100 milhões de dólares em danos por morte injusta. Ela alegou que os documentos recentemente descobertos provaram má conduta por parte da acusação e fabricação de provas por agentes do governo, todos eles tendenciosos contra Hauptmann porque ele era de etnia alemã. Em 1983, a Suprema Corte dos Estados Unidos recusou seu pedido de que a juíza federal que considerava o caso fosse desqualificada por causa da parcialidade judicial, e em 1984 a juíza indeferiu suas reivindicações.
Em 1985, mais de 23.000 páginas de documentos policiais do caso Hauptmann foram encontradas na garagem do falecido governador Hoffman. Estes documentos, juntamente com 34.000 páginas de arquivos do FBI, que, embora descobertos em 1981, não tinham sido divulgados ao público, representavam um ganho inesperado de informação previamente não revelada. Como resultado direto desta nova evidência, Anna Hauptmann emendou novamente sua queixa civil em 14 de julho de 1986, para limpar o nome de seu falecido marido, continuando a afirmar que ele foi “incriminado do começo ao fim” pela polícia em busca de um suspeito. Entre as suas alegações estavam sugestões de que o carril da escada retirada do sótão, onde viviam em 1935, foi plantado pela polícia, e que o dinheiro do resgate foi deixado para trás por Isidor Fisch, que era possivelmente o verdadeiro sequestrador. Em 1990, o governador de New Jersey, James Florio, recusou o seu apelo para uma reunião para limpar o nome de Bruno Hauptmann. Anna Hauptmann morreu em 10 de outubro de 1994.
Em 1974, Anthony Scaduto escreveu Scapegoat, que tomou a posição de que Hauptmann foi incriminado e que a polícia tanto reteve como fabricou provas. Isso levou a mais investigações, e em 1985, Ludovic Kennedy publicou The Airman and the Carpenter, no qual ele argumentou que Hauptmann não havia seqüestrado e assassinado Charles Augustus Lindbergh Jr. O livro foi transformado no filme televisivo Crime of the Century de 1996, estrelado por Stephen Rea e Isabella Rossellini.
Nem todos os autores modernos concordam com essas teorias. Jim Fisher, ex-agente do FBI e professor da Universidade Edinboro da Pensilvânia, escreveu dois livros sobre o assunto, O Caso Lindbergh (1987) e Os Fantasmas de Hopewell (1999) para abordar, pelo menos em parte, o que ele chama de “movimento de revisão”. Nesses textos, ele explica em detalhes as evidências contra Hauptmann. Ele fornece uma interpretação discutindo tanto os prós como os contras dessa evidência. Ele concluiu: “Hoje, o fenómeno Lindbergh é um grande embuste perpetrado por pessoas que se aproveitam de um público desinformado e cínico. Apesar de todos os livros, programas de TV e processos legais, Hauptmann é tão culpado hoje como era em 1932 quando raptou e matou o filho do Sr. e Sra. Charles Lindbergh”
Lindbergh acreditava que Hauptmann deve ter estado envolvido no rapto e assassinato do seu filho. Ele observou que Hauptmann era magnificamente construído mas tinha olhos de javali.