Commensal microflora (normal microflora, microbiota indígena) consiste naqueles microrganismos, que estão presentes na superfície corporal coberta por células epiteliais e estão expostos ao ambiente externo (trato gastrointestinal e respiratório, vagina, pele, etc.).). O número de bactérias que colonizam as mucosas e superfícies cutâneas excede o número de células que formam o corpo humano. As bactérias comensais co-evoluíram com os seus hospedeiros, no entanto, sob condições específicas são capazes de superar as respostas dos hospedeiros protectores e exercer efeitos patológicos. As bactérias residentes formam ecossistemas complexos, cuja diversidade é enorme. A microflora mais abundante está presente nas partes distais do intestino; a maioria das bactérias intestinais são anaeróbios Gram-negativos. Mais de 50% das bactérias intestinais não podem ser cultivadas por técnicas microbiológicas convencionais. Os métodos biológicos moleculares ajudam na análise da complexidade estrutural e funcional da microflora e na identificação dos seus componentes. A microflora residente contém uma série de componentes capazes de activar a imunidade inata e adaptativa. A activação imunitária ilimitada em resposta a sinais de bactérias comensais pode colocar o risco de inflamação; as respostas imunitárias à microbiota da mucosa requerem, portanto, um controlo regulador preciso. O sistema imunitário da mucosa desenvolveu mecanismos reguladores e anti-inflamatórios especializados para eliminar ou tolerar antigénios não perigosos, alimentares e aéreos e microrganismos comensais (tolerância oral, mucosa). No entanto, ao mesmo tempo, o sistema imunológico da mucosa deve fornecer mecanismos locais de defesa contra ameaças ambientais (por exemplo, agentes patogénicos invasores). Este importante requisito é preenchido por vários mecanismos de imunidade da mucosa: mecanismos de defesa inatos fortemente desenvolvidos que asseguram o funcionamento adequado da barreira mucosa, existência de tipos únicos de linfócitos e seus produtos, transporte de imunoglobulinas poliméricas através de células epiteliais em secreções (sIgA) e migração e localização de células originárias dos tecidos organizados da mucosa nas mucosas e glândulas exócrinas.
O importante papel das bactérias comensais no desenvolvimento do sistema imunitário da mucosa em funcionamento óptimo foi demonstrado em animais livres de germes (usando técnicas gnotobiológicas). O envolvimento da microflora comensal e seus componentes com fortes propriedades imunoativas (por exemplo, LPS, peptidoglicanos, superantigenos, DNA bacteriano, Hsp) no mecanismo etiopatogenético de várias doenças complexas, multifatoriais e multigênicas, incluindo doenças inflamatórias intestinais, doença periodontal, artrite reumatóide, aterosclerose, alergia, falência de múltiplos órgãos, câncer de cólon tem sido recentemente sugerido. Modelos animais de doenças humanas criadas em condições gnotobióticas definidas estão ajudando a elucidar a etiologia destas doenças frequentes. Uma melhor compreensão das interacções entre bactérias comensais e hospedeiro, utilizando modelos animais sem germes com estratégias de colonização selectiva combinadas com técnicas moleculares modernas, poderia trazer novos conhecimentos sobre os mecanismos da imunidade da mucosa e também sobre os mecanismos patogénicos de várias doenças infecciosas, inflamatórias, auto-imunes e neoplásicas. A regulação da composição da microflora (por exemplo, por probióticos e prebióticos) oferece a possibilidade de influenciar o desenvolvimento da imunidade da mucosa e sistémica, mas pode também desempenhar um papel na prevenção e tratamento de algumas doenças.