A área onde o Reservatório está localizado era parte do Rancho Janal, e foi comprado por E. S. Babcock. O reservatório Lower Otay foi originalmente criado em 1897 após a construção da Barragem Lower Otay pela Companhia de Água da Montanha do Sul da Califórnia. A barragem original era um tipo de enchimento de rocha com 38 m de altura. Em 1900, John D. Spreckels adquiriu o terreno em torno do reservatório, e o reservatório foi posteriormente adquirido por uma empresa pertencente à Spreckles. No lago havia um alojamento de caça que era utilizado pelos hóspedes do Hotel del Coronado.
A barragem original cedeu em janeiro de 1916, após fortes chuvas que afetaram a maior parte do sul da Califórnia, inundando o Vale do Otay com um muro de água de 6,1 a 30,5 m de altura durante o evento, matando mais de 14 pessoas. A inundação varreu fazendas e edifícios inteiros, incluindo a residência Montgomery em Fruitland, perto da foz do rio, onde John J. Montgomery tinha construído a sua série inicial de planadores tripulados. As chuvas foram ostensivamente o trabalho do “fazedor de chuva” Charles Hatfield, que tinha sido contratado pela cidade de San Diego para ajudar a aumentar as chuvas para encher o reservatório Morena, nas proximidades. Ele nunca foi acusado de nenhum crime. Depois disso, foi construída a atual represa Arch-gravity. Em 1934, foi nomeado em homenagem a Hiram Newton Savage, o engenheiro da cidade que supervisionou sua construção.
Em 1936, Stephen Birch comprou o terreno ao redor do reservatório, que tinha sido o Rancho Otay. Sua filha Mary herdou a terra e, casando-se com um ex-comandante da Força Aérea Real, mudou-se para o antigo pavilhão de caça no Lago Upper Otay, Rancho del Otay.
Um avião Curtiss SB2C Helldiver foi avistado no lago em fevereiro de 2009 por um pescador de robalo. Em 28 de maio de 1945, ele havia sido bombardeado por um porta-aviões próximo, quando um motor parado forçou um pouso de emergência no reservatório. Mergulhadores examinaram o avião em 23 de julho de 2009, para ver se ele poderia ser resgatado para exibição no museu, e foi levantado em 20 de agosto de 2010.