Clique nos ícones acima para baixar o último ApE (v2.0.61, Februrary 5, 2020)
Veja as instruções abaixo para instalar programas de código aberto em um Mac. Se você estiver instalando no OSX El Capitain (OSX 10.11) ou em sistemas mais antigos. Envie-me um email para instruções (Por favor especifique a sua versão de OS – Eu ignorarei emails sem esta informação.)
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Um pequeno vídeo de instalação do ApE em um Mac:
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Funciona em Windows (XP, Vista, 7, 8, e 10) e Mac (OS X v10.5 e acima) Realça os sites de restrição na janela de edição Reflete com precisão o bloqueio Dam/Dcm de sites de enzimas Realça o texto usando bibliotecas de características pré-definidas e personalizadas Mostra tradução, Tm, %GC, ORF do DNA selecionado em tempo real Lê DNA Strider, Fasta, Genbank e arquivos EMBL Salva arquivos como DNA compatível com Strider ou formato de arquivo Genbank Destaca e desenha mapas gráficos usando anotações de características de arquivos genbank e embl Directly BLASTs selecionados na NCBI ou base de dados
Mapa de texto mostra seqüência de DNA, tradução, e características como gráficos baseados em texto
Cria mapas de restrições gráficas… linear ou circular com os recursos indicados Conecta recursos gráficos e textos com hiperlink duplo clique Salva gráficos como postscript encapsulados ou gráficos vetoriais escaláveis Copia e salva gráficos como metafiles do Windows (somente MS Windows)
Digestão de restrição virtual Desenha prédefinido e definido pelo usuário Conecta bandas ao texto através de duplo clique
Lê arquivos de traços sequenciais ABI As sequências em traços ABI podem ser alinhadas diretamente a uma sequência de referência, com o alinhamento hiperligado de volta para o rasto.
Selecciona locais que correspondem a múltiplos critérios (união/intersecção- frequência de corte, tipo de local) em todas as janelas abertas Selecciona locais que cortam mais frequentemente numa sequência do que noutra (para detecção de snip-SNP ou digestores de diagnóstico) Tem agrupamento enzimático definido pelo utilizador para distiguir, por exemplo, enzimas actualmente em stock. Permite aos usuários definir novas enzimas por nome e local de reconhecimento Importa arquivos de formato DNA Strider (enzima simples, listas de sites) disponíveis em REBASE
Outras características:
A maioria das janelas de análise estão hiperligadas às suas sequências correspondentes, incluindo: Mapas gráficos Mapas de texto Alinhamentos de Digitais Virtuais (incluindo seqüências ABI) Primer de Tradução de Sites Silenciosos Usa bibliotecas de definição de recursos personalizados, que permitem: Anotação rápida de sequência Pesquisa rápida e destaque de todos os primers disponíveis que você (ou outros) tenha que hibridizar para uma sequência Sequência a ser anotada e visualizada de várias maneiras rápida e eficiente Mapas gráficos que mostram os sites de ligação de primers e todas as características interessantes da sequência Traduz sequências com alinhamento opcional de DNA Encontra primers potenciais que correspondem aos critérios do usuário (comprimento, Tm, %GC, auto/outra complementaridade) Alinha duas sequências de ADN (ou qualquer combinação de sequência e traço ABI), com o alinhamento hiperligado à sequência original Encontra sites de restrição de tradução silenciosa Dragas gráficos Mapas ORF
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Obtenha versões mais antigas
Agora você pode exportar diretamente regiões genômicas a partir de Wormbase: No botão superior direito do menu drop-down, selecione “Download Track Data”. Clique no botão “Configurar…”. Descarregue as funcionalidades seleccionadas utilizando a versão 3 em toda a região actualmente visível. Marque “Save to File” (Salvar em arquivo). Marque “Embedar sequência de ADN”. UNCHECK “Incluir dados de configuração da faixa”. Clique em “Go” (Ir). Abra o ficheiro .gff resultante no último ApE.
Alternatively, pode exportar uma região genómica (do visualizador de genoma) como um ficheiro formatado FASTA (utilizando o menu no canto superior esquerdo). Você pode adicionar as faixas de características baixando os arquivos de faixa de características GFF3 usando o mesmo menu. No ApE, abra o ficheiro FASTA, depois use o menu Features para abrir a faixa info.
A outra forma de ir é pegar no modelo do gene (de uma página do gene), colá-lo numa janela do ApE e depois seleccionar tudo, fazer uma nova faixa (menu Feature), e na janela edit feature que aparece pressione o botão “upper case only”. Se você acha que o ApE não encontra todos os sites ClaI (ou XbaI ou BclI) que você SABE que estão presentes na sua sequência, desligue a metilação Dam/Dcm na sua sequência e tente novamente. Veja aqui para mais informações. Clique aqui para fazer uma doação voluntária em apoio ao ApE.
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