Existiram várias Ligas do Atlântico Sul na história do beisebol de ligas menores, desde 1904 até ao presente com alguns intervalos. A liga funcionou de 1904 a 1917 como uma liga de classe C, depois recomeçou em 1919, também de classe C. Desta vez, ela funcionou de 1919 a 1930, passando para a classe B a partir de 1921. William G. Bramham tornou-se presidente da liga em meados de 1924 e serviu até 1930. A liga foi reiniciada novamente como uma classe B de 1936 a 1942, encerrada como resultado da Segunda Guerra Mundial, e voltou em 1946 como uma liga de classe A. A AA Southern Association (que nunca se integrou) morreu após a temporada de 1961 e assim o SAL foi promovido a AA em 1963 para tomar o seu lugar; um ano depois o nome foi mudado para a Liga do Sul. Das 51 temporadas de funcionamento, Augusta, na Geórgia, competiu em 46, Macon, na Geórgia, por 46, e Columbia, na Carolina do Sul, em 45. Charleston, Carolina do Sul; Jacksonville, Flórida; Savannah, Geórgia; e Columbus, Geórgia; cada uma competiu por pelo menos 29 anos também, fazendo um alinhamento relativamente estável.
O nome da Liga do Atlântico Sul ficou sem uso por 16 anos, mas em 1980 a Liga das Carolinas Ocidentais trouxe de volta o nome quando procurou mudar sua identidade. Por quase 60 anos, de 1948 a 2007, a figura dominante na WCL/SAL foi o fundador da liga e presidente John Henry Moss, que iniciou a WCL quando jovem em 1948, refundou-a em 1960 e depois a conduziu para o novo século. Moss aposentou-se no final da temporada de 2007 da Liga do Atlântico Sul. Ele morreu aos 90 anos de idade em 1 de julho de 2009, em Kings Mountain, Carolina do Norte – uma cidade onde ele também foi prefeito por 23 anos.
Em 2005, o SAL teve o maior comparecimento em 101 anos com mais de 3.541.992 fãs (enquanto o beisebol da liga menor estabeleceu um segundo recorde consecutivo com 41.333.279 participantes). Atualmente, a liga tem 14 times, divididos em duas divisões de sete clubes.
O início da temporada 2020 foi adiado devido à pandemia da COVID-19 antes de ser finalmente cancelada em 30 de junho. No final de 2020, a reestruturação da Liga Principal de Beisebol no sistema da liga menor forçou um grande tumulto nos níveis de Classe A e Alto-A. Das catorze equipes que teriam jogado na temporada 2020 da SAL, seis foram promovidas para o Alto-A e participariam do novo Alto-A Leste, cinco ficaram no Baixo-A, mas se juntaram ao novo Baixo-A Leste, e três foram forçadas a sair totalmente do beisebol afiliado. O Hagerstown Suns alegadamente desistiu e a West Virginia Power e a Lexington Legends juntaram-se à Atlantic League of Professional Baseball, uma liga em parceria com a Major League Baseball.